历代内丹家在内丹修炼中创造了丰富的理论。在此，我们概要地阐释内丹学的理论，并予以必要的发展和深化。
1
先后天人体三宝说
内丹学将精、气、神称作人体的“三宝”，又分为先天和后天。所谓先天，是从自然界和人类社会的初始状态看，那些无形的，自然本能状态的，功能性的，超越时空界限的东西。所谓后天，是指从物质世界和世俗社会的现实状态看，那些有形的，人为的，实体性的，同熵增的物质规律相一致的东西。精、气、神是人体生命要素的三个层次，不仅有先后天之分，还可互相转化。
后天的精，是指人性交时射出的精液，广义上还包括人体内分泌的多种激素。先天的精，是在无为状态下自然而然本能地产生的，又称元精、真精，主要指人在不受淫心刺激下自发的性功能，广义上还包括内分泌系统、生殖系统、循环系统等激发生命活力的自然功能。后天的气指呼吸之气；先天的气为元气、真气，写作“炁， ( 由炼精化炁而来，是精、气凝炼为一的代号 ) ，指人体生命运动的机能，体现为高度有序的能量流和躯体活力。后天的神为思虑之神，称识神；先天的神称元神 ( 由炼炁化神而来，是炁神凝炼的结果 ) ，呈一种极清醒的无思维状态。精、气、神又是修炼内丹的药物。
2
顺则生人逆则成仙的内丹学原理
按照道家与道教的宇宙创生演化及人体生成说，宇宙和人体生命的生成皆源于道。道自虚无状态中化生出元始先天一炁 ( 亦称太乙真气 ) ，又从一炁中产生阴阳二性。由于阴阳二性的交会、激荡，产生物质、能量、信息三大元素，再由三元演化成万物纷纭的世界。这就是老子《道德经》“道生一，一生二，二生三，三生万物”的宇宙演化图式。
人的生成也和宇宙的创生图式相感应，宇宙中的元始先天太乙真气，在父母阴阳两性交合时被招摄进母腹之中，形成胎元，将性命寓于其中。直至十月期满，胎儿长成，出离母腹，“哇”的一声，先天祖气断开，后天气生。以后每 32 个月。生元气64 铢，由复卦、临卦至 16 岁乾卦，得 384 铢元气，为纯阳之体。其中父母初交，于恍惚之中，合成一炁，生长出形体未具，神炁未判，处于混沌状态的胎儿，为人道的“第一变”，由心肾成形，神炁始分，到十月胎圆，婴儿降生，为人道的“第二变”。由初生儿至 16 岁少年，阳精成熟将泄，情欲始萌，为人道的“第三变”。
而后识神用事，情欲伤身，每 96 个月，则生一阴，由 24 岁姤卦，经 32 岁遁卦、否卦 (40 岁 ) 、观卦 (48 岁 ) 、剥卦 (56 岁 ) 、至 64 岁坤卦，元气耗尽。内丹学修炼功夫是一种人体返还工程，即由坤卦返回乾卦的返老还童之术。内丹学的基本原理是认为宇宙演化和人体生命都可以从逆的方向上进行反演的思考。顺则生人生物，逆则修炼成仙。内丹家以“三关修炼”阻止人体熵效应，通过“炼精化炁”的初关仙术将精化尽只剩下羔和神 . 为“三归二”的过程；然后“炼炁化神”的中关仙术为“二归一”的过程，最后“炼神还虚”的上关仙术返还于虚无之道。这样人体沿着逆的方向由“第三变”返到“第二变”，再从“第二变”返到“第一变”，直到虚无之道，内丹就修成了。
3
虚无之道和先天一炁说
内丹学要追求一种长生不死、永恒不灭的状态，而根据自然科学定律凡是产生的东西最终都要灭亡，仅有虚无是不生不灭的。这样，返还虚无之道就成了内丹学追求的目标。《唱道真言》云：“夫道之要 . 不过一虚，虚含万象。世界有毁，惟虚不毁。道经日形神俱妙 . 与道合真。道无他，虚而已矣。形神俱妙者，形神俱虚也。”
内丹学认为在宇宙未创生之前，是一片虚无。当宇宙创生之时，虚无之道化生出元始先天一炁 ( 太乙真气 ) ，这种先天一炁被认为是宇宙万物运动的一片生机，也是生命运动的源泉。因之，阴阳双修和清净孤修两派丹法都以招摄先天一炁为目标。我们推测，先天一炁大概是宇宙大爆炸之前的初始信息，是时间和空间还没展开的宇宙本源，是自然界最根本的内在节律。初始的宇宙中隐藏着秩序，存在着产生普适的宇宙节律的信息源。内丹家通过一种将人体节律和宇宙节律调谐的技术，使人体精、气、神等元素充分激发，在量子层次上和自然界的本源相互作用，将这种残留在宇宙中的初始信息招摄到体内。内丹家将人体和大自然的内在节律相调谐，使自己的身心与混沌的宇宙融汇为一体，返回先天的初始状态，才能同宇宙的自然本性契合，进入道的境界。
4
意识的三层次说
根据我们对内丹学的研究，发现人的意识的器官不仅是大脑皮质，还包括丘脑、网状结构，甚至还有心脏等，中国古医家认为心主神明，肝出谋虑，胆主决断，肾出伎巧等是有根据的。这就是说，思维和情感活动在躯体层次上是以人脑及内脏器官等相互制约的复杂生理系统为基础的。人体的内分泌激素，后天和先天的精、气、神也是一个系统，是可以相互影响，互相转化的。人体生命运动的精、气、神恰好和物理化学运动中的热、力、光三种效应相互对应 . 它们都是生命运动的存在形式，其中最要害的是神。
人的心理也是有结构的，是一种过程的秩序。意识是生命运动的最高形式，它可以凝聚为一种有着超微结构的高度有序的客体。人的心理系统中的意识活动和无意识活动都是人类在进化过程中大自然赋予的重要心理功能，其中无意识活动决非无足轻重的自然现象，而是一种深层意识，是人类改造自然和社会的重要潜能。意识活动的生理机制主要在大脑顺叶，无意识活动的生理机制在大脑的网状结构和丘脑。随着人类进化，人的大脑皮质日益发达，网状结构的范围相对减小，但网状结构中的核体却日益复杂和分化，人的深层意识也愈加显不其重要的调节作用。
我们可以断定人的意识共分为三个相互联系的层次，即常意识旧常的认知、思维活动，、潜意识 ( 隐藏在心理深层的欲望 ) 和元意识 ( 遗传的本能意识 ) 。常意识是心理表层的理性思维活动，内丹学家称之为“一识神”，它包括人们的感知、判断、推理等一系列心理程序。内丹功夫中识神的活动分为正念和邪念 ( 即不利入静的杂念和游思、妄念等 ) ，内丹家要排除邪念，凝聚正念 ( 意守丹田 . 归根复命之念 ) ，集中人的意念力透入深层意识之中，增强常意识的可控度，使之以意念力的形式得到凝炼和升迁片潜意识是一种非理性的意识层次，包括人们平常不易觉察的童年记忆 ( 特别是心理未成熟时期的刺激 ) 和隐藏的各种人生欲望、性欲、心理创伤等印痕。
日常生活中的重大刺激往往会透过表层常意识在潜意识中留下痕迹。这些潜意识的印痕反过来又在背后强有力地影响着人们表层的心理程序，人们可以从梦境、幻觉、灵感、直觉、精神病等心理状态中破译出潜意识的原形，内丹功夫中出现的不良心境、恶劣情绪、各种魔境、幻觉等都是潜意识作怪内丹功法要净化潜意识，自我清洗自胎儿期以来键入的各种印痕，并通过一定方式（如熟读丹经、牢记师传、背诵口诀、默念咒语、反复训练等）将炼丹的程序编码输入潜意一识之中。
这种潜意识中的炼丹程序编码就是“真意”，它被称作勾引精、气、神等生命要素相互化合作用的“黄婆”。潜意识可以在内丹修炼中逐步人格化，凝炼为“阴神”。阴神是人格化了的潜意识，可以如梦中之身般的脱体而出，具有遥感、透视、预知等超常的人体潜能。人类心理的最深层次是“元意识”，在内丹学中称作“元神”。内丹修炼到元意识显现时，呈一种极端清醒却毫无思维的心理状态，这说明元意识是比潜意识更深一个层次的意识，相当于佛教唯识学指的阿赖耶识，丹家亦称为宇宙和人体发生之初的“一点灵明”，是一种遗传的本能意识。
元意识是人类在漫长的生物进化中遗传在头脑中的尚未开发的信息库，它包藏着生物进化史上曾经有过的智慧和能力，是人身真止的“自我”，因之丹家称为“主人公”元意识在人体工程中通过开发和凝炼，可以逐步人格化为“阳神”。几乎所有的炼丹家都以其亲身经历表明阳神是元神的凝聚体，有成熟的人格，是有形有相的自我，可以脱体存在，具有突破时空障碍的巨大神通。丹家将人的躯体称作“色身”，将阳神称作“法身”，也叫身外之身，出阳神是内丹人体工程的重大目标，也是内丹学研究中最棘手的一项课题。实际上，内丹学是一项凝炼常意识、净化潜意识、开发元意识的系统工程。它只有在自然科学能够充分地解释人的大脑神经的奥秘时，才可能在实证的层面上获得突破性进展。
5
取坎填离术
内丹学认为后天的坎、离二卦是由先天的乾、坤二卦中间的阴、阳两爻互换位置造成的。《渔庄录》云：“先天八卦，乾南坤北。因男女交媾之后，乾体破而为离，坤体实而为坎。故后天八卦，谓离南坎北，盖以离代乾，坎代坤也。”内丹学要从后天返回先天，变离为乾，变坎为坤 . 因之丹功修炼要求将坎卦中的阳爻再抽回来，填入离卦中阴爻的位置上，使之回复到先天乾卦的纯阳之体，内丹家称之为“取坎填离”。
离、坎二卦在阴阳双修丹法中是男女的代号，意思是以男子离器中的真阴（又称真汞、砂中汞、龙从火里出）摄取女子坎户中的真阳 ( 又称真铅、水中金、虎向水中生 ) ，从而阴阳交媾而成丹。清净孤修丹法，又以离、坎二卦为心、肾的代号，或以离喻心神，坎喻元炁、真精。这样，取坎填离术在小周天中指心液下降、肾炁上升，又称还精补脑；在大周天中指消阴炼阳、炁定神纯，又称抽铅添汞，《悟真篇》讲“取将坎位中心实，点化离宫腹内阴。从此变成乾健体，变化飞跃总山心”，将取坎填离术看作内丹学的基本功夫。丹家称“取坎填离”、“抽铅添汞”、“还精补脑”、“心肾相交”等，用现代的语言说，实际上就是从自我调节人的性激素及内分泌入手，通过增强人的性功能来恢复大脑的青春活力。
再确切点说，就是从调整人的内分泌入手改善整个神经系统的状况，协调人体性腺和丘脑的负反馈机制，由生理的和谐推进心理和谐及人体潜能的开发。 道教医学本来就有补肾可以健脑的思想，内丹学则更突出了肾 ( 中医的肾包括整个内分泌系统、生殖系统的功能 . 称作“先天之本” ) 和脑、包括神经系统及心理层次 ) 的联系。内丹学初关仙术以精为基础，气为动力，神为主宰。人在高度入静的状态中，性腺、松果体、脑下垂体的内分泌相互激发，从而使全身在生理和心理上都达到一个和谐有序的新水平。这就是取坎填离的效果。
《参同契》云：“三五与一，天地至精。可以口诀，难以书传。”《悟真篇》云：“三五一都三个字，古今明者实然稀。”方壶外史·悟真篇小序》云：“三五与一，天地至精；龙从火出，虎向水生；二物欢会，俱归中宫；三家相见 . 怀胎结婴。”这些话被称为丹家之秘。实际上，水金和木汞通过真意 ( 土 ) 化合成丹，也是取坎填离的意思。心肝脾肺肾五气朝元，精炁神三华聚顶，都不外是摄取先天一炁与元神凝炼成丹而已。
6
黑、赤、黄三道关窍说
丹家认定人身真气运行的经脉主要有三条，一称赤道，即脉；一称黑道，即督脉；一称黄道，为中脉。《泄天机》载闵小良曰：“丹家理气，原有二道，曰赤，曰黑，曰黄。赤乃任脉，道在前，心气所由之路。心色赤，故曰赤道，而赤性炎上，法必制之使降，则心凉而肾暖。黑乃督脉，道在后，肾气所由之路。肾色黑，故日黑道，而黑性润下，法必制之使升，则髓运而神安。原斯二道，精气所由出，人物类以生存者，法故标曰‘人道，丹家、医家详述如此。黄乃黄中，道介赤黑中缝，位在脊前心后，而德统二气，为阖辟中主，境则极虚而寂，故所经驻，只容先天。
凡夫仙胎之结之圆皆在斯境，虽有三田之别，实乃一贯，法故标曰仙道。”赤、黑二道丹家称为人道，兼容先、后天之精气运行，黑道有尾间、夹脊、玉枕三关，过三关才入泥丸宫；赤道有上田、中田、下田三窍，此外尚有天门 ( 眉心 ) 、重楼 ( 气管 ) 、绛宫、黄庭、生门 ( 脐门 ) 等要穴。黄道只容先天真精、元炁通过，称仙道，自虚危穴 ( 一名阴蹻 ) 透入，过中黄，直达顶骨 ( 天灵盖、囟门 ) 。阴蹻穴乃黄道之天关，关乎人之生死，故又称生死窍、复命关；真气归黄，必须纯为先天，否则清浊混杂，易生“闯黄”、“闹黄”之症。囟门盖骨乃人身生气所凝结，上应镇星 ( 位于中天，乃五星之中，高出日月星辰之上 ) ，丹家称为“人镇”，其光华称“意珠”，可卫护婴儿 ( 未成熟之阳神 ) 。
7
玄关一窍说
玄关一窍为丹家之秘，又有玄窍、玄扎、玄扎之门、虚无窟子、偃月炉、西南乡、戊己门、谷神、天地根等异名。丹家因师传不同，对玄关一窍理解不一，有无定位和有定位两种说法。
然而揽诸丹经，我们可确定玄关一窍的特征：这一窍，不在身内，不在身外；亦在身内，亦在身外；无形物可觅，无方所可指。丹书谓“此窍不着于幻身，亦不离乎幻身。不着于幻身者，非一切有形之物；不离乎幻身，非可于身外求也。”“着在身上即不是，离了此身向外寻求亦不是。泥于身则着于形，泥于外则着于物。”
这一窍，全自虚无中米，自虚无中生，自混沌中求，自虚寂中得。丹家谓“先天一炁，自虚无中来”，欲一识玄关，须穷取生身受炁之初，寻找乾坤阖辟之祖，阴阳互抱之根。这一窍，功到机现，时至神知；机发则露，机息则隐；只可以无心得，不可以有心求。《唱道真言》云：“玄关者，万象咸寂，一念不成，忽而有感，感无不通，忽而有觉，觉无不照，此际是玄关也。”李道纯以一个“中”字为玄关，须丹家心领神会。玄关一窍无体有用，丹家身心静定，方寸湛然，虚极静笃，于真机妙应处，将动未动，未发忽发时，自然见得玄关。此窍一开，百窍俱开，全身八万四千毛孔，三百六十骨节，一齐爆开，百脉流畅，神炁冲动，先大药物随之化生，内丹仙术便可自然运行。
8
内丹学三要件
药物、鼎炉、火候为内丹三大要件。《规中指南》说：“身中之药者，神、炁、精也。”丹家先炼后天精、气、神促生先天药物。精气初生时称“外药”，外药先生而后采。活子时到来初生元精又称“小药”、“真种子”，采入炉中生为“内药”，故内药采而后生，为先天精炁。
经小周天炼化为“大药”，“大药”又称丹母。炼丹时意念为“火”，呼吸为“风”，火候指炼丹时意念及呼吸运用的程度。急运称武火，缓运称文火，停住吹嘘称沐浴。火候之妙在于真意的运用，用意紧则火燥，用意缓则水寒。丹家用十二消息卦表示十二时火候，有进阳火、退阴符之分，以卦又株两计算呼吸次数。
内丹火候所用时辰是人身这个小天地里的时辰，实是药物在体内运行的部位、景象的代号。小周天功法小药生时阳物无念而自举为“活子时”，大周天功法大药生时有六根震动之景为“正子时”。阴阳派丹法采药时机为火候不传之秘，有“圣人传药不传火”之说。
清净派丹法以神为火，以炁为药，神炁相抱，一任天然，则药物、火候俱在其中。鼎炉为丹家炼药的地方，药物起止之处为炉，升上之处为鼎。清净派丹法有大鼎炉与小鼎炉之分，炼精化炁用大鼎炉 . 鼎在泥丸宫，炉在下丹田；炼炁化神用小鼎炉，鼎在黄庭中宫，炉在下田炁穴。
阴阳派丹法以女子为鼎器，又有所谓后天鼎、先天鼎、金鼎、玉鼎、水鼎之分。要之，阴阳丹法以少女为鼎器，以天癸为药物，以庚甲为火候；下乘丹法以身心为鼎炉，精气为药物，心肾为水火，年月日时行火候；中乘丹法以乾坤为鼎器，坎离为水火，乌兔为药物，一年寒暑为火候；上乘丹法以天地为鼎炉，日刀为水火，性情为龙虎，以心炼念为火候。还有最上一乘至真妙道，以太虚为鼎，太极为炉，清静为丹基，无为为丹母，性命为铅汞，定慧为水火，洗心涤虑为沐浴，中为玄关，见性为凝结，性命打成一片为丹成，打破虚空为了当。
道家