中医论疫已经有很长的历史。就相关文字记载来看，有关“瘟疫”的记载最早出现在殷商时代。甲骨文中已有“疒役”的记载，学者考证后认为可能是殷人透过贞卜来判断瘟疫的严重程度《山海经》则载：“有兽焉……见则天下大疫。”《玉函山房辑供书》卷五四《乐纬叶图徽》中则载有五种“凤鸟”(凤凰之属)，其中一种“鸠喙圆目”，只要一出现，瘟疫立刻随之而来。
论及影响传染病发生的原因，有社会政治、地理环境、灾荒、交通等因素。据学者研究，在中国的流行病历史中，隋唐以前，政治与军事因素所引发的传染病较多；隋唐之后，则以地理环境与交通发达、中外交流频繁，而导致疾病的传染较多。宋元以下，中国的政治经济发展中心逐渐南移，因气候、地理环境差异，人们最先碰到以寄生虫为主的传染疾病，而许多疾病也开始有了南北地域方土的差异，这些因素都间接促进了中医学理论之深化与変革。当然，古人无法知道细菌之存在，所以只能用各种“气”的侵袭，来描述病因。除了“热”之外，中医认为风、寒、暑、湿、燥、火(六淫)都可能导致传染病，例如，《史记・货殖列传》载：“江南卑湿，丈夫早夭。”此即环境(自然因素、生物环境与人文社会环境)与疾病因果的结合，与中医学的发展息息相关，“湿气”即为导致人体疾病的重要因子之ー。
01 伤寒
从古代的医学宝典《内经》、《难经》的描述中可知，中国人很早就对包括传染病在内的“热病”不断加深认识，例如:“凡病伤寒而成温者，先夏至日者为病温，后夏至日者为病暑。”(《素问・热论》)“伤寒有五:有中风，有伤寒，有湿温，有热病，有温病，其所苦各不同。”(《难经・五十八难》。
值得注意的是，此时的“温病”概念仍囿于古代伤寒体系中，并未发展出独立的理法、方药，不同于明清后的发展。张仲景经历了汉未的一场大疫，《伤寒论》自序载:“余宗族素多，向余二百，建安纪年以来，犹未十稔，其死亡者，三分有二，伤寒十居其七。”故自《伤寒论》问世后，“伤于寒”就成为中医治疗外感热病的主要论述体系。在很长的一段时间中，张仲景的医方是治疗“瘟疫”的主力。
《伤寒论》
“疫”的原始字义应该与“役”有关。张纲在《中医百病名源考》中指出：上古之人，服国家之役，乃饥寒辛苦之最者，故疫之为病，最有可能在百姓服役时所出现。古人也认为疫病是由鬼怪所带来的，故而有“疫，役也，言有鬼行役也”之说。这些都是上古医学尚处蒙昧之时对疾病的粗浅认识，在以“气”为主的医学主体论述出现后，对疫病的看法才有重大改变。关于其他的致病因子，现存之《伤寒论》中对温病的着墨相对少了许多，仅有几个观念被传承下来，例如“太阳病，发热而渴，不恶寒者为温病”、“若发汗已身灼热者，名日风温”等。一直到明未吴有性的《温疫论》(1642)问世后，另一个治疗热病的体系——温病，才算走出了一条新路。不过，并不是所有医者都认为《伤寒论》没有好好论述温病，如清代陆懋修(字九芝，1818—1886)即指伤寒乃古代一切热病之总称，治疗温病的方法，也囊括于伤寒法之内。他在《葛根桂枝辨》、《温热病说》等篇中阐述，温热病从诊断、辨证与施治各方面，都可以从《伤寒论》中的“阳明病”系统内找到线索。
02 温病
另一个解释瘟疫为何的系统，即吴有性的《温疫论》。他和张仲景有类似的大疫经历，看到当时医家仅用张仲景的方药去治疗，造成大量死亡。吴有性说:“论之者纷纷，不止数十家，皆以伤寒为辞，其于温疫症而甚略之。是以业医者，所记所诵，连篇累牍俱系伤寒，及其临症，悉见温疫，求其真伤寒，百无一二。”吴写下他所亲历的大疫：
崇祯辛已，疫气流行，山东、浙省、南北两直，感者尤多，至五六月益甚，或至阖门传染。始发之际，时师误以伤寒法治之，未尝见其不殆也。或病家误听七日当自意，不尔，十四日必瘳，因而失治。有不及期而死者;或有妄用峻剂，攻补失序而死者；或遇医家见解不到，心疑胆怯，以急病用缓药，虽不即受其害，然迁延而致死者，比比皆是。
虽然所遇见之大疫经验相同，但东汉未到明末毕竟经过了一段不算短的年代，原《伤寒论》中治疗传染病的方药，已不敷使用，所以吴氏才另著《温疫论》来作为治疗热病学的新思考。如《温疫论・杂气论》中记载：
为病种种，难以枚举。大约病偏于方，延门阖户，众人相同者，皆时行之气，即杂气为病也。为病种种，是知气之不ー也。盖当时适有某气，专入某脏腑某经络，专发为某病，故众人之病相同，是知气之不ー，非关脏腑经络，或为之证也。夫病不可以年岁四时为拘盖非五运六气所能定者，是知气之所至无时也。或发于城市，或发于村落，他处截然无有，是知气之所着无方也。疫气者，亦杂气中之一，但有甚于他气，故为病颇重，因名之疠气。
吴有性,《温疫论》
吴认为各种气，统称杂气，皆可能导致疫病，然而“疠气”(疫气)是其中最严重的病因。 此说正式为瘟疫的身份定调，颠覆了过往独尊“伤于寒”的认知体系。 然而，清代才是温病学说最发达的时代，吴的说法，只是开启一条和《伤寒论》不同的思考道路而已，并没有成为唯一的典范。他所谓不同于疫气的“杂气”说，被清代多数温病学者用六气概念衍伸出的“邪气”说取代。自此，温病体系変得更多元而复杂。
明清之际的兵荒马乱，加上清代以来对外通商，中国南方人口增长迅速，使得温病迅速成为中国南方本士性疾病的代名词。其中，吴瑭在《温病条辨》中就把温病分为风温、温热、温疫、温毒、暑温、湿温、秋燥、冬温、温疟等。其中，温、热、暑、燥等是广义的不正之气，“温毒”与“温疫”则是疠气、秽浊之毒气所致。现在这些“病气”都统归在温病之下，主导了身体患病时的感受，如“湿”会造成骨关节疼痛、滞重感，如叶桂所言:“恶寒发热，身重，关节疼痛，湿在肌肉。”这是指温病的“热”感之外兼有“湿”气而言。又因为“暑”与“湿”都是邪气之一，皆为疾病发生的因子，所以头痛身痛，发热，既是暑温之症，也是湿温之症。如果前者分量较重，则发高烧的情形会比较严重;若后者较重，则身痛会加剧。
03 寒、温两派的藩篱
病人身上的征候成为治疗准则。这种杂气相兼而行的状况，王士雄在《重庆堂随笔》中说:“暑也湿也，皆五气之也。暑属火，湿属士，各居五行之ー，火土合德，故暑湿每易相兼，义理之常也。”所以综合来说，杂气不但是致病原因，它的属性也主导了身体感受的来源，而中医温病中所包括的发热疾病，既是症状，也是病人身体感受的集合，不能用绝对的单一病名来看待。是以中医时有症状相同之论，而少有病名相同之统一且固定的定义。
医史家谢利恒在《中国医学源流论》中说:“《伤寒论》为汉代古书，温热为当今专病。谓《伤寒论》中无治温病之法固不可，若欲责汉代之人包治后世温热等万有不齐之病，亦未免太迁。”古书虽古，今病却千変万化，诚一针见血之论。但有趣的是，“伤于寒”的理论仍存在于治疗热病的体系中，并没有被冠上“不合时宜”而遭到遗忘。如吴瑭认为:“寒气”仍是一切外感热病发病的主因，以其藏伏于身体之内，到春天时被触动而发病，故“伤于寒”仍是感染热病的重要诱因。吴瑭批评《温疫论》时又说:“(又可)不明伏气为病之理，以为何者为即病之伤寒，何者为“不即病，待春而发”之温病，遂直断温热之原，非风寒所中，不责己之不明，反责经言之谬。”“吴氏当崇祯凶荒兵火之际，满眼温疫，遂直辟经文“冬伤于寒，春必病温”之文。盖皆各执偏见，不能融会贯通也。”如此看来，可能多数温病学家仍尊崇仲景学说，寒、温两派的藩篱，并没有我们想象中的大。
谢观，字利恒， 《中国医学源流论》
主张经方派的医家就更不用谈了，他们多认为寒、温两派之间的差异，不过是医者不明《伤寒论》的借口。如唐宗海就认为《伤寒论》是“万病之隐括”他驳斥了“后世温热各书，皆谓仲景，只论伤寒，不论温热”的诸多质疑。唐认为，“六经辨证”是仲景论病之大纲，仲景兼顾到风、寒、温之气，更重要的是《伤寒论》以经脉疾病为系统，来分类外感热病的症状与治疗体系，并不只是以“寒气”作为唯一的基础，遂其能独立于“杂气”与“疫气”之外自成一格，此为“伤于寒”之系统还能得以延续治疗热病的临床学术价值之首要条件。所以到了近代，中医寒、温两大系统的论病方式，仍可以同时和西方的传染病学展开对话。
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