崇祀于皇寺护法楼内的玛哈噶喇金佛

清朝入关后，沈阳成为盛京陪都。老奉天（沈阳）的城市结构，具有藏传佛教的坛城（曼荼罗）形制，时人称为「四塔七寺」布局。

崇德元年（1636年）清太宗皇太极于沈阳称帝，崇德三年（1638年）奉天首刹「莲华净土实胜寺」敕建竣成，实胜寺（亦称皇寺）护法楼内崇祀二臂红棒玛哈噶喇主尊。实胜寺内护法楼地位独特，皇寺与护法楼的独特建制，时谓「寺中有庙，庙中有寺」，抑或「双刹并置一庙中」。

清太宗皇太极与其兄礼亲王代善画像

曾供奉于皇寺护法楼内皇太极佩刀

崇德八年（1643年）三月，清太宗皇太极听取西藏僧人建言，在沈阳城德胜门、抚近门、怀远门、地载门外五里处，同时破土各建塔寺一座，分别为东塔永光寺、南塔广慈寺、西塔延寿寺、北塔法轮寺。顺治二年（1645年）五月，四塔寺全部建成，隶属实胜寺下院。皇太极逝后，其御花园改建为长宁寺，至此沈阳城以玛哈噶喇为主尊，皇寺庙和皇寺护法楼为核心的「四塔七寺」坛城结构正式完成。

四塔七寺，即位列核心的实胜寺及寺内护法楼、御花园长宁寺、东塔永光寺、南塔广慈寺、西塔延寿寺、北塔法轮寺。玛哈噶喇作为此坛城主尊，皇寺庙与皇寺护法楼兼有坛城殿堂之功用，东南西北四塔寺，作为坛城外围之四门。

清末实胜寺布扎法会寺僧留影

有清一朝，皇寺地位超绝，太宗甲胄、弓矢、宝刀一并供祀于兹。入关以降，皇寺为陪都首刹设掌印达喇嘛，达喇嘛享二品文官秩俸，掌管四塔七寺法务行政。闻名于当时的布扎法会，即由实胜寺奏请清帝方可开展，此法会规格隆重，亦由实胜寺主法，是为清代著名傩舞。清帝东巡，必至皇寺拈香礼佛，缅怀先祖。