1990年代中期，暗号「黑金星」的南韩「国家安全企划部」情报员，假扮成南韩商人跟北韩进行商业交易，藉此渗透北韩军事单位，打探核开发情报，他得在最危险的地方，赢得敌方的信任，没想到一心只想完成任务的他，却在不自觉中陷入南北韩权力高层间的恐怖阴谋。

故事从朝鲜退出核不扩散计划开始。韩国军人朴錫英被安排成为间谍，他刻意隐藏自己军人的身份，以商人做掩护，欠下一大笔钱，成为信用不良的人。

为了获取朝鲜方的信任，他故意接近朝鲜核物理学家的学生。在韩国举行的学术研讨会上，韩国安全局的官员把朝鲜的核物理学家引诱到了韩国，用金钱说服他投诚。最后，在金钱和自己孩子前途的诱惑下，朝鲜核物理学家说出了朝鲜制造核弹的秘密。

知道秘密的韩国国家安全局的官员知道后，非常恐慌，安排朴锡英渗透入朝鲜高层，探听朝鲜方面的进一步动向。他告诉朴錫英，尽快接近朝鲜的高层人物，负责朝鲜经济工作的李明云。

朴錫英前往北京，以生意人的身份，接近一位叫清原久的日本中间人。但是，朝鲜在北京的间谍早已盯上了他，并在他的房间里安装了窃听器。

通过和这个日本中间人的接触，韩国国安局还查出了一批假冒的朝鲜农产品，终于获得了朝鲜经济部门的信任，认可他的商人身份，主动约他见面。

李明云约他在北京的一个小饭店里见面，对他进行了测试，被他巧妙的躲过了。李明云让他提供韩国方面的相关情报，而韩国国安局要求朴锡英能顺利进入朝鲜的核试验基地，探查朝鲜的核试验进度。

朴锡英给李明云25万美元，解决了他们的燃眉之急。而朝鲜方面却再度要求他提供更重要的韩国方面的情报，朴锡云假装生气，离开了。

但是，这些都是朝鲜方面对他的再一次测试。李明云终于消除了对他的怀疑，邀请他来饭店吃饭，并向他引荐了朝鲜方面的高官。

朴锡云暗藏了一个微型录音机去赴宴。朴锡云和李明云商议通过经营朝鲜的古文物来盈利，并把韩国的企业介绍给朝鲜，他利用碰碗碟的声音掩盖了录音机的声音。两人最终商谈成功，朴锡英可以带摄影团队去朝鲜拍摄广告，韩国国安部官员也想趁机了解朝鲜的核设施情况。

朴锡英把带摄影团队去朝鲜拍摄广告的计划给了李明云看，告诉他，如果成行的话，以后可以每年给朝鲜带来巨额的收益。

但是，朝鲜和韩国之间突然军事对抗升级，李明云让他来朝鲜，因为金正日要面见他。在经过一番审核后，朴锡英顺利的通过考验，被带到了金正日的住所。通过朴锡英的一番说辞，金正日同意了摄影团队来到朝鲜为企业拍摄广告的活动，并让他把朝鲜的青花瓷器帮忙卖出高价。

他们与朝鲜方签署了合同，以拍摄广告的条件，帮朝鲜卖出高丽时期的古董。朝鲜收到了大量的美金，摄影团队也来到朝鲜，朴锡英接到命令，趁机侦察朝鲜的核反应堆是否真正的停止工作。

朴锡英终于说服了朝鲜方，可以前往核反应堆的所在地。而李明云也通过窃听器，猜测了朴锡英来朝鲜的真正目的。

他告诉朴锡英，他之所以支持这个摄影广告项目，是因为两国之间14年来的首次合作，不希望这样的活动因为间谍活动而停止。

由于韩国即将大选，有关探查朝鲜核设施的计划被命令停止了。而在朝鲜一方，李明云也拒绝与他见面了。

他偷偷的在李明云的房间内安装了窃听器，偷听到了李明云与韩国国安官员崔室长以及韩国议员的谈话。韩国议员希望朝鲜帮忙搞军事行动阻止金大中的当选，还给了他们一大笔美元。虽然李明云不想同意，但是朝鲜高层还是同意了他们的要求。在另一个房间偷听的朴锡英偷听到了这一切。

李明云心灰意冷，告诉朴锡云，他想为国家和民族做些事情，却被高层出卖了。

朴锡英在李明云的协助下去见了金正日，想阻止他发动武装冲突而干涉韩国的大选，称这样会对正在进行的广告生意以及古董生意带来影响。并举报了他的手下郑部长等人利用这次事件贪污了40万美元，金正日被说服了，下令彻查干涉韩国选举的事，并停止了在三八线的武装冲突。

韩国新总统金大中高票当选了，当选当日，他宣布缓和与朝鲜的关系。

在离开朝鲜之前，李明云请朴锡云到自己的家里来吃饭，并送给了他一个领带夹作为纪念，感谢他说服金正日停止武装冲突。

韩国议员为了掩盖自己与朝鲜方面联手干预韩国大选的事，暴露了朴锡英的特工身份。李明云知道了朴锡英的特工身份，但是，还是冒着风险放走了他，而他自己却被朝鲜警察带走了。

多年以后，朝鲜韩国两国间的关系缓和了，分隔两地的家属也首次见面了。两国女星首次同台合作演出，朴锡云也见到了多年没见到的李明云。

《特工》这部谍战片与韩国以往的谍战片不同，并没有枪林弹雨的动作戏，完全是玩技巧的特工斗争。从一开始探查核设施的主题顺利转换成两地和平的主题，一点也不突兀。