总督，通常指一个国家的某片相对自主的区域中，实际或名义上的最高行政长官。许多国家都有或曾经有设置过总督职位。
清朝时，对统辖一省或数省行政、经济及军事的长官称为“总督”，尊称为“督宪”、“制台”、“制军”等，官阶为正二品。但是，可通过兼兵部尚书衔最高配至从一品。并且，与只掌握一省行政事务的巡抚不同，总督兼管数省的同时，在政务之外还兼掌着军务与经济。
其中，有直隶总督、两江总督、四川总督、闽浙总督、云贵总督、湖广总督、两广总督、东三省总督和陕甘总督。此外，明清也有河道总督、漕运总督等，专管某项政务的总督官职。
明、清两代都设立了“总督”一职，那么，它们有何不同呢？这里，我们先来普及一下“总督”职位的由来，以及设立的初衷。
据说，最早除罗马帝国外，这一职位在国内外都没有过，甚至，连英国开拓殖民地时也没用过。而中国最早设立总督一职，是在明朝中期。总督的权力很大，可以掌握地方大权，督办重要事务。可以说，明、清两代虽然都设立了总督一职，但是，它们区别却很大。
明朝一开始设立的总督、巡抚，本身并非真正的地方长官。明朝制度化的地方长官是三司，承宣布政使司，主要负责行政事宜；提举按察使司，主要负责司法事宜；都指挥使司，主要负责军事。每个省都会设立三个衙门，并且，三个衙门都是平级的，互不隶属，直接向中央各部负责，这一点和宋朝很相似。
然而，“三司制度”可谓有异曲同工之妙，但是，回归事情本质去看，还是体现了中国古代政治的中央集权化，最终，在这样的情况下，地方的权力愈弱。
明朝一开始设立总督、巡抚，大概相当于宋朝官员的差遣。
因为宋朝极重视中央集权，导致在地方主政的官员，实际上，并非地方官，而是由中央派遣的。所以，我们经常可以看到，一个宋朝官员，“知某州公事”，这里的“知”字是一个动词，实际上，这个官员在中央很有可能是某部里面的一个官，但是，现在朝廷差他去地方上任，管理一个地区的政务。
这类官员，他们的官职级别，类似于南北朝时期的某州军事。据说，在魏晋南北朝时，中央常常派遣中央官到边境地区，都督数个州的军事，并且，以监督地方维持日常运营。所以，总督、巡抚的设置，本质只是皇帝赋予中央一些大员，去地方上总揽军务、政务而便宜行事的名义。
在清朝，总督是地方的大官，掌握着地方的军权、行政权，属于重要的封疆大吏。东三省的总督，因清朝在关外发家，所以，东三省总督是所有地方总督的“top1”，他的地位是最高的。而直隶总督，因身靠北京，后来，又加入了北洋大臣的管辖，所以，也是很有分量的。
总之，清朝总督堪比最有分量的地方官。
而明朝却大不相同，它最早设立总督一职时，压根儿就没把它当做正式的官职去设立。
明朝的总督，都是从中央的尚书、侍郎里挑选出来的。而设立总督的初衷，是为了让他们解决一些棘手问题。在赋予他们足够的权力、权限之外，允许他们调配各路资源，尽量去平息地方事端。但是，等到这些事处理结束后，他们则立即会被撤掉这一官职。所以说，在明朝，总督并不是一个固定的职位。
然而，比较具有代表性的，就是在明朝中期，为了抵御北方鞑靼设立的蓟辽总督，专门管理钱粮军务。因为，北方一直不稳定，所以，这个职位一直存在，直至清朝时期才被废除。当然，即便是这样，在明朝时期，总督依旧是一个很重要的官职。
尤其是，在中央工作时，总督身居高位，在地方工作时，他们掌握着重要的军权、财权、行政权，同样有着举足轻重的地位。并且，从明朝中期开始，一些地方总督，开始被设立为常规官职。
与明朝大不相同的是，清朝设立总督，是为了让中央更好的把握地方权力。中央会委任地方官员担任总督一职，这些人多数是文臣，用于掣肘地方上的武将。甚至，为了不让总督的势力过大，明朝把军队的实际力量基本抽走。也就是说，军队只听朝廷的命令，而非总督的安排。
总督只负责掣肘高级武官，为了让自己安心，清朝皇帝也采用了明朝的经验，令巡抚、总督二者互相牵制，确保中央集权，避免地方势力过大。同时，也给了总督一些自由调配权，允许他们在规定的空间内自由发挥。因此，总督可以制约不同地方、不同省份，从而，更好的处理地方事务。
因明、清两代设立总督的目的不同，也导致了后来的一系列不同。
不过，两个朝代本身就不一样，所以，他们对官职设立有区别，也是一件非常正常的事情了。因为，总督这一职务的设立，也是随着社会的发展变化而变化的。如果说，地方需要一定空间，才能处理好地方事务，这也很好解释了，为什么清朝会继续沿用明朝时期的制度，继续设立总督一职了。
但是，因为两朝在外部环境、内部结构上有很大区别，所以，在设立总督一职时，经常会出现不同，这也实属正常之事。
最后，总督与巡抚哪个权利更大？
前文已经说过，清朝时期的地方行政制度，实行的是“督抚制”。当时，清政府将全国划分为23个省，每个省设一名巡抚，为主管一省民政的最高长官。可以说，总督权力比巡抚大得多，但是，它与巡抚之间没有直接的隶属关系，总督和巡抚都是对上直接听命于皇帝的人。
这其中，不同的是总督可以管数省，侧重军事，巡抚只管一省，侧重民政。当时全国设八大总督，分别为直隶、两江、闽浙、两湖、陕甘、四川、两广、云贵总督。这就不难看出浙江事实上是归闽浙总督管的。李沛诚所著《中国历代改革者》一书中专门介绍两江总督管辖的是：江苏、安徽、江西三省。
参考资料：
【《清史稿·职官志三》、《历代职官表》、《明会要·卷三四·职官六》、《中国历代改革者》】