第一种版本
香赞
炉香乍爇，法界蒙熏，诸佛海会悉遥闻，
随处结祥云，诚意方殷，诸佛现全身。
南无香云盖菩萨摩诃萨(三称)
净口业真言
唵，修利，修利，摩诃修利，修修利，萨婆诃。
安土地真言
南无三满多，母驮喃，唵，度噜度噜，地尾，娑婆诃。
普供养真言
唵，誐誐曩，三婆嚩，袜日啰斛。
发愿文
稽首三界尊，皈命十方佛，我今发宏愿，持此药师经，上报四重恩，下济三涂苦，
若有见闻者，悉发菩提心，尽此一报身，同生琉璃国。
亲觐大慈父，殷勤闻真谛，学习狮子吼，回返娑婆地，度众脱苦海，弘法利群迷。
奉请十二药叉大将
奉请：宫毗罗大将。奉请：伐折罗大将。
奉请：迷企罗大将。奉请：安底罗大将。
奉请：额你罗大将。奉请：珊底罗大将。
奉请：因达罗大将。奉请：波夷罗大将。
奉请：摩虎罗大将，奉请：真达罗大将。
奉请：招杜罗大将。奉请：毗羯罗大将。
奉请八菩萨
奉请：文殊师利菩萨。
奉请：观世音菩萨。
奉请：得大势菩萨。
奉请：无尽意菩萨。
奉请：宝檀华菩萨。
奉请：药王菩萨。
奉请：药上菩萨。
奉请：弥勒菩萨。
南无药师会上佛菩萨(三称)
开经偈
无上甚深微妙法，百千万劫难遭遇，
我今见闻得受持，愿解如来真实义。
药师灌顶真言
南无薄伽伐帝，鞞杀社窶噜，薜琉璃 ，钵喇婆，
喝啰阇也，怛他揭多耶，阿啰诃谛，三藐三勃陀耶，
怛姪他，唵，鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社，三没揭谛，莎诃。
解冤咒
解结解结解冤结，解了多生冤和业，
洗心涤虑发虔诚，今对佛前求解结。
药师佛，药师佛，消灾延寿药师佛，随心满愿药师佛。
消解病咒
唵致哩哆。喧哩哆。晖咤唎。萨娑诃。
唵致哩哆。喧哩哆。晖咤唎。萨娑诃。
唵致哩哆。喧哩哆。晖咤唎。萨娑诃。
赞
十二药叉大将。助佛宣扬。五色彩缕结其名。
随愿悉圆成。冤业冰清。福寿 永康宁。
药师教主。延寿能仁。日光普照月光临。
菩萨降福隆。药叉神明。拥护保安宁。
药师会上。炽盛光王。十二大愿妙难量。
苦海作舟航。 广大吉祥。 诸佛尽称扬。
药师会上。硫璃光王。八大菩萨降吉祥。
七佛护坛场。日月威光灭罪免灾殃。药师大愿。
功德无边。大千沙界尽包含。宝地布金莲。我佛宏宣。福寿广增延。
回向偈
愿消三障诸烦恼, 愿得智慧真明了,
普愿罪障悉消除, 世世常行菩萨道。
第二种版本
南无常住十方佛 南无常住十方法 南无常住十方僧（三称）
愿此香花云 徧满十方界 一一诸佛土
无量香庄严 具足菩萨道 成就如来香
药师赞：皈命满月界 净妙琉璃尊 法药救人天 因中十二愿
慈悲宏誓广 愿度诸含生 我今申赞扬 志心头面礼
净身业真言：唵 修多利 修多利 修摩利 修摩利 莎诃
净口业真言：唵 修利修利 摩诃修利 修修利 莎诃
净意业真言：唵 缚日啰 怛诃贺吽
安土地真言：南无三满哆 母驮喃 唵 度噜度噜 地尾莎诃
普供养真言：唵 耶耶曩 三婆缚 伐日啰吽
赞文:南无药师会上佛菩萨（三称）
莲花花瓣安住八佛及经卷 迎请药师七佛圣众集海会 八大菩萨十六大士来围绕 十二药叉神将各领诸眷属 大梵帝释天王金刚力士等 土地龙神城隍诸护法 龙天八部护正法 助扬药师法门得圆满 普能利乐诸有情 同证如来无上道
一心皈命药师海会 诸佛菩萨 祈请加持佛光照耀 除灭弟子众等 无始贪瞋痴 以此修法所集 善功德 普皆回向 十方法界诸众生 安住正道圆成佛智
祈请护法:
奉请大梵天王 奉请帝释天王 奉请四大天王
奉请宫毗罗大将 奉请伐折罗大将 奉请迷企罗大将 奉请安底罗大将
奉请頞儞罗大将 奉请珊底罗大将 奉请因逹罗大将 奉请波夷罗大将
奉请摩虎罗大将 奉请真逹罗大将 奉请招杜罗大将 奉请毗羯罗大将
称佛名号与十二大愿:
南无本师释迦牟尼佛（三称）
南无药师琉璃光如来（三称）
南无药师琉璃光如来本愿功德经（三称）
药师琉璃光如来本行菩萨道时发十二大愿令诸有情所求皆得
第一大愿：愿我来世得阿耨多罗三藐三菩提时，自身光明，炽然照耀无量无数无边世界，以三十二大丈夫相，八十随形，庄严其身，令一切有情，如我无异．
第二大愿：愿我来世得菩提时，身如琉璃，内外明彻，净无瑕秽，光明广大，功德巍巍，身善安住，焰网庄严，过于日月．幽冥众生，悉蒙开晓，随意所趣，作诸事业．
第三大愿：愿我来世得菩提时，以无量无边智慧方便，令诸有情皆得无尽所受用物，莫令众生有所乏少．
第四大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情行邪道者，悉念安住菩提道中，若行声闻独觉乘者，皆以大乘而安立之．
第五大愿：愿我来世得菩提时，若有无量无边有情，于我法中修行梵行，一切皆令得不缺戒，具三聚戒，设有毁犯，闻我名已，还得清净，不堕恶趣．
第六大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，其身下劣，诸根不具，丑陋，顽愚，盲，聋，瘖，痖，挛，躄，背偻，白癞，颠狂，种种病苦．闻我名已，一切皆得端正黠慧，诸根完具，无诸疾苦．
第七大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，众病逼切，无救无归，无医无药，无亲无家，贫穷多苦，我之名号，一经其耳，众病悉除，身心安乐，家属资具，悉皆丰足，乃至证得无上菩提．
第八大愿：愿我来世得菩提时，若有女人，为女百恶之所逼恼，极生厌离，愿舍女身，闻我名已，一切皆得转女成男，具丈夫相，乃至证得无上菩提．
第九大愿：愿我来世得菩提时，令诸有情，出魔羂网，解脱一切外道缠缚．若堕种种恶见稠林，皆当引摄，置于正见，渐令修习诸菩萨行，速证无上正等菩提．
第十大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，王法所录，绳缚鞭挞，系闭牢狱，或当刑戮，及余无量灾难凌辱，悲愁煎逼，身心受苦．若闻我名，以我福德威神力故，皆得解脱一切忧苦．
第十一大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，饥渴所恼，为求食故，造诸恶业．得闻我名，专念受持，我当先以上妙饮食，饱足其身，后以法味，毕竟安乐而建立之．
第十二大愿：愿我来世得菩提时，若诸有情，贫无衣服，蚊虻寒热，昼夜逼恼，若闻我名，专念受持，如其所好，即得种种上妙衣服，亦得一切宝庄严具，华鬘涂香，鼓乐众伎，随心所翫，皆令满足．
药师偈：
药师如来琉璃光 焰网庄严无等伦 无边行愿利有情 各遂所求皆不退
安住众生于正道 悉皆成满菩提愿
南无东方净琉璃世界药师琉璃光如来（三称）
南无药师琉璃光如来（一０八）
南无日光遍照菩萨（三称）南无月光遍照菩萨（三称）
以上就是药师经的修行仪轨了，各位师兄们可以好好的看一看。
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敬请常念南无阿弥陀佛
一切重罪悉解脱
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