君士坦丁堡陷落标志着罗马帝国的终结，虽然还有诸如神圣罗马帝国的君主自封为罗马人的皇帝，但清楚罗马史的人都知道，神圣罗马帝国既不神圣更不罗马，他们与罗马帝国没有任何联系，罗马皇帝之名从此消失。然而，罗马帝国虽然灭亡了，但罗马文明的残余政权依然存在，那便是摩里亚专制国和特拉布宗帝国。
摩里亚专制国是东罗马帝国晚期唯一能控制的海外行省，由于特殊的地理环境，摩里亚曾是东罗马帝国治下最繁荣的地方，不仅经济发展良好，文化发展同样很快。君士坦丁堡陷落时，摩里亚专制国由君士坦丁十一世的两个兄弟统治，其中迪米特里乌斯统治着帕特拉，托马斯统治着米斯特拉斯，流亡的东罗马帝国难民有不少人逃到摩里亚，巴列奥略兄弟收留了他们，摩里亚因而接过了“罗马人之国”的名号。
巴列奥略王朝的徽章，双头鹰一头朝向西方，一头朝向西方
穆罕默德二世在攻克君士坦丁堡后自称“征服者”，这个称号足以让奥斯曼帝国的邻国警惕和担忧。“征服者”苏丹对东罗马帝国的征服并不只局限于攻占君士坦丁堡，统一整个巴尔干半岛才是他的目标，而罗马人硕果仅存的摩里亚专制国便成了他的下一个目标。
当时的摩里亚专制国早已俯首称臣，而且一分为二，但苏丹仍不满意，他不想看到第二个尼西亚帝国的出现，征服摩里亚的计划在他心中早已形成。如果巴列奥略兄弟团结一心，也许还能裂土封疆，割据一方，然而两兄弟此时竟忙于内斗，纷争不断。
宗教画中的迪米特里乌斯的父母，以及他的3个更年长的兄弟
公元1458 年，穆罕默德二世终于对摩里亚开刀了，十余万奥斯曼大军南下希腊地区，轻易穿过了没有长墙的科林斯地峡，摩里亚的军队根本不是奥斯曼人的对手，被杀得节节败退，坚固的科林斯城被奥斯曼的火炮击毁，身后的城市和乡村也尽数投降奥斯曼人。巴列奥略兄弟只能躲在堡垒里，并派使臣向穆罕默德二世投降。苏丹接受了两兄弟的投降，摩里亚西部、北部大多数地区均被割让给了奥斯曼帝国。
内战似乎是巴列奥略王室永远也治不好的顽疾，苏丹的大军刚一撤走，托马斯与迪米特里乌斯再次爆发冲突，托马斯积极联络罗马教皇，请来了一支300 人的十字军，妄想吞并兄弟的领地，并赶走苏丹的总督。迪米特里乌斯坚决反对西欧势力介入摩里亚，不惜向奥斯曼总督借兵反击，明显是要与弟弟划清界限，彻底覆灭罗马人的政权。托马斯怒不可遏却没能消灭迪米特里乌斯，混乱持续了很长时间，耗尽了两人的精力。
苏丹意识到摩里亚不可能真正臣服后，决心彻底吞并伯罗奔尼撒半岛，他于公元1460 年再次南下，所到之处势如破竹，迪米特里乌斯几乎是瞬间便投降了苏丹。基于之前的“诚意”，迪米特里乌斯得到了穆罕默德二世的宽恕，最终以修士的身份了却残生。
至于试图反抗的托马斯，他同样没能创造奇迹，他的军队溃败，甚至是不战而降，托马斯陷入绝望，只好抛弃了仅剩的领土，带着家人紧急逃往科孚岛，后又辗转至意大利，得到了罗马教廷的庇护。如此一来，整个摩里亚专制国均被穆罕默德二世占领，巴列奥略皇室的统治彻底结束了。
摩里亚专制国灭亡后，特拉布宗帝国便成了穆罕默德二世的下一个目标。
统治特拉布宗的君主是科穆宁皇室后裔，他们的第一代君主是亚历克修斯和大卫兄弟，当年安德罗尼卡一世流亡格鲁吉亚的时候，积极促成了儿子与格鲁吉亚的联姻，他的两个孙子便在那里长大，由于两兄弟有格鲁吉亚血统，格鲁吉亚女王便积极扶持两兄弟夺取特拉布宗。
两兄弟没有让女王失望，亚历克修斯·科穆宁主理内政、坐镇大后方，大卫·科穆宁则继承了先辈的军事才能，借助格鲁吉亚的军队，科穆宁兄弟轻松征服了特拉布宗及周围的要塞、村庄，从此扎根在这个与世隔绝的小帝国里。米海尔·巴列奥略光复君士坦丁堡后，科穆宁迫于巴列奥略的军事实力，放弃了“巴西琉斯”的头衔，改称专制君主，米海尔也默认了特拉布宗的独立地位。科穆宁事实上脱离了东罗马帝国，先是臣服于突厥人，后来又投降蒙古帝国、帖木儿帝国，奥斯曼崛起后又听命于奥斯曼人。总体来讲，特拉布宗虽然无力扩张，但三面环山一面临海的地理优势让它得以长期保持独立，特拉布宗因而偏安一隅，无人注意。
公元1461 年，穆罕默德二世起步兵8 万、骑兵6 万，大举讨伐特拉布宗，海军舰队从黑海袭击了特拉布宗的北部港口，阻断了特拉布宗人出海逃亡的可能，陆军则在穆罕默德二世的率领下声东击西，假装去攻打东部，实际却突然折返特拉布宗。大卫·科穆宁毫无准备，他惊恐不安，只好安慰自己：“投降是让我的子民活命的唯一方式！”
公元1461 年8 月15 日，奥斯曼军队占领特拉布宗，最后一个罗马流亡政权被消灭。大卫·科穆宁带着家眷迁入了阿德里安堡，而他的臣民则被奥斯曼人全部变卖为奴，老人被处死，少女被蹂躏，小孩被阉割，特拉布宗人仿佛跌入地狱。大卫以为自己是幸运的， 但他并不知道厄运很快降临。两年后，穆罕默德二世终于把科穆宁家族的所有成员通通斩首，科穆宁家族绝嗣。
大卫·科穆宁
科穆宁家族的结局可谓悲哀，但穆罕默德二世没能杀掉罗马帝国的所有皇族。托马斯·巴列奥略逃到意大利后，不断劝说教皇派十字军助其复国，可惜西欧各国都没有实力干涉奥斯曼帝国。流亡5 年后，托马斯·巴列奥略病逝，留下了4 个孩子：海伦娜、佐伊、安德烈和曼努埃尔。
长女海伦娜成为塞尔维亚的王后，可随着穆罕默德二世吞并塞尔维亚，海伦娜被迫进入修道院，她这一脉没有后嗣；曼努埃尔厌倦了无休止的流亡生活，竟离开意大利投降了苏丹并皈依了伊斯兰教，从此作为奥斯曼帝国的官僚苟延残喘；安德烈则继续他的流亡生活，虽然也想收复君士坦丁堡，但根本没人支持他，加上安德烈性格轻佻、挥金如土，因此债台高筑、生活潦倒，为了享受人生，他不惜将帝国“巴西琉斯”的称号卖给法国查理八世，又把摩里亚专制公的头衔打包给了西班牙的斐迪南，卑微的安德烈在公元1502 年去世，有资料说他死的时候连葬礼的费用都筹不齐，最后还是教会出手相助才得以体面安葬。
罗马帝国真的就此终结了吗？这个传奇的文明难道没有后裔延续下来吗？当所有人都以为罗马帝国不复存在时，君士坦丁十一世的侄女、托马斯·巴列奥略的小女儿佐伊·巴列奥略已经渐渐长大。16 岁的佐伊相貌出众、聪明伶俐、举止优雅，颇具贵族气质，继承了先辈的优秀基因，佐伊心思深沉、志向远大，在兄长安德烈放弃一切努力并游戏人生的时候，佐伊依旧怀念着先辈们誓死捍卫的罗马帝国，她虽然屈从于教皇，却始终怀着恢复东正教信仰的愿望，可惜她不是男孩，不能领导光复东罗马帝国的伟大事业。所幸不久以后，教皇西克斯图斯萌生了与罗斯人的莫斯科公国结盟的想法，他的目的很可能是为了彻底结束教会分裂的历史，也有可能是想利用莫斯科公国从北面牵制奥斯曼帝国，从而避免意大利被奥斯曼人入侵。但要让罗斯人接受教廷的安排并不容易，为此，教皇提议将东罗马后裔佐伊·巴列奥略嫁给莫斯科大公伊凡，要知道，佐伊的罗马皇室身份令无数贵族倾慕不已。
莫斯科公国信仰东正教，东罗马帝国灭亡时，莫斯科大公伊凡刚刚丧偶，如今教皇愿意送来一个血统高贵的罗马公主，这自然是他梦寐以求的事情，于是大公立即接受了教皇的全部条件，并派人前往意大利迎接佐伊。
对佐伊要嫁到北欧荒原的遭遇，人们无不叹息，纷纷劝公主拒绝联姻，但佐伊不这么认为，她明白，要光复罗马帝国就必须嫁给一个强大的君主，莫斯科虽然遥远、荒凉，但那里的君主远比西欧的贵族更富进取心，而且罗斯人信仰东正教，嫁到莫斯科未尝不是一个正确的选择。为此，连一向穷困潦倒的安德烈也凑了6000 金币作为姐姐的嫁妆，他似乎明白自己不可能光复罗马，远嫁莫斯科的佐伊也许还会有一线希望。
索菲亚·巴列奥略的铜制塑像
公元1472 年11 月12 日，在经历了近5 个月的艰难旅途后，佐伊终于抵达了冰天雪地的莫斯科。教皇临行前曾让佐伊把天主教信仰带到莫斯科，并暗示她要劝说大公接受罗马教廷的权威，然而佐伊却在莫斯科重新洗礼为东正教信徒，改教名为“索菲亚”。据说，在她与莫斯科大公的婚礼上，索菲亚·巴列奥略将随身携带的双头鹰徽章高高举起，郑重其事地交到丈夫伊凡的手中，她告诉伊凡：“ 从今以后，您不仅是罗斯人的君主，更是罗马帝国的继承人，请珍惜您手中的双头鹰，并让它再次翱翔吧！”
索菲亚的话震撼了在场的所有人，大公伊凡庄重地接过双头鹰的徽章，从此以罗马帝国继承者自居，宣称莫斯科公国为“第三罗马”。大公还接受了索菲亚带来的罗马文化和礼节仪式，莫斯科公国在索菲亚的影响下，逐步变成了另一个罗马帝国。
后来，索菲亚为伊凡生下了4 个男孩，长子瓦西里（ 巴西尔俄语音）继承了伊凡的大公之位，史称“瓦西里三世”。瓦西里三世能征善战，连续兼并周边的国家，到他死的时候，莫斯科大公国的领土已经达到了280 万平方千米，他的儿子伊凡四世正式启用罗马帝国的“恺撒”称号，成为俄罗斯帝国的第一任沙皇，绰号“伊凡雷帝”。
俄罗斯帝国首位沙皇——伊凡雷帝