乾隆皇帝当年在承德看着避暑山庄外一座又一座的寺庙，不禁写出“一座喇嘛庙，胜抵十万兵”的诗句。英勇善战的蒙古民族在清朝统治下的两百多年中，不仅失去了往日的雄风，而且人口还在持续减少。

很多人都将其归结为佛教宣扬隐忍向善，清规戒律也的确阻碍了人口发展。可是清朝最大的敌人噶尔丹就是藏传佛教的四世温萨活佛，他利用宗教建立的准噶尔汗国却为何异常强大。

早在忽必烈时代，藏传佛教就通过八思巴传入蒙古，但信徒仅限于蒙古上层，普通牧民依然信奉萨满教。不过随着格鲁派，即黄教崛起后，佛教逐渐在被普通牧民所接受。

十六世纪初，成吉思汗第十七世孙俺答汗结束了蒙古诸部长期的内讧，还迫使明朝开关互市，终止了双方长达200年的纷争。俺答汗率领蒙古再次走向辉煌，但依然每天活在惊恐之中，生怕被更强、更年轻的首领取代。

俺答汗的担忧很快在遇到黄教高僧索南嘉措后烟消云散。他在牧区强制推广黄教，让僧侣用教义规劝牧民，还借助宗教理论宣扬自己是忽必烈转世。

同时索南嘉措也宣称自己是“八思巴”转世，双方默契地重现了当年忽必烈与八思巴的相遇。俺答汗靠着宗教的力量终得善终，而索南嘉措也借助蒙古的军事力量牢牢掌握了藏区的教权。

俺答汗之后，蒙古各汗登基后都要携带重金进藏熬茶，换取一个尊贵的宗教身份。久而久之，黄教就有了左右蒙古政权的影响力。黄教势利最鼎盛时期，新疆伊斯兰教的白山派斗争失败后，竟然跑到藏区请黄教出面替其调停。

清王朝很早就意识到，谁控制了黄教，谁就掌握了蒙古高原、青藏高原，乃至中亚草原的主导权，所以从康熙起，清政府不断扶持黄教，雍正甚至献出了自己的府邸，也就是今天北京的雍和宫，但他们目的却是为了控制蒙古，而不是弱化蒙古。

在各方势力的共同努力下，草原上的寺庙越来越多，装饰也越来越华丽。佛教的兴盛除了让蒙古社会财富畸形分配、大量壮丁出家等问题外，还来有瘟疫。这是清政府所没有预料到的事情。

为了方便礼佛，牧民逐渐放弃了原有的游牧生活，过上了以寺庙为中心的半定居生活。寺庙周围开始出现集市，后来又逐步发展为城市，这对蒙古社会的发展有着很大的促进作用。

人口聚集必然会爆发瘟疫。牧民对传染病没有任何抵抗力，仅是因为彼此住得远，天然具有病毒隔离区，所以游牧民族几乎不知瘟疫为何物。

随着准噶尔汗国在噶尔丹策零手下走向巅峰时，由于寺庙大量兴建，导致牧民之间爆发了大规模天花疫情。乾隆趁噶尔丹策零去世后的内讧，兵不血刃地占领了准噶尔的老巢伊犁，但是又很快被阿睦尔撒纳赶了出来。

乾隆本以为此次用兵又会向以往一样变成旷日持久的拉锯战。不过清军很快发现准噶尔的部队越打越少，越打越弱，直到最后阿睦尔撒纳自己也得了天花，病死在俄国。

据说这一次天花夺走了准噶尔超过四成的人口，所以乾隆才会说出“一座喇嘛庙，胜抵十万兵”。草原卫生条件有限，牧民又缺少防御瘟疫的必要经验。天花好不容易被送走后，清末民初梅毒又在草原肆虐，这次就连牧区的地位最显赫的高僧都因患梅毒而双目失明。