在幼苗期，海南黄花梨容易出现黑痣病和炭疽病两种病害，黑痣病容易使枝干与果荚出现病斑，并在雨季快速扩散，致使整个叶子变黑、脱落，使幼树生长遭受严重危害;炭疽病会伤害降香黄檀的嫩梢与嫩芽，小病斑在叶子上是黑色小点分布的深褐色圆形状，枝条呈黑色，并慢慢变枯。要防治这两种病害，可用5%甲基托布津500倍液或70%代森锰锌可湿性粉剂每过7天喷一次，喷个两三次即可。

天牛是海南黄花梨幼苗的主要害虫，幼树受害后通常会枯萎或被风刮倒。防治时，可以摇晃树木让成虫落地后进行捕杀，同时用注射器将90%的敌百虫或50%辛硫磷300,400倍液从虫害的孔眼注入，将孔眼用泥巴封住，防治虫害要每过10天喷一次1：1：100波尔多液，喷一次90%敌百虫0.067%溶液。