近年来，禁止秸秆焚烧政策对改善大气质量发挥了积极作用，但也被认为带来了农作物病虫害加重、化肥农药用量增加等问题。目前，已有浙江、广西及湖南长沙和衡阳等多地探讨或实行了允许有条件焚烧秸秆的政策，包括争取允许发病稻田秸秆有条件田间焚烧等。
多年来，秸秆禁烧和焚烧似乎成了一个罗生门，公说公有理，婆说婆有理，但是以“公”说有理占上风，因为有大量的论据支持，还有法规支撑。
论据是，焚烧秸秆污染大气环境、影响身心健康、影响交通安全、破坏土壤结构、火灾隐患重重。在这些论据支持下，法律作了坚强后盾。《中华人民共和国大气污染防治法》第一百一十九条相关规定，露天焚烧秸秆、落叶等产生烟尘污染的物质的，由县级以上地方人民政府确定的监督管理部门责令改正，并可以处五百元以上二千元以下的罚款。
尽管如此，在现实环境下，也有一些农民宁肯罚款也要焚烧秸秆。今年3月，巢湖一位水稻种植大户孙师傅在接受采访时就坚定地表示：宁可被罚款2000元，也要焚烧秸秆。
他给出的理由是，秸秆不焚烧，在田里腐烂，排到沟里的水都是黑的。而秸秆焚烧后的水，下雨淌到沟里水都是清的。对于种田的人来说，焚烧秸秆同时可以减少野稻、杂草和病虫害，并且烧后的灰，里面含有比较丰富的钾。
不过，农民为何坚持焚烧秸秆，还有其他一些理由。例如，中国自有农业以来的做法是收割庄稼后，对于秸秆的处理都是焚烧。虽然有更强力的理由称，这种焚烧方式是弊大于利，主要是污染环境，但农民难以或不便说出口的理由是，如果禁烧，得给秸秆一个出路。但是，现实给予的出路，只能是增加农民负担，还不如不种庄稼。
禁烧秸秆后，给出的出路主要是，秸秆还田和秸秆离田。秸秆还田是使用机器破碎秸秆并埋在田地下。然而，这种方式会增加更多的成本，既要花钱，还要有劳力。此外，如果秸秆破碎不细，埋得不深，会影响来年的作物种植和收成。相比焚烧，得不偿失。
秸秆离田是将秸秆收集后作为他用，包括用作生物燃料、饲料、培育食用菌，制取沼气，用作工业原料，如造纸，以及用于生物发电。问题是，这些离田后的秸秆使用都不只是要花钱，还需要有技术、设备和人力。以简单的制作饲料而言，秸秆离田包括收集、晾晒、运输、秸秆切割等环节。即便是运到加工厂去制作成饲料，也是一个不小的工程，而且还要看当地有没有加工厂。同样的问题是，如果将秸秆用于生物质焚烧发电，广大的农村是否建好了生物质发电厂？
事实上，相较于秸秆就地焚烧，禁烧的其他的出路都是在增加成本，而且实施的路径缺少，也难以有资金、技术和设备来保障，这就让农民宁可接受罚款也要焚烧秸秆。
问题的本质是，秸秆焚烧和禁烧，两者到底是利大还是弊大。现实逼迫中国人必须选择，标准当然是两害相权取其轻，两利相较取其大。现在，在实践中有关方面终于觉察到禁止焚烧秸秆带来一些弊病，包括农作物病虫害加重、化肥农药用量增加等，相反，秸秆焚烧也有相当大的益处，因而在政策和口风上松口，要进行调查，争取允许发病稻田秸秆有条件田间焚烧。
秸秆禁烧还是就地焚烧，是有条件地放开，或完全开放，需要调查和科学论证。正如其他社会问题一样，有调查才有发言权，有科学证据才能进行决策并有良好的决策，并产生良好的效果和共赢的结局。体现在秸秆焚烧上，是否有利生产、环境和易于操作和运行，并最小程度地减少污染。
目前，对于秸秆焚烧是弊大还是利大的研究结果有一些，但是，大规模的可信性强的研究结果并不多。清华大学有一项大型研究，对2006年全国31个省份的油类作物、玉米、水稻、豆类、小麦等秸秆露天焚烧得出了一些结论。
2006 年我国生物质燃烧（主要是秸秆露天焚烧）主要污染物的排放量分别为：PM2.5为217万吨，黑碳和褐碳（BC）4.9 万吨，有机碳（OC）48万吨，一氧化硫26.0万吨，一氧化氮物36万吨，非甲烷挥发性有机化合物87万吨，一氧化碳731万吨，二氧化碳1.545亿吨，甲烷37.4万吨等。而且，秸秆露天焚烧排放的大气污染物在地区间的分布极不均衡，排放强度高的地区主要集中在华东和华北地区，主要是河南、安徽、江苏、山东和河北等地。
虽然该项研究没有给出露天焚烧秸秆是利大还是弊大的结论，但是，环保、生态、农学、植保和相关机构可以进行比较研究，如全球航空业在2018年产生的二氧化碳为9.18亿吨，占所有二氧化碳排放量的2.4%。中国焚烧秸秆在二氧化碳和其他污染物的排放上是比航空业的排放大还是小。
其次，针对焚烧秸秆是对农业的利大于环境污染染的弊，也要进行调查和得出科学结论。焚烧秸秆被认为有利于消灭农田的害虫，现在，浙江省水稻白叶枯病发生趋重，发病面积逐年增加，2022年全省发病面积25.17万亩次。那么，恢复焚烧水稻秸秆是否有利于杀灭白叶枯病原菌，以及减少农药的使用。如果答案是肯定的，就应当解除禁止焚烧秸秆。
在已有的科学证据之下，也可根据当地的实际情况，有条件地让农民焚烧秸秆，例如，广西早就实行在合适条件下组织秸秆限时禁烧区有序焚烧。广西2019年1月印发《广西秸秆露天禁烧区划定和综合利用指导方案》，规定在合适条件下组织秸秆限时禁烧区开展有序焚烧。如果风速大于2级且小于5级，未来一天有冷空气或未来8小时后有小雨及以上量级的降雨，受冷空气（日降温幅度在6℃以上）影响的当日或次日；经研判确定有利于秸秆焚烧烟气扩散和清除的天气等，可以组织焚烧秸秆，同时一般选择上午10点到下午5点之间大气边界层较高（500米以上）的情况下进行焚烧。
禁止焚烧秸秆是否解禁，需要调查，更需要科学决策，在有利于农业和减少环境污染之间取得平衡。