英国黑衣人总部王牌探员H与新晋探员M在阻止外星团伙入侵的过程中意外铲除了隐藏在黑衣人组织中的内奸，成功拯救世界 。

很多年以前，外星人开始入侵地球，地球上成立了一个黑衣人的组织，专门负责抓流浪在地球的外星人。也有一些外星人成为地球的一员，以地球人的形态生存了下来。

莫莉是一个黑人小女孩，小时候，正好看到黑衣人在抓捕外星人，还偷偷放走了一个小外星人塔伦兽。由于被黑衣人误认为睡着了，没有被消除记忆，所以她这段记忆就被保存了下来。

长大后的莫莉成绩优异，一心想加入黑衣人的组织，但是，政府官员们都不清楚有这样的部门存在。

莫莉利用工作的间隙，黑进了政府的网络，探查到了外星人进入地球的信息，跟随着执行任务的黑衣人，进入了黑衣人的纽约总部。但是，她没想到，一踏入黑衣人总部，就被发现了。

在听取了莫莉的一番辩解之后，纽约黑衣人总部的老大还是接受了她成为了黑衣人实习探员，命令她去英国总部接受新的任务。

莫莉很兴奋地坐上通往英国黑衣人总部的列车，瞬间穿越到了英国的黑衣人伦敦总部。

伦敦总部的老大T很高兴的欢迎她的到来。还给了她一只秒表作为礼物。

在摩洛哥，两个来自外星球的外星人要刺杀丑怪贾巴比亚人万格斯，他们来找仙女座女王探听消息。

伦敦总部的H探员是个玩世不恭的黑衣人，因为长的帅，很受欢迎。他曾经和T一起打败过凶恶的外星人蜂兽。H接到任务，去保护丑怪万格斯，因为他是贾巴比亚人的皇室成员，莫莉自告奋勇的要求和H一起去执行任务，在她的软磨硬泡下，H最后还是同意。

他们两人进入了外星人聚集的夜店，万格斯看到H的到来，非常的开心，原来他们是早已熟识的老朋友。而莫莉却发现了要刺杀万格斯的两个外星人也追踪到了这里。万格斯把一个小水晶给了莫莉，告诉她，好好保存。

两个外星人在万格斯离开的时候，发动魔法攻击，准备刺杀他。莫莉和H赶到和他们打斗在一起，但是，万格斯还是被他们杀了。

T通过电脑分析，发现了这两个外星人来自于被蜂兽控制的星球天龙星，身上具有蜂兽的基因。而莫莉却发现了一些蹊跷，她认为总部内有内奸，把他们去保护万格斯的消息透露了出去。

H和莫莉两人偷偷离开黑衣人总部，前往摩洛哥探听消息。

而这时，黑衣人探员C也发现了莫莉手中，万格斯送给她的水晶是一件奇异的宝贝，他把这一消息汇报给了T。

莫莉和H来到了仙女座外星人的基地，发现女王已经死去，小外星人兵兵被莫莉说服，跟随了她。

得知莫莉和H擅自离开的T派出了其他黑衣人，准备把他们抓回来。天龙星外星人为了抢夺莫莉手中的水晶，也追赶他们到摩洛哥。H和莫莉驾驶着高科技穿越摩托逃脱了他们的追捕，来到了一片沙漠。

莫莉发现万格斯送给她的水晶居然是一件功能强大的武器，能毁灭星球。趁他们不注意的时候，跟随他们的一个胡子怪外星人把水晶偷走了，要去送给外星女王瑞莎。而瑞莎与H有些不可高人的秘密，H不得已，只得去找瑞莎想找回水晶。

H来到了瑞莎的城堡，想诱惑她交出水晶，但是瑞莎早已经知道了他的来意。莫莉也悄悄地潜入了瑞莎的城堡，最后，在已经长大的外星人塔伦兽的帮助下，他们顺利的拿到了水晶逃出了瑞莎的城堡。

但是，这时候，天龙星的两个外星人也追踪到了这里，要抢走他们的水晶，结果被赶到的众多黑衣人干掉了。而莫莉也发现他们来抢水晶的目的居然是要去干掉蜂兽。

莫莉偶然发现天龙星外星人的信息在黑衣人总部居然被删除了，怀疑T就是内鬼。

果然，T带着水晶来到了法国的埃菲尔铁塔，想在这里打开通道，引来蜂兽。原来在之前与蜂兽的战斗中，T已经被蜂兽感染了，身上有了蜂兽的基因。

最后，在莫莉和H的联手狙击下，莫莉利用水晶变换出的强大武器干掉了蜂兽，关闭了通道。莫莉也成功通过了实习，成为了正式的黑衣人的一员。

《黑衣人：全球追缉》作为黑衣人的番外篇，故事情节的总体设计还是比较圆满的。特效也是做的不错。各种脑洞大开的外星人和颠覆想象的高科技装备轮番登场，完美构建出全新的黑衣人宇宙观。