在旧日本海军历任联合舰队司令长官里，最出名的莫过于东乡平八郎和山本五十六两位了，前者通过日本海海战，后者通过奇袭珍珠港，均被奉为“军神”级别的领袖人物。不过，既然是“军神”，那么后世的评价就难免有些神化了。比如东乡平八郎，现在有种说法认为日本海军在日俄战争的战术指挥其实出自“天才参谋”秋山真之的手笔，东乡和秋山（可能还要算上参谋长加藤友三郎）的关系类似于一战时期德军统帅部里兴登堡和鲁登道夫的关系，具体作战方案由鲁登道夫拟定，决策和命令由兴登堡下达。考虑到日本近代军队的参谋制度师承德国，在发展过程中更为僵化（参谋在旧日本陆海军的能量不是一般大，所谓“下尅上”现象也和参谋们的飞扬跋扈有很大关系，参谋左右军事主官的情况也非常普遍，有兴趣的读者可以读读《有一类战犯叫参谋》一书），这种说法还是有一定的道理。

《联合舰队司令长官：山本五十六》一片中由役所广司饰演的山本五十六。在战后影视作品中，山本一向以反对对美开战的形象出现。

说回山本五十六，作为太平洋战争开始时的联合舰队司令长官，山本在这一职位上需要考虑的问题并不在战役战术层面，而在战略层面，虽然开战与否的决策是由天皇和大本营做出的，但该怎么打联合舰队司令长官肯定应该有谱。因此，山本主要考虑的是如何进行对美战争，而不是具体的战役指挥，就像让他登上神坛的“奇袭珍珠港”作战，他提出了总的作战构想，由大西泷治郎、黑岛龟人、源田实等航海派骨干去具体拟定计划，前线指挥则交给南云忠一去做（南云也是依靠航空参谋们进行指挥），他自己坐在“长门”舰上等捷报。跟东乡有些类似，山本的成功也依靠了一帮参谋。跟东乡不同是，日本海海战是毕其功于一役，而奇袭珍珠港却是失败的开端。奇袭珍珠港并不能体现出山本的战术指挥水平。

奇袭珍珠港是山本的封神之战，可是并不是由他亲自指挥的，计划是参谋们拟定的，作战由南云指挥实施。

在珍珠港作战之后，山本亲自参与指挥的历次作战几乎没有成功的。虽然机动部队端掉了珍珠港，但没逮住美国航空母舰，深知航空兵力重要性的山本将其视为最大的心病。在此后一年多的战争中，消灭美国航母就是山本作战指挥的核心意图，他执着于这个目标以至于以辞职威胁要求大本营批准中途岛作战（这也算是下尅上了）。可是，在具体作战指挥上，山本显然失去了奇袭珍珠港时的缜密和谨慎，在“胜利病”的感染下，联合舰队参谋们忽视了计划中的漏洞和风险，最终吞下了骄兵必败的苦果。此战山本依然坐镇“大和”，对一线指挥参与不多。

《联合舰队司令长官：山本五十六》中，山本在“大和”号的舰桥内得知南云部队遭重创的消息，由于远离一线，他其实很难把握战况并做出准确决策。

中途岛之后，就是真正耗尽日本陆海军血本的瓜岛之战，这次山本亲率联合舰队进驻特鲁克，力图报中途岛之仇，可是日本海军在瓜岛的作战目标一直在收复瓜岛和消灭美国航母之间摇摆着，结果顾此失彼，与陆军缺乏配合，各打各的，一个目标都没有达成（打掉美国两艘航母，可是美国国内成排的埃塞克斯级已经准备下水了）。1943年春季，为了遏制美军沿所罗门一线的反攻，山本赶赴拉包尔，集结岸基航空兵和舰载航空兵亲自指挥实施了“伊”号作战，打击盟军海空目标，然而效果不佳，损失不小，进一步削弱了日军前线航空兵的作战能力，而山本本人也在作战结束后视察部队途中，因为密电泄露而遭伏击身亡。

影片《山本五十六》中，山本在最后时刻端坐于机舱的形象，由三船敏郎饰演，他还扮演过东乡平八郎。

纵观太平洋战争前期日本海军的作战指挥，山本大多数时间都在后方坐镇，在具体战役战术上乏善可陈，就中途岛、瓜岛及伊号作战来看，山本很难说在战术上有很高的造诣。不过退一步说，山本作为联合舰队司令长官应该从更高的层面考虑战局。然而，在珍珠港之后，“消灭美军航母”这一战术目标显然严重干扰了山本的战略判断。其实，山本值得称道的地方并不在战术方面，他最突出的成就是大力推进日本海军航空兵的发展和航空母舰的作战运用；其次是他对日美实力差距的清醒认识（就算是知英美派的代表，山本其实也没有真正参透美国的恐怖实力）；最后是改变了日本海军传统的渐减迎击战略，改为以航空兵奇袭珍珠港的先发制人战略。不过，即便是山本也依然无法改变根深蒂固的决战思维，毕竟他是亲历过日本海海战的海军军人。

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