1950年5月1日，人民解放军解放海南岛后，蒋介石为加强台湾海峡的防御，下令将驻守西沙、南沙的国民党海军撤往台湾。其理由是：“西沙、南沙两群岛孤悬海外，虽站在国防前哨地位，但既无居民，又乏生产，其当此长期作战，运舰派遣时感不敷”。南沙群岛人员物资5月8日全部撤离，岛上国旗遵“国防部”指示仍高悬空中。

此时，人民解放军尚未形成远洋战力，且战略重点为“解放台湾”，未能及时进驻南沙。因而，菲律宾侵占南沙群岛欲望迅速上升。

面对菲律宾的欲望，如何应对南沙群岛主权危机，经过权衡，蒋介石批示：“对于此事不可先与菲方成立任何谅解。”即不与菲方达成任何协定。

1955年5、6月，菲律宾舰只与巡逻机入侵南沙领海与领空，进行非法侦测活动，引起了蒋介石的高度警惕，提出抗议。但菲方并不理会，公开表示占领南沙群岛。1956年3月，菲律宾马尼拉海运学校校长托马斯·克洛马率40多人的“远征队”到南沙群岛“探险”，并竖立主权牌。5月15日，克洛马发表所谓的《告世界宣言》，声称“发现和占领”南沙群岛的33个岛、礁、沙、滩和渔区，面积达64976平方海里，命名为“自由地”。

蒋介石一方面对菲方进行“外交”交涉，一方面考虑派海军巡弋南沙群岛，以更强硬的方式维护主权。“国防部长”俞大维表示：“即使派舰巡视，不必登岛，以免与菲人在岛上冲突，更不必派兵进驻其一二岛上，挂一漏万，只要美菲对此群岛主权属我中国则足矣。”蒋介石依然决定派舰前往，必要时不惜发生冲突而登岛。

其时，蒋介石认识到，如不对菲方采取强硬的军事维权，实难应对日益复杂的南海危局。当菲方侵占南沙群岛时，越南、法国、日本等国或虎视眈眈，或趋之若鹜。

1956年6月1日，南越发表声明，声称拥有南沙主权。6月6日，日本勘察团窜入南沙群岛进行非法勘测。6月9日，法国提出南沙群岛应属法国领土。

国民党派海军舰队巡弋南沙，舰队取名为“立威部队”，由护航、驱逐舰两艘编成，配属陆战队侦察排官兵30人，携带舟艇6具。该舰队5日到达太平岛，实施广播、信号、探照诸手段，次晨开始登陆侦察，经立碑升旗设置标语后，于8日离开，9日到达南威岛，经侦察测绘立碑升旗后，于10日离开，11日达到西月岛，亦经侦测立碑升旗，当天下午离开，于14日上午抵台湾左营港。面对国民党海军舰队抵达太平岛等岛时，菲人望风而撤。

国民党海军巡弋南沙群岛初战告捷，对菲方产生了一定威慑力。蒋介石为进一步强化管理，一是考虑于南沙群岛重新维持军事常态，防止菲方继续侵占。二是试图与美、菲协防，阻止人民解放军进驻南沙。

为达到协防目的，蒋介石采取了两项措施：一是请美国关注南沙群岛。二是主动示好菲律宾。

不过，这些措施既未能达到协防目的，也未能阻止菲律宾的继续侵占。国民党海军首次巡弋太平岛等地后第10天，空军就发现了太平岛被菲律宾人再次侵占的旗帜。

蒋介石宣布将1946年设立的“南沙群岛管理处”改编为“南沙守备区指挥部”并令海军总部派军驻守南沙群岛。不久蒋介石命海军再次巡弋南沙太平南威等岛，以保主权。

由于是海军巡逻，菲方以为蒋介石无意积极争取太平岛，频频骚扰南沙，从而坚定了蒋派驻军队守卫南沙的决心。

7月11日，国民党海军少将谢祝年率领护卫舰“太康”、“太昭”以及坦克登陆舰“中肇”号，组成“威远舰队”，进驻太平岛。同时，在南沙其他岛上建立灯塔等标志物，消除菲律宾克洛马侵占南沙的标志。9月24日至10月5日，国民党海军宁远部队运送物资给南沙守备部队，并巡视南沙群岛。9月底到太平岛、鸿庥岛、敦谦沙洲，10月初到南钥岛、中业岛、南子礁、北子礁。此后国民党海军每隔三、四个月巡航南沙一次，运送和补给太平岛南沙守备区部队。

国民党海军进驻太平岛后，暂时粉碎了菲律宾的侵占图谋。