导读

我国约2-7%非小细胞肺癌（NSCLC）患者携带ALK融合，以不吸烟者为主，携带该突变的患者可以从多种ALK抑制剂靶向治疗中获益。与化疗相比，克唑替尼可以显著改善ALK阳性NSCLC患者的客观缓解率（ORR）、无进展生存期（PFS）和总生存期（OS），但临床上仍有约10-40%的ALK阳性NSCLC患者对克唑替尼无响应。因此，进一步对ALK阳性患者进行分层研究具有重要临床意义。

近日，广东省人民医院杨衿记教授、康劲医生团队与世和基因合作，回顾性分析了98例经克唑替尼治疗的ALK阳性NSCLC患者的分子图谱，探索不同ALK融合亚型与克唑替尼疗效的相关性，相关研究成果发表于Frontiers in Oncology (IF=4.848)。

正文

NSCLC患者依据ALK融合特征分组

该研究采用世和一号^®大Panel回顾性分析了98例经克唑替尼治疗的ALK阳性NSCLC患者的肿瘤组织样本，其中43例患者可提供基线肿瘤组织样本，另外无基线样本的55例患者留取克唑替尼治疗进展后的组织样本。将98例样本划分为三组，探索不同ALK融合对预后的影响：

① 53例仅携带EML4-ALK经典融合的患者（Pure canonical EML4-ALK fusions）

② 19例仅携带非经典ALK融合的患者（Pure non-canonical ALK fusions）

③ 26例ALK复杂融合（同时具有经典融合和非经典融合）的患者（Complex ALK fusions）

不同ALK融合分组对克唑替尼的响应情况

该研究分析了上述三组患者的生存情况后发现，三组患者的PFS无显著差异（图1A），但携带ALK复杂融合患者的OS显著高于EML4-ALK经典融合组（图1B，P=0.012）。并且，在排除了后线ALK-TKIs治疗等各种临床因素干扰后，携带ALK复杂融合的患者OS依然显著更优（图2，p=0.002）。

图1. 不同ALK融合分组对克唑替尼响应情况

图2. 患者临床及突变特征对克唑替尼疗效的影响

ALK复杂融合对后线ALK-TKIs治疗预后更好

98例患者中，63例患者克唑替尼耐药后使用了二/三代ALK-TKIs，包括阿来替尼、布加替尼、色瑞替尼、恩沙替尼、劳拉替尼、复瑞替尼、阿帕替尼等，或同时联合化疗。结果显示，携带ALK复杂融合的患者对后线ALK-TKIs的预后相对更好，OS获益更明显（图3，P=0.025）。

图3. 不同ALK融合分组对后线ALK-TKIs治疗的响应情况

共突变对不同ALK融合亚型的预后的影响

该研究发现，ALK融合阳性患者中最常见的共突变为TP53突变/缺失、MYC扩增、CCND1K扩增（图4）。在考虑了这些共突变的影响后，ALK复杂融合依然能够显著提示克唑替尼治疗的OS获益（p值分别为0.002和0.024）；CCND1扩增可能是OS的危险因素（p=0.022）。

图4. ALK融合阳性患者共突变图谱

揭开非经典ALK融合的面纱

对于非经典ALK融合，即罕见ALK融合亚型，临床最关心的问题是，罕见ALK融合突变能否形成具有功能的融合产物？最终产物又是什么？针对这些问题，该研究首先对比了NGS检测到的非经典ALK融合的IHC/FISH检测结果，大多数结果为阳性，阳性结果提示这些罕见融合亚型很可能在肿瘤中表达了融合产物。

表1. 非经典ALK融合伴侣

部分患者进行了RNA-seq和PCR验证，其中一例患者携带特殊的ALK-ALK融合。DNA层面提示该患者为罕见的ALK基因 1号内含子与19号内含子融合（图5A），但RNA-seq检测发现EML4基因1-6号外显子和ALK基因20-29号外显子的mRNA表达水平显著高于基因未融合区域（图5E），这样的结果让人不禁疑惑是不是DNA层面的检测未能检测到EML4-ALK融合？

通过Sanger测序和RT-PCR验证，谜底逐渐被揭开：EML4的6号内含子与ALK的1号内含子及19号内含子串联融合在一起，其中ALK的1号内含子在mRNA成熟过程中被剪接掉，最终形成了成熟的EML4-ALK融合（v3b亚型）（图5F）。类似情形也在其他罕见融合中被证实，如在DNA层面看到的GALNT14-ALK、SETD2-ALK等融合，实际的融合产物都是EML4-ALK，而罕见融合伴侣可能只作为“中介”短暂地出现。

图5. DNA层面罕见ALK-ALK融合被剪接成EML4-ALK融合

结语

该研究系统性探索了不同ALK融合亚型与ALK-TKIs治疗疗效的相关性，并证明了同时携带EML4-ALK和其他ALK罕见融合的复杂情况下，患者接受ALK-TKIs治疗可以获得更好的预后。

通过NGS全面基因组检测，可以全面了解患者突变图谱与耐药机制，指导患者的后续治疗方案。在实际融合产物的探索上，NGS又与传统基因融合检测方法相辅相成：NGS可以高效地检出多种已知或未知的融合伴侣，并提供断裂位点信息，与其他层面的分子信息一同为患者提供最佳的临床疗效提示。