故事发生在1926年的纽约，彼时，麻鸡们对魔法师的抵制达到了最高峰，由玛丽露（萨曼莎·莫顿 Samantha Morton 饰）所领导的反魔法组织活动频繁。与此同时，街头巷尾之中时时发生的种种灾难意外让魔法世界的存在离暴露仅有一线之隔，整个魔法部陷入了空前紧张的气氛之中。 

就在这个节骨眼上，环游世界进行着研究神奇魔法动物之行动的魔法动物学家纽特（埃迪·雷德梅恩 Eddie Redmayne 饰）抵达了纽约，他随身携带的魔法手提箱里，装着几十种他一路营救的魔法动物们，而他的一举一动，均处于隶属于魔法部的前傲罗蒂娜（凯瑟琳·沃特森 Katherine Waterston 饰）的监视之下。一场意外中，麻鸡雅各布（丹·福格勒 Dan Fogler 饰）误拿了纽特的手提箱，并且放出了藏在箱子里的魔法动物，为此，纽特、蒂娜、雅各布和蒂娜的妹妹奎妮（艾莉森·苏朵儿 Alison Sudol 饰）不得不踏上了寻找魔法动物的旅途。

        故事从1926年说起，黑巫师充斥着世界。各个国家对巫师都非常的反感，神奇动物也被禁止在城市中出现。

         魔法动物学家纽特一个人带着一个大箱子来到了纽约。纽约的众多建筑被如同黑风的怪物毁坏，市民对此都很害怕。

        而此时，纽特箱子里的一个超级喜欢金币的小怪兽嗅嗅逃了出来，纽特为了追踪它，进入了银行。

        在银行里，胖胖的面包师雅格布也来到银行为自己即将新开的面包店贷款，无意中拿走了纽特的一只魔法蛋。

        纽特为了抓回逃走的小怪兽嗅嗅，来到了地下银库，没想到被误认为要偷窃银行的金币。无奈的纽特只能施展魔法把银行的经理石化了。

        来向纽特归还魔法蛋的雅格布看到了这一切，简直不敢相信。他为了尽快逃离这里，拿错了他的魔法行李箱。

       纽约魔法部的蒂娜看到了纽特在公开场合使用魔法，把他逮捕了，带他回到了纽约的魔法部，并告诉他，他要寻找的人不在纽约了，纽约已经不允许养魔法生物了。

       而此时，纽约魔法部的人正在为逃脱的魔法生物攻击纽约市而一筹莫展。纽特告诉蒂娜，他正在写关于魔法生物的书，帮助别人了解怎样对待魔法生物。蒂娜向魔法部的官员格雷维斯报告纽特带着一箱子的魔法生物来到纽约，当格雷维斯要求蒂娜打开箱子时，他们发现魔法箱被拿错了。

         惊魂未定的面包师雅格布带着拿错的魔法箱回到家中，发现了里面跳出了奇怪的生物，吓坏了。

        纽特跟着逃出来的魔法生物大蛾子找到雅格布的家，施展魔法，把魔法生物捣毁的房子复原了，还抓回了逃出来的莫特拉鼠。

       正当纽特准备给雅格布实施消除记忆的魔法时，蒂娜却阻止了他。

       蒂娜带着纽特和雅各布回到自己在纽约的住所，妹妹奎妮看到姐姐首次带男生回家，很是惊讶。奎妮具有能读出麻瓜思想的能力。他们四个人快快乐乐地在一起吃了一顿丰富的晚餐。

        晚上，纽特偷偷地打开了魔法箱，钻了进去，雅各布也很好奇，进入了魔法箱内。进入魔法箱后，他发现了一个神奇的世界，里面圈养了许多的魔法生物，纽特还让雅各布帮忙喂养这些奇怪的生物。纽特告诉雅各布，他只所以来到纽约，就是想为这些魔法生物找到一个合适的居所。

       为了抓住逃出去的小怪兽嗅嗅，纽特和雅各布两人在纽约的街头一路追踪，终于抓住了喜欢偷金器的小怪兽嗅嗅，而他们自己也差点被当作偷窃财宝的小偷。

        纽约市的议员肖.亨特正在为竞选市长而进行演讲，突然一阵怪风把他卷到高处，摔死了他。

       蒂娜向魔法部的官员们报告了纽特带了一箱子的魔法生物来到了纽约，其中有魔法生物逃脱了，而官员却指责她，出现了死亡事件才来汇报。蒂娜得知纽约市有人死了，感到很惊讶。而纽特通过对死去的市议员尸体伤口的分析，否认是自己带来的魔法生物所为，他认为是默然兽干的。

       而魔法部的官员根本不相信，逮捕了他们，还没收了他带着的装有魔法生物的箱子。

       纽特和蒂娜被魔法部的官员判处了死刑，关键时刻，纽特利用隐藏的一个魔法生物小树人皮特进行了自救，还救走了蒂娜。

        奎妮也带着雅各布施展了魔法从魔法部官员格雷维斯办公室偷走了魔法箱。奎妮把他们藏在魔法箱内，带出了魔法部。

        为了找回遗失的魔法生物，他们去黑巫师所在的酒吧探听消息，没想到被魔法部的魔法师追踪而至，还好关键时刻，他们逃走了。

         少年克雷登斯寄居在一家孤儿院，每天都会受到寄养人的毒打，受到残酷压迫的克雷登斯体内的默然兽终于爆发，杀死了寄养人。

        纽特和蒂娜等人终于在梅西百货找到了逃走的魔法小蛇，把它带回了魔法箱之中。

      而此时，魔法部的格雷维斯也发现了少年克雷登斯才是默然兽。默然兽终于爆发了，毁坏了纽约市的众多建筑，纽特和蒂娜决定去把默然兽抓回来，奎妮也和雅各布告别，去抓默然兽了。

        默然兽在纽约市发威，纽特发现他的威力非常的强大。为了抓住默然兽，众多魔法部的魔法师都出发了，最后，终于在纽特和蒂娜的帮助下，所以魔法师一起施展魔法，干掉了默然兽。

       格雷维斯指责魔法部的魔法师杀死了默然兽。他决定反抗现有的制度，不愿意再隐藏中生活，结果被魔法部的主席下令抓住了，并露出了他的真面目，原来他是黑巫师格林德沃。

       最后，在纽特的帮助下，众魔法师施展魔法恢复了被默然兽毁坏的建筑，同时也消除了他们的记忆，连雅各布的记忆也消失了。

       纽特带着箱子里的魔法生物也离开了纽约，去寻找更适合它们居住的场所。

      作为《哈利波特》系列的前传影片，罗琳阿姨又给我们带了一个崭新的魔法世界，这部影片的特效堪称完美，视觉效果非常惊艳。