海瑞字汝贤，自号刚峰，人称刚峰先生，死后赠太子少保，谥忠介，后世尊称海忠介公，当时人评价他“忠贯日月，望重华夷”。
其先世的情况不太清楚，明朝开国之初，他的祖先曾以军功任广州卫世袭指挥，但真实姓名在海瑞的祖父海宽少年时代就已经失传，“知迁自番禺（今广州），但先祖少失怙，族无长老，失记始祖、迁祖之名，断自答儿公始”。
相传明嘉靖十三年海瑞的堂兄海瑚重修了《海氏族谱》，该谱序文对其宋元时期先世的记载可能有虚构的成分，因为里面有些内容与正史记载不符。
洪武十六年，一个叫答儿的祖先从军海南卫左千户所，遂为海南琼山（今海口市）人。这个叫答儿的祖先和明朝初年在广州任世袭指挥的祖先是什么关系，已经不清楚了。答儿在海南卫左千户所具体担任什么职务，也不清楚，推测可能只是下级军官。传为海瑞堂兄海瑚重修的《海氏族谱》序文说其祖上在广州任指挥是在南宋时期，也未必是事实。总之，海瑞家族定居海南岛的第一代祖先叫答儿，明朝初年来自广州，职业是军人，若干代以后在海南琼山成为有声望的家族，但到海瑞的曾祖父海福时，记载才比较清楚，中间的历史和世序已经失传了。
这里面确实是有很多疑问的，难道没有祖先墓碑和神主牌位可以稽考？传为海瑞堂兄海瑚重修的《海氏族谱》序文，称先祖答儿自明初迁琼至嘉靖十三年共150多年仅传四代。这也是不正常的，中间可能遗漏了两代祖先。也有可能如海瑞祖父海宽所说，最早迁到海南的祖先并不是答儿，“族无长老，失记始祖、迁祖之名”，在答儿之前的祖先已经不知道了，只能“断自答儿公始”。
真正能够清楚姓名和世序的祖先，就是海瑞的曾祖父海福，海福死的早，生平事迹不详。海福生海宽，宽是举人，曾任福建闽中知县。海宽生八子，幼子海瀚就是海瑞的父亲。实际上在海福以前，海瑞的祖先是不是姓海都不能确定。但原籍广州，这一点是可以确定的，因为海瑞生前曾多次强调他的祖先是广州番禺人，“瑞亦番禺人也，隶籍琼南（见《海忠介公集》卷五之《梁端懿先生墓志铭》）”。以海瑞的道德人品，是不可能瞎说的。
海瀚是儒学生员，堂兄海澄是进士，堂兄海润和侄孙海鹏、侄曾孙海迈都是举人。在当时偏僻的海南琼山算是书香门第了。海瑞在四岁时，父亲海瀚就死了，由母亲谢氏抚养长大。谢氏也出自书香门第，矢志励节，幼年即口授海瑞《孝经》、《大学》、《中庸》等儒家经典。
海瑞生于明朝正德八年十二月七日，殁于明万历十五年十月十四日，享年七十四岁。原配许氏，生有二女，无子，被海瑞所休。再娶潘氏，未满一月，又被海瑞所休。三娶王氏，病死。又纳二妾，邱氏、谢氏，可能还有韩氏和另一个妾。“人之口实，谓公此处认真太过，至六娶七娶”，“瑞已耄，而妻方艾”，海瑞对此泰然处之，不为世俗流言所动。死都不怕的人，他还害怕流言蜚语吗？其实这个事情怪不了刚峰先生，“唯女子与小人难为养也，近之则不逊，远之则怨”，孔氏亦有三世出妻说，也就是孔子和孔子的儿子、孙子三代人都是休了妻的。
至于海瑞频繁纳妾，只是为了传宗接代。“不孝有三，无后为大”，海瑞深受儒家伦理教育，把这个事情看得很重。他在地方任职时，曾经强制寡妇改嫁，严禁溺杀婴儿，可能也是受这种传宗接代思想的影响，认为底层男性也应该人人都有后代，没有老婆的，国家就应该想办法给他们找老婆，所以强制寡妇再嫁。这在当时是引起了无数攻击的。明朝大学士高拱曾经评价说：“夫海君所行，谓其尽善，非也；而遂谓其尽不善，亦非也。若于其过激不近人情处，不加调停，固不可；若并其痛惩积弊，为民作主处，悉去之，则尤不可矣。天下之事，创始甚难，承终则易。海君当积弊之余，奋不顾身，创为剔刷之举，此乃事之所难，其招怨而不能安，势也。”
海瑞早年曾经有两个儿子，长名中砥，次名中亮，是王夫人所生，在海瑞骂皇帝下狱后都病死了。晚年又得了一个儿子，取名中期，是妾邱氏所生，但到三岁的时候也夭亡了。子嗣多夭折，可能和家庭生活贫困有关。有三个女儿，前两个是原配许夫人所生，最后一个是王夫人所生，成年后都出嫁了。按照儒家传统的宗法制度，海瑞的堂弟海玥过继次子海中适为海瑞承祧，以不绝海瑞之嗣，这个事情是在海瑞死后才办的。这种现象在古代中国较为常见。清朝光绪皇帝死的时候，慈禧太后也已经到了弥留之际，当时的情况，内忧外患，国家宜立长君，但慈禧太后执意不立载沣，而要立载沣三岁的儿子溥仪，又以载沣为监国摄政王来实际执政。之所以要如此周折，就是要按照儒家宗法制度，让溥仪给他的儿子同治皇帝成祧，“不为穆宗立后，终无以对死者”。在光绪入继大统的时候，慈禧太后就说过，未来光绪生下儿子继承皇位，要按照儒家宗法制度算成是同治皇帝的儿子。
巡抚湖广等处地方赞理军务都察院右副都御史兼兵部右侍郎梁云龙是海瑞的同乡和同时代人，也是海瑞的侄孙女婿，他在海瑞死后负责撰写的《海忠介公行状》是研究海瑞家世的最重要史料。《海忠介公文集》和相传为嘉靖十三年海瑞堂兄海瑚重修的《海氏族谱》也是研究海瑞家世的重要史料。但所谓海瑚重修的《海氏族谱》实际上并没有流传的版本存在，只是清咸丰《琼山县志·艺文志》中收录有一篇序文，所以有历史学家怀疑明嘉靖海瑞堂兄海瑚并无重修《海氏族谱》之事，现存清咸丰《琼山县志·艺文志》中收录的该谱序文是海氏后人伪托之作。现在海氏后人所存世的族谱，是清道光和光绪年间才重新编撰的，又将海瑞的祖先追溯到了春秋时期的卫国大夫海春。
之所以有历史学家怀疑海瑞的祖先是阿拉伯人或者是元代色目人。是因为其可靠的祖先“答儿”不像汉人名字，“海答儿”则是宋元时期阿拉伯人和中亚色目人常用的名字，是当时对阿拉伯语Haydar（意思是“狮子”）的译音。中国现存元代史料中也有这一类的记载，元至元年间有一个管课税的色目人叫海答儿，“海答儿等管课程的说，做买卖的是和尚、也里可温每，却不纳税呵（见《通制条格》卷第二十九），至顺年间有一个回回叫海答儿，官至宣武将军、绍兴路治中（见《至顺镇江志》卷十九）。南宋泉州蒲寿庚家族的有一位祖先也曾经用过这个名字。另外相传是明嘉靖海瑚重修的《海氏族谱》序文中记载的答儿先世名讳都颇为儒雅，海俅、海钰、海甫震、海甫云、海逊之，而逊之的儿子，却突然冒出了答儿这样一个粗俗的名字。所以有人认为海氏家族的这些先世和名字都是海瑞去世多年以后的人才编造出来的。否则梁云龙不可能在《海忠介公行状》中不讲，反而说海瑞“其上世以来未详”，也就是根本不知道海瑞有这些祖先。实际上海瑞这些所谓祖先的生平也与官方史料的记载是不符的。
其实梁云龙和海瑞是有可能知道海瑞家族的真正祖先是谁的，只是故意回避不讲。因为明朝是给每一个卫所军官建立的有档案的，这个档案叫做《卫所武职选薄》，包括全国各卫所军官的姓名、年甲、籍贯、父祖脚色、民族、从军归附来历、征克地方、杀获次数、受赏名目、升授职役并调守卫所、世袭情况、辈份等详细信息，甚至还有涉及到每一家普通军户的《军籍黄册》，登记内容也大体相似，都由兵部掌管。海瑞的先世就是明初广州卫的指挥，后人调守海南卫左干户所任职。梁云龙身为兵部右侍郎，海瑞官至右都御史，他们要了解海氏先祖的具体情况，只要一查《卫所武职选薄》或《军籍黄册》就清楚了。种种迹象显示海瑞应该知道他的真正祖先是谁。他在《梁端懿先生墓志铭》中透露，“瑞亦番禺人也，隶籍琼南，追忆昔年旋里，过沙茭问旧故，经葛麻岗”，海瑞知道他的祖先是广州番禺人，回忆他过去回家乡番禺，经过沙茭这个地方去拜访家族故旧，又还到了葛麻岗这个地方。可惜的是，明代《卫所武职选薄》中的广州卫和海南卫选薄现在已经失传了，《军籍黄册》更是片纸不存。
以海瑞本人的生平事迹来看，他抬棺进谏、饮酒吃肉、推崇周礼，这些都有悖于回民之习俗与信仰，而是儒家孔孟之道的信徒。海瑞在担任应天巡抚时颁发了《督抚条约》，规定了他视察各府时，地方官场接待他的伙食标准，其中有：“本院到处下程，止鸡、肉、鱼、小瓶酒等件，不用鹅及金酒。”这里明确表明海瑞是要喝酒的，提到的肉也没有专门要求是牛肉和羊肉，就说明海瑞也是要吃猪肉的。《海忠介公行状》中也讲到他“对酒论文，谈古今治乱兴衰之故甚悉”，说明他还爱喝酒。《海忠介公行状》讲到海瑞死时的细节，“更衣、沐浴、含殓”，所谓含殓，就是将珠玉或金银放入死者口中，其入殓方式和汉族是一模一样的。通观海瑞之生活细节，其为汉族是毫无疑问的。海瑞家族之后人在解放前也是汉族，解放后是否有因为民族政策的原因改成回族的，则不得而知。琼山海氏与三亚海氏并非同宗，三亚海氏是元代色目人海鲁丁的后裔，元末任江西信州路总管。海鲁丁在信州城被红巾军攻破战死后，他的妻妾和后人有逃到东南亚的，清朝时期，他的一支后人又入籍中国海南岛的崖县（今三亚）。现在一些官方机构将海瑞所在的琼山海氏说成与三亚海氏同宗，是错误的。
海瑞墓由明朝万历皇帝钦赐御葬，位置选在现在海口市秀英区的滨涯村，由钦差许子伟负责督造，耗时一年多。历代以来，海瑞墓都有续建和重修。解放初期曾遭到过一定程度的破坏，1959年又重新修复。文化大革命中，海瑞被破棺戮尸，后来又挫骨扬灰，还拍了照片向上级报功。整个海瑞墓都被夷为平地，改成了养猪场。现存的海瑞墓是1979年以后陆续重建的，风格已经不是过去的旧貌了。
2011年第6期《中原文物》刊发海南大学社会科学研究中心阎根齐、海南省博物馆王辉山、海口市海瑞墓管理处陈涛所作《海瑞祖居祖墓调查报告》，通过对海南省屯昌县新兴镇石峡村的包括海瑞五世祖海答儿（即以名定族的争议人物）在内的海瑞家族墓地的考古发掘，得出结论：
「海瑞祖墓反映了海南古代的地方风俗，与回族的墓地有很大的区别。大陆中原明代的家族墓地按辈份排列非常有序，即祖墓位于后部的正中，前面子孙的墓按左昭右穆的原则一代一代地排列。海瑞祖墓则不同，似乎没有什么规律。据当地人介绍，一直到近现代，屯昌县的墓葬并不一定夫妻同葬一地和合葬，完全由『风水仙』按风水指定地方而葬。所以就经常出现夫妻分葬的情况，有时夫墓在村东，而妻墓在村西，甚至夫妻分别葬在相距几十公里的地方。这是屯昌县一带独具特色的汉族埋葬风俗。」
海瑞族属，毋庸置疑。
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