中国台湾地区第一个行政机构，是1281年元朝在澎湖设立的澎湖巡检司。

南宋乾道年间已对澎湖实施管理，主要是派兵到澎湖巡防，并驻兵防守，澎湖行政划分福建晋江县管辖，相当于现在的乡镇级别，这是中国第一次在台湾地区派军驻防，只是行使治权。

元世祖忽必烈入主中原后，多次派员出使日本，要求镰仓幕府对中国朝贡，屡遭拒绝，元世祖于是出兵渡海征讨日本，这是历史上第一次中日战争，元军两次渡海作战都遭遇风暴，舰队和人员损失伤亡惨重，无功而返。

至元十八年（1281年），元世祖于是在澎湖群岛设置澎湖巡检司，将澎湖划归福建泉州府晋江县辖下，计划以澎湖为据点，再取台湾，从朝鲜半岛、台澎诸岛南北两个方向，准备发动第三次征伐日本。1283年元世祖下令建造舰船，屯集粮草，准备出兵讨伐，此时国力空虚，国内动乱，遭到群臣反对，放弃第三次征伐日本计划，直至1294年忽必烈逝世。

元朝在澎湖设置澎湖巡检司，这是中国在台澎地区最早的行政机构及行使治权，标志着台湾是中国固有领土和主权象征，足具有里程碑意义的一件大事