关于消毒剂的作用机理，有的尚未明确，但一般消毒剂对微生物作用的机理有如下6种：

1.消毒剂与微生物细胞浆的蛋白质结合，阻碍细胞的功能，如氰氧化银、升汞。

2.由于酸化而引起微生物细胞阻碍，如过氧化氢、过锰酸钾、漂白粉、尿素、 聚烯吡酮碘。

3.使细菌及原虫细胞成分水解而引起细胞机能阻碍，如强酸、强碱等。

4.透过微生物细胞膜溶解细胞浆，如甲醇、乙醇、乙醚等。

5.使微生物蛋白凝固或变性使细胞机能障碍，如石炭酸、甲酚、戊二醛、甲醛、异丙醇等。

6.破坏微生物的酶系统，如硼酸、肥皂、色素系统药物、洗必泰等

以上是各类消毒剂对生活的需氧和厌氧细菌或其他微生物杀菌消毒作用的原理，而对芽胞菌的作用尚不明了，而消毒剂对病毒的作用多为蛋白凝固或变性而引起。