1684年大清王朝康熙皇帝收复台湾统一全国，清政府设立台湾府，下辖台湾、凤山、诸罗三县，“一府三县”是台湾最早的行政机构格局。

清代前期，台湾行政机构包括文官和武官两个系统。文官系统由道员、知府、知县等组成，台湾道是本地最高文官，正四品，统理地方政务。武官系统由总兵、副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总等组成，台湾镇总兵是台湾最高武官，正二品，归福建水师提督管辖。台湾镇总兵兼管水陆，与台湾道分管军、民事务。

清朝前期台湾正处在开发初期，随着人口迁移增多，土地开发增加，台湾这个移民社会各种矛盾日益突出，尤其是农民与地主、官府与人民、族群之间三大矛盾相互交织，成为台湾社会动乱的根源和起义事件的导火索。

康熙十六年（1721年），发生朱一贵起义事件，这是台湾历史上第一次大规模的农民起义，也是十八世纪前期全国规模最大的一次农民起义，参加者与附和者达到30万，而当年台湾总人口不到60万。起义者大多是农民、佣工、手工业者、小商贩等，有着广泛的社会基础和阶级性质。

朱一贵，福建长泰县人，1713年来到台湾，曾做过台厦道的辕役，后以养鸭为生。时任台湾知府王珍代管凤山县事务，把知县政事交由自已次子打理，强征勒索，滥施捕役，造成民怨载道，民心尽失。以朱一贵为首百余民众结集发动起义，南部来自广东佣工一千余人举事响应。清军和官府压制剿杀起义民众，激起民愤，起义者增至两万人，攻入台湾府，抢夺军械和粮饷。起事十天内，台湾一府三县全部被起义军占领。

朱一贵打出“大元帅朱”旗号称王，年号永和，建立政权。但起义军内部很快发生分裂。清政府由闽浙总督坐镇厦门指挥，调集一万八千多兵力前来台湾镇压起义，起义军被击败，朱一贵被俘。这次起义是由于清政府台湾地方官员压迫剥削而引起的民变事件，并迅速得到民众响应，说明官府与人民的矛盾已经十分尖锐，是一起典型的农民大起义。

乾隆五十一年（1786年），台湾再次发生一次大规模的农民起义。林爽文起义，参加者达数十万人，是台湾历史上最大规模的农民起义。林爽文是福建平和县人，1773年来到台湾，当过县衙捕役，后来以赶车为生。1782年林爽文参加漳州人来台传播的天地会，台湾道和知府下令逮捕天地会员。林爽文等聚集近四千天地会员和民众起义，攻击彰化县城，杀死知府、知县等官员数百人。

起义军推举林爽文为大盟主，任命将军、元帅、军师等职，以“天运”为年号，以“顺天盟主林”的名义发出安民告示，提出“剿除贪污，拯救万民”口号，各地民众纷纷响应，起义军达到四万余人。清朝政府派陕甘总督福康安为钦差，带领十万名精兵到达台湾清剿，起义军被镇压，林爽文被俘获。

林爽文起义事件，清政府用一年零三个月，花费上千万军费，调集十万精兵才将起义军镇压，乾隆皇帝把镇压这次起义列为自已“十全武功”之一，由此可见，林爽文起义尽管是由农民阶级领导的一次农民起义，但在清朝统治者心目中是具有重要地位的重大历史事件。

朱一贵起义平息后，康熙六十年（1721年），清朝政府对台湾地区重要性有了清醒认识，决定设立巡台御史，每年从京城派出御史一员，前往台湾巡察，这是清政府加强台湾统治的一个重要措施。直至乾隆四十年（1782年）开始停派，巡台御史一职共设立六十年。

林爽文起义对清政府更是一个沉重打击，乾隆皇帝谕示台湾为海外重地，最为紧要。改设巡台御史为闽省督抚、水陆提督每年轮值一人前往台湾，并把台湾文武官员任期由三年改为五年，台湾总兵都由满州担任，清查户口，严禁私渡，进一步加强对台湾统治，这是清朝治台政策的一大转折点。