《海底总动员》在主题上是一个关于爱和友谊，勇气和成长，自由和选择的故事，结构上采用的是双线并行的方式：一边是父亲马林的万里寻亲，一边是儿子尼莫的成长。故事的结尾是通过：两条鱼在辽阔的太平洋上的冒险使它们交到了形形色色的朋友，也遭遇了各式各样的危机。而鱼爸爸马林也终于克服万难，与儿子团聚并安全地回到了自己的家乡。过去那个甚至连自己儿子都瞧不起的胆小鬼马林，经过这次的考验后成为了儿子眼中真正的英雄！

关于人物的渴望，我们的主人公马林，他由于小鱼尼莫妈妈还有其他未孵化的鱼卵还有小鱼尼莫是一只鱼鳍略有残疾的鱼所以他渴望保护尼莫不受到任何伤害，但他因为尼莫妈妈的事情变得过度胆小反而用一种限制自由的方式去保护小鱼尼莫，其中关于小鱼尼莫去上学时候的反应就可以看出他的教育方式。虽然他的过度胆小可因为小鱼尼莫被抓走的原因他却不得不站出来去他所畏惧的大海，这些阻力设置事件的关系就是层层递进，而陪伴主人公的蓝唐王鱼多莉,由于有健忘但是发现和马林在一起的时候她的健忘变好了并且由于她的健忘她并没有朋友和家人，但是在经历这么多冒险之后马林成为了她的唯一一个朋友，所以她珍惜马林这个朋友，当看到小鱼尼莫“死”了时，马林让他走了她的内心也是很悲伤很难过的。所以她努力帮助马林找寻尼莫。尼莫长期被老爸小心翼翼的管治渴求自由并且过度胆小所以他很想像父亲像朋友证明自己很勇敢证明海底世界并没有那么危险，但是当他被人带走的时候他知道他错了。面对陌生狭小危险的环境他知道他要逃出去他要找他的爸爸找寻他的自由，当他知道他胆小的父亲都冒险来找他，他更加鼓起来自己的勇气去给找寻自由找寻父亲。

主要故事情节：主角是一对可爱的小丑鱼父子。小丑鱼马林和他的爱妻就生活在这里。父亲马林本来有一个幸福的家庭，但在一场意外中妻子珊珊和大部分孩子都被鲨鱼吃掉，鲨鱼的意外攻击使马林丧妻丧子,小丑鱼不再幸福,从此小心谨慎、萎萎缩缩地生活。马林对惟一的儿子关怀备至,不让他受一点点伤害。马林担心失去惟一的儿子,就教育尼莫大海是恐怖的,千万不能到大堡礁以外的海域去。但不断长大的尼莫,对大海充满了探索的渴望。尼莫的莽撞使他落人了潜水员之手,马林为了找回惟一的儿子不得不远涉重洋,开始了充满险恶的寻亲之旅。途中结识了健忘又热心的蓝色唐王鱼 ,虽然她的健忘闹出了不少笑话,但她的乐观与热情深深影响着马林。马林在经历许多磨难之后变得勇敢了,成为儿子心中、甚至整个大海的英雄。而尼莫波折的离家经历也使他对成长有所感悟,渐渐长大。在父子的共同努力下,在海洋居民的帮助下,他们终于团圆了。从此幸福地生活下去。

次要故事情节；偶遇鲨鱼part，在深海海沟遇到灯笼鱼，误闯水母森林，遇见热于助人的大海龟。次情节中的会提供尼莫的线索，不断的推进剧情使剧情情节更加丰富。最后次情节中不断的给的线索使的马林和尼莫相遇让主线情节相互碰撞使的次要情节结束。

  故事从马林、尼莫妈妈还有一堆鱼卵幸福的生活开始，直到突然一只鲨鱼的出现使得幸福结束了，鱼妈妈不见，鱼卵也就只省了一颗，开场用时五分钟，用情况和对话来介绍人物还有周围环境。这样的开场会使观众更加了解马林对尼莫的感情有多深，为什么马林会如此害怕大海如此胆小更好的交代了主人公的性格。

主要人物有三个；马林，尼莫还有多莉。马林是一只生活在大堡礁的小丑鱼，生性胆小、懦弱，自从在一次鲨鱼袭击中失去了他亲爱的妻子和除尼莫外的所有孩子后，变得更加谨小慎微，非常深爱自己的儿子尼莫。尼莫是一只开朗、勇敢、倔强、善良、坚强的小丑鱼他与父亲的性格完全不同。多莉是一条阳光开朗的蓝唐王鱼。她患有短期记忆丧失症，但这没有影响她乐观向上的生活态度，直到她意识到自己忘记了一件大事——她的家人。多莉和小丑鱼父子马林、尼莫生活在一起，但她坚信有人在找她。多莉记不太清她究竟要找什么人或东西，只知道不断寻找，直到回忆起过去，并在寻找的旅途中学会接纳自己。其中在这次冒险求援旅行中他们彼此认识熟悉更加不同的彼此，其中尼莫在牙医家的鱼缸中的说得；我爸爸不会来救我他胆子很小到听到海鸥先生说他的父亲为了找他的冒险故事后，他了解到了他不一样的父亲。

次要人物分为给主人公带来阻力的人物还有帮助主人公的人物，随着剧情的发展，一个个新鲜人物登场亮相。该片无论是群体、个体、还是角色搭配都塑造得活灵活现、个性鲜明，即使是牙医家里那个小小鱼缸中露面不多的各种鱼儿，也都是极具个性的代表，像向往自由而性情暴躁的小头目吉尔、喜欢观察兼监视牙医工作活动的海星、从事清洁工作的小虾、沉迷于收集鱼缸中珠宝箱冒出的泡泡的黄鱼、整天心事重重的鲈鱼等等无不给人留下深刻印象。其中的海龟父子帮助传递消息如果没有次要人物的推动会那么小鱼尼莫也不会直到他父亲有多爱他敢为了他去拼命。

其中人物阻力有路途中遭遇的凶猛的大型鱼还有找寻小鱼尼莫前路坎坷对路途的迷茫与探索。其中有人物内心冲突，人与人的冲动。人物与外界环境的冲突。其中《海底总动员》的我觉得属于人物内心冲突，可以更加凸显出人物的性格还有可以更好地推进剧情，使得剧情更加丰满。

尼莫初生牛犊不怕虎，深深爱着那蔚蓝的大海，如小孩一般依赖着父亲。没有什么是不可以的，只有什么是不敢的，如果，没有尼莫倔强相信自己能够游得很好，没有被抓的话，或许，直到马林无能力周全保护尼莫之时，尼莫才可能开始独立的生活，但是试想，那时候的他还有能力独自照顾自己吗？但是，这种让父亲觉醒的过程，未免太过于沉重了。虽然，结局是让人欢喜的。都说，电影反映着一个时代的现状。因此，同样的开端，会有截然相反的结局。可以想象到的悲剧，也涌现出来了。我相信马林在游历了海洋后，才寻味到这个信任的真理。是太爱了，太不舍得了，才会油然产生的莫名的紧张。如果不是动画类电影可能相反的结局会更好吧！

  在故事场景中，尼莫去找父亲时，背景中黄色球状海绵与背景的蓝调子的明度和色相区别，拉开了前后的空间距离。紫红鱼、红色柱状生物与蓝绿色与以及黄海绵形成对比色。大面积的海水，奠定了蓝色基调。橙红色马林与绿色海龟及海水组成了补色关系以及冷暖对比关系。大面积冷调、小面积暖色彩有效拉开视觉空间。

 而在故事事件中，小尼莫被人类捉走的时候，不但是故事的转折点推动故事情节使得剧情可以得以展开，并且可以反映出时代当中孩童的叛逆，反映了时代的缩影。

还有鱼缸中的形象塑造，成功的塑造出形形色色而各具典型性格的动物形象，随着剧情的发展，一个个新鲜人物登场亮相。该片无论是群体、个体、还是角色搭配都塑造得活灵活现、个性鲜明，即使是牙医家里那个小小鱼缸中露面不多的各种鱼儿，也都是极具个性的代表，像向往自由而性情暴躁的小头目吉尔、喜欢观察兼监视牙医工作活动的海星、从事清洁工作的小虾、沉迷于收集鱼缸中珠宝箱冒出的泡泡的黄鱼、整天心事重重的鲈鱼等等无不给人留下深刻印象。