药师咒即药师琉璃光如来灌顶咒，念梵文咒语讲求的是语音纯正，用接近的汉字注音不能做到原来的准确发音，且中国方言之多每个汉字的方言发音又不相同。
在密宗佛教中特别是东密佛教有以石碑护身符制作符咒保护别人平安健康。药师佛心咒：石碑护身符组成“红蚕石、靛蓝晶、影子石、蜜蜡石、云海石”。药师佛心咒石碑护身符可以保护平安健康，化解人生中的凶煞。
心咒注音
梵文罗马字注音
很难做到发音正确，念梵文咒语最理想的是按照梵文字母的拼写去念，但在梵文字母不通用的情况下，用通用的拉丁字母注音念出梵文发音也是一个较好的选择。
namo bhagavate bhaiṣajyaguru
vaiḍūryaprabharājāya tathāgatāya
arhate samyaksambuddhāya tadyathā:
oṃ bhaiṣajye bhaiṣajye mahābhaiṣajya-samudgate svāhā.
汉字注音
南谟薄伽伐帝。鞞（Pi）杀社。窭（jv）噜薜琉璃。钵喇婆。喝罗（la）闍也。怛他（Tuo）揭多耶。阿罗（La）喝帝。三藐三勃陀耶。怛侄他（Tuo）。唵。鞞（Pi）杀逝。鞞（Pi）杀逝。鞞（Pi）杀社。三没揭帝莎诃。汉文历代传承多有变化（古代唐文为国语，现代广州。）。以念梵文 藏文 为参考，注 即说咒曰 音为 他得压他 （连读）
藏传心咒
罗马字注音
Tayata Om Bekanze
Bekanze Maha BeKanze
Radza Samudgate Soha
汉字注音
die ya ta ong bei kan ze bei kan ze ma ha bei kan ze la za sa mu ga die so ha
爹呀他翁 北看泽北看泽 妈哈北看泽 拉杂萨母嘎爹叟哈
喋雅他 嗡 贝堪则 贝堪则 玛哈贝堪则 喇杂 萨目嘎喋（即三没揭帝） 梭哈
raja 秘咒一律不翻译
末法必修
一：药师法门以读诵《药师琉璃光如来本愿功德经》，念药师咒，念南无药师琉璃光如来名号为根本，法门殊胜。
二：药师法门是现生就能得福慧的法门。药师佛行菩萨道时发十二大愿，令我们发挥财富，所求皆得。
三：药师法门是最适合相貌不好的人修。有人体身下劣诸根不具。丑陋顽愚，盲聋喑哑，挛躄背偻，白癞癫狂，种种病 苦。念南无药师琉璃光如来名号，来生就会长得非常美丽。
四：药师法门是最适合贫穷的人修。念南无药师琉璃光如来名号，很快就能得到财富。
五：药师法门是最适合病苦的人修。众人有病，逼切无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦。念南无药师琉璃光如来名字，一经其耳，众病悉得除身心安乐，家属资具悉皆丰足。乃至证得无上菩提。
六：药师法门是最适合诸事不顺的人修。众生心中随所乐求，一切皆遂。求长寿得长寿。求富饶得富饶。求官位得官位。求男女得男女 。
七：药师法门是最适合求生极乐世界的，药师经是为像法转时而宣说的。有人愿生西方极乐世界无量寿佛所。听闻正法，而未定者。修学药师法门，临命终时有八菩萨。乘神通来示其道路，即于彼界种种杂色众宝华中自然化生。易得弥陀本愿海，唯修药师本愿海。
八：药师法门是最适合持戒不严的人修。有人学习如来正法。而破戒律。有虽不破戒律而破轨则。有于戒律轨则虽得不坏，听到药师琉璃光如来名号。便舍恶行修诸善法。不堕恶趣。设有不能舍诸恶行，修行善法。堕恶趣者。由于如来本愿威力。令其现前暂闻名号。从彼命终还生人趣。得正见精进善调意乐。
九：药师法门是最适合灾难重重的人修。灾难起时，所谓人众疾疫难，外国侵逼难，国家政变难，星宿变怪难，日月薄蚀难，非时风雨难，过时不雨难。如果能供养药师琉璃光如来，众难解脱。
十：修药师法门，不会九横死，不会中邪，因为有药叉菩萨保护。
十一：若是女人讨厌女人身，听到世尊药师如来名号，至心称念，于后不复更受女身。
十二： 修药师法门，聪明智慧，勇健威猛，如大力士，速成佛道。
是故，药师法门为末法必修法门。 (方海权著)
心咒功德
尔时光中说此咒已，大地震动，放大光明，一切众
南无药师琉璃光如来
南无药师琉璃光如来
生病苦皆除，受安隐乐。
曼殊室利，若见男子、女人，有病苦者，应当一心，为彼病人常清净澡漱，或食、或药、或无虫水，咒一百八遍，与彼服食，所有病苦悉皆消灭。若有所求，至心念诵，皆得如是无病延年；命终之后，生彼世界，得不退转，乃至菩提。是故曼殊室利，若有男子、女人，于彼药师琉璃光如来，至心殷重恭敬供养者，常持此咒，勿令废忘。
复次，曼殊室利，若有净信男子、女人，得闻药师琉璃光如来、应、正等觉所有名号，闻已诵持。晨嚼齿木，澡漱清净，以诸香花、烧香、涂香，作众伎乐，供养形像。于此经典，若自书，听闻其义。于彼法师，应修供养，一切所有资身之具，悉皆施与，勿令乏少。如是便蒙诸佛护念，所求愿满，乃至菩提。（《药师琉璃光如来本愿功德经》）
（注：唐玄奘译《药师琉璃光如来本愿功德经》，原缺咒语及前后经文。流通本乃据唐义净译《药师琉璃光七佛本愿功德经》补入，从说咒前“复次曼殊室利”，至“所求愿满，乃至菩提”，共四百二十八字。）
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