南京育群中学旧址位于现在南京市中华中学内，始建于1899年，是英籍加拿大人马林（原名威廉· 爱德华· 麦克林）创办的，起始校名为“基督中学”，校址在中华路344号，只收男生。

1926年学校改名为“爱群中学”，美国传教士林媚凌（女）接替马林，任教会代理人，首任中方校长为邵镜三。同年，基督教又在中华路369号（爱群中学对面），创建“明育女中”，教会代理人仍为林媚凌，中方校长为汪是才（女）1928年，政府要求私立中学备案，因两校规模较小，设备简陋，故而决定合并，各取原校名一字组建“育群中学”，1929年正式注册，任教会代理人为林媚凌，校长为邵镜三。分设男子部（原爱群中学校址），女子部（原明育女中校址），小学部（原爱群中学校内）。

1929年，林媚凌去职，由美国传教士吉爱梅（女）接任，直至1949年。同年，邵镜三赴美留学，蔡汝霖接任校长，1931年蔡汝霖出国留学，鲍文年任校长。1935年，鲍文年调职后，蔡汝霖继任校长，直至1951年8月与南京市一女中合并。

日本入侵，南京沦陷，育群中学曾先后迁至江宁县湖熟镇，上海黄浦区，江西赣县办学，1938年，蔡汝霖率部分师生到上海，加入基督教“华东联合中学”。留宁的师生由萧德庆主持，更名为“育德中学”继续办学。

抗战胜利后，蔡汝林率师生返宁，育群中学复校，仍分男子部，女子部，小学部。南京市立女子中学始建于1940年，校址在中华路许家巷内，建校初期，两届校长皆由当时市政府教育局长杨九鸣，徐公美兼任。1941年至1949年，先后由颜任恒（女），王淑敏（女），李棠（女），任校长，1946年，学校更名为南京市第一女子中学。

1949年后，解放军军管会派王笑伟为代表接管市一女中。后由南京市人民政府先后派刘明水（女），张西蕾（女），出任校长。1951年8月，按市政府统一规划，育群中学女子部与南京市一女中合并，定校名为“南京市第一女子中学”，校址在中华路369号（原育群中学女子部内）。两校合并后，原育群中学男子部学生分流到一中，三中等附近学校，原校址及许家巷（原市一女中）校址均为南京市第一女子中学分校。小学由政府接管，后更名为“中华路小学”。1968年，校革委会成立，学校改名为“南京市东方红中学”，男女生兼收。

1970年，学校曾一度被定为南京棉毛纺织厂厂办校。1983年，学校再度更名为“南京市中华中学”。原中华中华校区内的育群中学旧址建于民国时期，具有早期西方现代建筑风格。