公司瑕疵设立，虽然已登记获得运营的资格，但因为其中所包含的不合法程序存在着潜藏的公司交易隐患，而使得国家对其存在一定的顾虑。在当前的世界上，主要存在着两大法系，这两大法系有着不同的产生和发展基础，也就意味着，这两大不同的法系对公司瑕疵设立后应当享有什么样的权利有着不同的规定。

在大多数英美法系国家中，公司设立的程序相对简单，对公司提出的要求低，公司能够较为轻易地设立成功，因而在通常情况下，不存在公司设立失败的情况。即使发现公司有瑕疵设立的情况也不会就取缔公司的营业资格，不仅不会取缔营业资格还规定任何人无权以公司是瑕疵设立为理由而对公司进行干涉来取缔公司的营业资格。也就是说公司瑕疵设立在法律上仍旧是合法的。在英美法系中得到最为普遍认可的原则就是公司瑕疵设立原则承认主义。这在一定程度上维持了经济市场的稳定发展。

不同法系所秉持的原则性思维不同，也就会对公司瑕疵设立采取不同的措施，大陆法系认为公司瑕疵设立就是存在不合法的程序，因而是不能够得到法律上的承认的，公司一旦瑕疵设立，就可以通过法定程序申请取缔公司的营业资格，也就是说公司在瑕疵设立的情况下是不被法律所承认的，也就不受法律所保护的。较为典型的国家有法国和日本。大陆法系国家受传统思维的影响，极其重视行为、程序的对法律的遵守，既是为了保证公司的相关负责人的合法利益不会受到侵害，保证公司存在的合法性，也是为了维护交易的稳定性、安全性。