9月16日下午，据路透社报道，吉尔吉斯斯坦总统办公室表示，该国总统和塔吉克斯坦总统在乌兹别克斯坦举行的上合峰会会议上同意下令停火和撤军。吉尔吉斯斯坦边防军在一份声明中说，停火将从当地时间16点（格林尼治标准时间10点）开始生效。塔吉克斯坦当局证实，协议已经达成。

然而，和平仅仅持续了数小时，战火便再次爆发。周五晚些时候，吉尔吉斯斯坦再度指责塔吉克斯坦进行了炮击，双方重新交火。

此前报道，当地时间12日晚，吉尔吉斯斯坦与塔吉克斯坦边防军在两国边境地区发生交火，目前冲突已经迫使数千人撤离。