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在清末的水师系统中，八旗水师兵力不多，战斗力也较弱，但作为八旗属下的水师军队，地位却较特殊。当时全国的八旗水师情况如下：

1872年英国摄影家汤姆森拍摄的闽江中的三江口水师旗营的圆山水寨

禁卫八旗水师

乾隆十四年(西元1749年)，模仿古代御林水操制度，八旗前锋营在北京西北的昆明湖畔创设的满族水兵训练营。昆明湖上最多时拥有赶缯船32艘，可供 1000余名八旗官兵训练水操。训练营的指挥、教习由从天津、福州水师营选送的八旗汉军侍卫20人、教习把总10人和水手110人组成。

黑龙江八旗水师

黑龙江的八旗驻军系统内，在黑龙江的黑龙江城(爱辉)、齐齐哈尔、墨尔根(嫩江)、呼兰设立有4个水师营，最多时拥有过各式战船230多艘，官兵1060名。

黑龙江水师营。创设于康熙十三年(西元1674年)。当时吉林水师营总管奉命率领吉林水师主力来此驻防，抵御俄国军队的侵略，后改为黑龙江水师营，隶属于黑龙江将军。水师营设三品总管1人，五品官2人，六品官2人，领催8人，水兵419人，战船30艘。后来战船增至70艘，其中大战船10艘，2号战船40 艘，江船10艘，划子船10艘，水兵人数也有略增。

1880年水师的骑射训练

齐齐哈尔水师营。设正三品总管1人，四品官2人，六品官2人，领催8人，水兵268人。此外还有负责监造战船的水师官员四、五、六品各1人。装备大战船10艘，2号战船15艘，江船5艘，划子船10艘。后来战船数量略有增加，水兵也扩充至568人。

墨尔根水师营。由墨尔根城四品衔协领兼管，下辖领催1人，水兵43人，装备2号战船6艘，江船4艘。雍正年间增加了6艘战船和数十名水兵。

呼兰水师营。

吉林八旗水师

清军入关之前，出于战争需要，就在吉林创设了八旗水师部队，但当时并没有固定的组织编制。顺治十八年(西元1661年)，清政府正式在吉林城组建八旗水师营。设有正三品总管1人，四品军官2人，五品军官2人，六品军官4人，笔帖式(文书官)3人，领催12人，水兵匠役295人。康熙十三年(1674年)，吉林水师营拥有战船30艘，运粮船80艘，后来又增添桨船和划子船各20艘。此外，在吉林城东北的松花江畔筑有乌拉城，是沿江的民船集中地，有捕珠大船7 艘、威呼船399艘，统由吉林水师营兼管，战时可征用。

奉天(辽宁)八旗水师

顺治初年，清政府在旅顺口组建的八旗水师营(又称金州水师营)，并从山东绿营水师调来10艘赶缯船列入编制。旅顺口水师营设从三品协领2人，正四品佐领2人，正五品防御4人，正六品骁骑校8人，水兵500人。

天津八旗水师

雍正三年(西元1725年)底，清政府为加强大沽口海防，在天津设立的水师营。由于战略地位重要，天津水师设从一品都统1人，统管所辖各营，这也是八旗水师系统内职别最高的军官。天津水师都统下辖协领6人，佐领32人，防御32人，骁骑校32人，笔帖式3人，水兵2000人，分为左右两个水师营。水兵均从满洲和蒙古八旗部队中挑选，其中满洲八旗兵1600人，蒙古八旗兵400人。装备大赶缯船16艘，小赶缯船16艘，舢板船32艘。

乾隆八年(西元1743年)，增设正二品副都统1人和水兵1000人，添置大小赶缯船24艘，蟛仔船8艘。

江南八旗水师

雍正五年(西元1727年)，驻防江南的八旗军队在江宁(南京)设立水师营。编制模仿天津水师，设有协领4人、佐领12人、防御12人、骁骑校12人。1000余名水兵均从驻防的满、蒙八旗部队中选拔。

此外，江南还设立有一支京口(镇江)水师，分为左右2路，各设总兵1人，每路下辖2个水师营。每个水师营配备沙船28艘、水艍船8艘、犁缯船8艘，编制舵碇手220人、水手匠役492人。

内河停泊的水师战船

乍浦八旗水师

雍正六年(1728年)四月，设立于浙江乍浦，军制模仿天津水师。乍浦水师共分左右两个水师营，官兵1600余人，由满洲八旗水师副都统统一指挥。各营军官分由协领2人、佐领4人、防御3人、骁骑校6人组成。乍浦水师共编制有大赶缯船5艘、小赶缯船4艘、南缯船2艘。左营战船为“宁”字号，右营战船为“谧” 字号。

福州八旗水师

雍正六年(1728年)，驻福州八旗部队在三江口一带设立的水师。三江口八旗水师仅有1营，设水师协领1人、佐领2人、防御2人、骁骑校6人，水兵、匠役共计600余人。因该营主力驻扎在洋屿，又称洋屿水师营。

三江口水师营共配备大赶缯船2艘、2号赶缯船2艘、官座船2艘、大八桨船6艘、小八桨船4艘。编号分别为“为”、“快”、“捷”。

广州八旗水师

雍正七年(1729年)，驻防广州的八旗军队在凤凰岗南石头村组建水师，编有左、右2营。每营设协领1人、佐领2人、防御2人、领催和骁骑校共30人，水兵470人，匠役12人，教习等100人。

荆州八旗水师

康熙二十八年(1689年)，清政府分别在武昌、荆州、常德、岳州4处建立八旗水师营，统归荆州八旗将军指挥。荆州八旗水师营共有官兵3000余人，装备战船34艘，包括“顺”字号沙船10艘、“广”字号战船6艘、“大”字号巡江船4艘、“丰”字号战船14艘。主要担负长江中游和洞庭湖的巡逻。