关于李莲英之死，野史语焉不详，以“病故 ”，“及死去 ”言之。1908年 10月，慈禧太后去世，据《李氏家谱》载:“百日孝满，出宫养老 ”，李莲英搬进北京棉花胡同家中，整日吃斋念佛，闭门不出。三年后，李莲英去世。据李家后人之说，李莲英是病死的，病因是痢疾不治，得病后三四天即殁。但是，清史档案和墓志铭，则用了一个 “殒”字，模棱两可。

1966年初夏，原清朝恩济庄太监坟地中的李莲英墓被挖掘。令人吃惊的是，李莲英棺椁里，只有一颗骷髅头，却不见尸骨。李莲英的躯干在哪里呢，他又为什么会身首异处？只有头骨而没有尸身的李莲英，不可能是病死的。唯一的原因，他可能死于 “他杀 ”。民间传说，也有大量李莲英被杀的说法。

李莲英究竟为何人所杀，概括起来有两种说法：

一是为革命党人所杀。盖因他在慈禧太后和光绪皇帝的争斗之中，支持太后，而打击帝党，甚至有人认为正是他下手毒死了光绪皇帝。但是，也有学者反对，认为李莲英并没有参与朝廷内的党派之争，他也不可能得罪革命党人。关键之点，他临死之时，早已出宫三年，对于政事没有影响，杀他没任何意义。

二是为江朝宗和小德张所杀。此说法，主要是颜仪民先生的观点。他甚至在文章中，引用了江朝宗儿子提供的 “细节 ”，说时任九门提督的江朝宗请李莲英吃饭，然后派人杀其于北京后海。江朝宗是袁世凯的亲信，小德张则是李莲英的后任。两个人，出于不同的目的杀了李莲英。李莲英曾得罪袁世凯，这是事实，因此袁有可能授意亲信下手；而小德张则为了争夺其遗产之事，而萌生杀人动机。

从这些传说和观点中，大致可以理出下列头绪。一，李莲英死于他杀，是事实，病死之说，仅仅是其家人说法，不足信；二，李莲英死于仇敌。尽管李莲英圆滑机警，却仍有大量仇家。

仇家可以是革命党人，也可以是宫中同道，亦可以是袁世凯授意之人。其实，最有可能杀他的人，则是光绪皇帝的弟弟醇亲王载沣，其时任监国摄政，权倾一时，他杀人的动机也是有的，因为有人说正是李莲英下手毒死了光绪皇帝，报哥哥被杀之仇，顺理成章。至于悍匪劫杀之说，则有点牵强。

虽然李莲英被杀地点并无确切之说，但极有可能是杀人者扔还了李莲英的首级。李家之人，找不到尸体，只好将其脑袋壳下葬了。