2022年3月3日,国内专注高通量单细胞测序解决方案的创新公司万乘基因正式发布空间转录组测序平台。这一平台上市之后将填补国内商业化空间测序技术的空缺,或将迅速改变这一技术领域的竞争格局。
空间测序技术正成为单细胞测序后最重要的研究与诊断工具
继单细胞测序连续多年占据生物医学革命性研究技术榜单以来,空间组学测序技术被2020年Nature Method及2022年Nature评为未来最重要的技术。和单细胞测序中获得细胞悬液过程丢失了细胞的位置信息不同,空间测序通过对组织切片中不同位置进行直接测量,不但可以像单细胞测序一样获得细胞中基因表达、表观修饰等重要的组学信息,同时也可以获得表达这些不同信息的细胞在组织中的相对位置信息。配合单细胞测序结果,空间测序技术广泛应用于发现新细胞类型在组织中的分布,也可以对精细组织结构中的正常或病变细胞进行测量,从而获得重要的生物学信息。
目前,空间转录组测量技术主要分为四类,即1)DNA点阵,2)多重原位杂交,3)原位测序,4)特点位置测序。其中以10x Visium (点阵)及Nanostring的DSP(特定位置测序)商业化平台最为成熟。Visium是10xGenomics在收购的Spatial Transcriptomics公司技术基础上开发的DNA阵列技术平台,商品化的Visium系统通过将组织转录组分析以及HE染色技术相融合提供了一个前所未有的组织生物学视角,自2020年上市以来,发表的学术论文近百篇,代表性工作包括揭示人类心脏发育中的精细组织结构,肝脏肿瘤中的病理位置信息,以及新冠病人器官中组织病变的分子机理等。目前主流平台的高昂价格令许多科研人员望而却步,且其操作过程繁复,对不同样本类型的组织透化条件的试错与摸索难度堪比单细胞悬液制备,为标准化实验操作造成了很大的挑战。
万乘基因空间转录组测序平台:技术的全面创新
万乘基因经过长期研发,在国内率先推出空间转录组测序技术平台,此平台有以下重要特征:
(1)对同一切片进行HE或荧光染色的同时,进行空间转录组测序。相较其他技术只能对相邻切片进行染色,可以更加准确获得细胞位置信息;
(2)更高灵敏度的RNA捕获技术。已有的空间转录组测序平台大多受到组织固定条件、组织通透效率及逆转录步骤效率的困扰,万乘基因从方法学上对空转实验进行了重大革新,从而大大提高了组织RNA捕获效率,单位面积捕获的转录本数目明显提高。
捕获点尺寸 |
捕获点数目 |
点阵大小 |
单位面积转录本(UMI)(10um^2) |
|
万乘基因 |
50um |
10000 |
10mmx10mm |
810 |
Slide-seq2 |
10um |
/ |
/ |
494 |
HDST |
2um |
/ |
/ |
11.5 |
10xVisium |
55um |
6500 |
6mmx6mm |
210 |
(2)灵活的分辨率。利用业内领先的DNA合成与打印技术,万乘空间转录组平台有灵活的分辨率,首先推出的芯片有50um及22um等多个分辨率及对应不同大小的捕获区域,适用于对组织切片进行不同分辨率的研究,可以先在低分辨率下获得组织广域的空间表达,再对感兴趣区域进行更高分辨率的研究。
北极光创投 表示:“近年来快速发展的空间组学产品相比单细胞多组学产品提供了空间维度的信息,为科学的进一步发展提供了宝贵的工具。我们已经看到,在世界范围内空间组学产品在科研、工业和临床方向都有着巨大的应用空间和实际指导意义。通过自主研发,万乘基因的空间组学产品可以填补国内在这一领域的空白,满足用户的实际需求,真正推动科学的进步和产业的发展。”
辰德资本投资团队 表示:“单细胞技术的出现将生命科学带入了更精准的高分辨时代,近几年得到爆发式的发展和普及。万乘基因团队在单细胞技术上深耕多年,走出了独创的技术路线,已推出多款具有全球竞争力的单细胞测序产品。此次推出的单细胞空间组学平台,在单细胞数据的基础上增加了细胞空间物理位置信息,这一新维度将为科学探索和应用转化开拓新的边疆,也填补了国内商业化空间测序平台的空缺。我们期待看到万乘基因不断推陈出新,加速单细胞和空间组学技术在基础研究、药物研发和临床诊疗中的应用转化,推动产业发展。”
关于万乘基因
万乘基因于2018年2月成立,至今已获得国内顶级医疗基金包括北极光创投,辰德资本等的数亿元投资。公司总部位于上海漕河泾开发区,并在嘉定设有GMP车间。万乘基因专注于未来细胞测序分析技术的整体解决方案开发,主要包括高通量单细胞多组学测序及空间多组学测序两大方向,公司英文名10K Genomics,意指单次可以分析上万个细胞或组织区域。公司于2021年率先推出第一款国产高通量微流控单细胞测序仪Perseus TM ,并在2021及2022年陆续推出单细胞转录组及表观组试剂解决方案。此次推出空间转录组测序平台,将作为单细胞测序平台的重要补充,持续为科研、临床和工业化用户不断变化的细胞和组织分析的新需求提供解决方案。