10月18、19日，美军不断空袭莱特岛东岸日军阵地，一切预示着一场大规模登陆作战已经迫在眉睫。根据联合舰队司令部的最初设想，第一游击部队突入莱特湾的时机应该是美军发起登陆行动两天之内。一旦攻击推迟，美军登陆部队巩固了登陆场，突入作战就失去了现实意义。鉴于美军很可能在20或21日发起登陆，经过慎重考虑，联合舰队司令部于19日14时53分致电航途中的栗田舰队，“能否可以先派出一部，排除万难，于24日黎明时分突入登陆场？”
在前一封电报中，栗田已经进行过详细说明，舰队抵达莱特湾的最早时间是24日晚上。于是他极不礼貌地回电说，“这是一项无理的要求”，继而请求将突入登陆场的行动再推迟一天。鉴于栗田的理由非常充分，联合舰队司令部只好在20日早上8时13分复电：“第一游击部队于25日黎明突入塔克洛班登陆场，先歼灭附近敌军海上主力，再歼灭其登陆部队。”值得特别注意的是电报最后一句话，这似乎是对小柳少将在先前作战会议上提出问题的正式回答。这就为后来栗田放弃进入莱特湾、掉头北上寻敌舰队主力决战提供了最好的依据。
20日上午10时06分，参谋长草鹿再次发来电令：“根据图上军演的结果，建议第一游击部队采取两路出击、分进合击策略。”众所周知，栗田舰队几乎毫无空中保护，兵分两路表面上是为了形成南北夹击之势，实际上也是为了分散美军的空中打击力量——不把鸡蛋放在同一个篮子里，从最坏处打算，至少保证一支舰队能够突破美军拦截冲入莱特湾。事实上如果没有哈尔西的失误，日军闯入莱特湾是完全不可能的。
鉴于栗田舰队所担负的主力地位，20日晚18时02分，联合舰队司令部颁布舰队改组命令：第一游击部队脱离第一机动舰队序列，改由联合舰队直接指挥。这等于给栗田以充分的自主权。自1944年3月组建第一机动舰队以来，第二舰队一直处在小泽直接指挥之下。但在“捷一号”作战中，小泽舰队只能充当诱饵的尴尬角色，栗田舰队才是不折不扣的第一主力，联合舰队作出上述变更是十分必要的。
一路无话。10月20日上午11时，铃木中将的第二部队率先入泊文莱锚地。一小时后，栗田亲率的第一部队也进港了，最后抵达是西村中将的第三部队。虽然抵达文莱的时间比原计划晚了两个小时，但此时距离战场尚远，这点迟到无碍大局。但栗田进攻后很快遇到了麻烦，湾内一艘油轮都没有。
除栗田预先布置的两艘油轮从新加坡出发、预计21日11时抵达文莱之外，其余油轮不是躲避美军空袭无法出航，就是在其它运输线上无法赶到。栗田无奈只能以只有两艘油轮的最坏条件为基础，亲自制定加油方案。为最大限度地节约时间，栗田命令战列舰向每艘重巡洋舰输送五六百吨燃油，重巡洋舰向驱逐舰提供200吨左右燃油。盼星星盼月亮，21日清晨7时，栗田终于盼来了“八纮丸”号和“雄凤丸”号，两艘油轮进港时间比栗田早先的预计提前了4个小时。
虽然两艘油轮只带了1.6万吨燃油，但他们毕竟还是来了。加油工作立即按预定计划通宵达旦地进行。“八纮丸”号先给“武藏”号加油，然后再照顾“最上”号。“雄凤丸”号先给“大和”号补充燃料，然后轮到“利根”号。整个舰队的补给在22日5时暂时告一段落，总计完成了1.58万吨油料的补给工作。平均每艘驱逐舰加油200吨，重巡洋舰450吨到650吨。大约三个小时后，栗田舰队就要从文莱拔锚启航了。
就在加油工作紧锣密鼓进行的同时，舰队参谋军官们已经在研究下一步的出击方案。方案制定者是第二舰队作战参谋大谷藤之助中佐。从文莱出发突入莱特湾的航线共有四条：
一、自文莱出发后向西北航行，绕过南沙群岛（日本称新南群岛），在民都洛岛西南穿越民都洛和塔布拉斯海峡进入锡布延海，之后穿越圣贝纳迪诺海峡抵达萨马岛，沿岛东海岸南下从东口突入莱特湾。这条航线长2300公里，不但能有效避开美军潜艇的威胁，暴露在敌航母部队侦察和攻击范围内的时间也最少。
二、自文莱出发向东北航行，经南沙群岛与巴拉望岛之间的巴拉望水道抵达民都洛岛西南，以下同航线一。这条航线长1900公里，相比第一条航线的缺点是巴拉望水道乃美军潜艇肆虐之地，反潜压力巨大。
三、第三条航线最初与第一条航线一致，但不到巴拉望水道就朝东穿越巴拉巴克海峡进入苏禄海，然后北上抵达塔布拉斯海峡，以下航线同一、二。这条航线长1700公里，潜艇威胁也不大，但会过早进入美军舰载机的侦察和攻击范围。
四、第四天航线起初与第三航线一致，但进入苏禄海后不北上，而是直接向东进入保和海，向北穿越苏里高海峡杀入莱特湾。这条最短的航线只有1300公里，遭到潜艇的威胁也不大。但舰队将过早进入美军航母的侦查和攻击范围。在东南方向，从莫罗泰岛起飞的美军远程侦察机也会很容易发现他们。
栗田舰队清一色的水面舰艇，空中保护几乎为零，唯一能依靠的就是离开本土前匆忙加装的那些防空炮。如此庞大的一支舰队，在海上航行数千公里不被发现的可能性几乎没有，因此第三、第四两条航线因过早暴露在美军舰载机的打击之下被否定了。接下来就是第一和第二航线的选择。从安全角度来说，舰队当然选择第一航线最好。但这条航线最长，无法按照联合舰队的命令于25日之前到达莱特湾，因此栗田舰队只能选择第二航线。
考虑到老式战列舰“山城”号和“扶桑”号航速太慢，如果随主力舰队走第二航线，舰队绝对无法在25日突入莱特湾。根据20日草鹿“两路出击、分进合击”的指示，栗田决定由西村中将率第三部队单独出击，取最便捷的第四航线。此举不但可以分散美军的注意力和攻击力，给主力舰队——由第一部队和第二部队组成——的行动提供间接掩护，理论上两支舰队还可以对美军形成南北夹击之势。至于这种结果最终实现的可能性有多大，也只能走一步说一步了。
主力舰队选择的第二航线沿途有许多绝佳的潜艇伏击点，诸如文莱湾出口、巴拉望水道、塔布拉斯海峡、锡布延海、圣贝纳迪诺海峡等等。为保证舰队安全同时完成25日突入莱特湾的艰巨任务，栗田决定采用高速突破方案：白昼航速18-20节，夜晚16-18节，同时伴随Z字型机动。重型舰船的水上飞机在舰队前方和两翼展开，实施严密的反潜巡逻，完成任务后飞往民都洛岛陆上基地，继续为舰队提供侦察支持。
21日下午17时，栗田在旗舰“爱宕”号上召集了战前最后一次作战会议。舰队司令部成员、各战队司令官、参谋长、首席参谋、作战参谋及各舰舰长悉数到会。会议宣布：
一、栗田中将亲率第一、第二部队于10月22日8时从文莱出发，10月24日日落前突破圣贝纳迪诺海峡，通过夜战在萨马岛以东歼灭美军主力舰队，10月25日黎明突入塔克洛班，炮击并歼灭敌运输船队以及已经登岸的部队。
二、西村中将率领第三部队稍后自文莱出发，单独行动，10月25日黎明时分突入苏里高海峡，策应主力舰队歼灭敌军运输船队以及已经上岸的部队。
对大谷中佐公布的方案，与会众人纷纷提出质疑。有人说，原来在夜战方面进行过刻苦训练的游击部队，现在竟然要在大白天发起进攻，简直令人不可思议。有人发牢骚说，如果这次行动真的如上峰所述那么重要，联合舰队司令官丰田大将就应该亲临前线指挥，而不是躲在后方的地下室里乱发电报。这话多少显得对栗田有些不敬，但大家都是快死的人了，也就没那么多顾忌了。更多人依然对打击美军运输船而不是主力舰队耿耿于怀，认为这有损帝国海军的尊严。一些相对理智的人指出，由于美军登陆行动20号清晨已经发起，如果我们25日才抵达莱特湾的话，湾内美军运输船很可能已经卸完货了。我们费尽千辛万苦冲进莱特湾面对的将是空船。如果帝国海军最后一战居然是与空船拼杀，想必山本元帅在九泉之下也不会瞑目的。会议顿时吵成了一锅稀饭。
不言而喻，低速的西村舰队所走航线被美军发现的可能性最大，何况舰队中还有著名的祥瑞舰“时雨”号，擅长将身边的伙伴“克死”。事实上这支舰队的悲惨命运早在本次会议上已被敲定。席间，西村曾对突入苏里高海峡的方案提出异议，但计划最终没有更改。
1943年停泊在特鲁克的大和号和武藏号
山城号
扶桑号
从上到下：山城号、榛名号、扶桑号
榛名号和山城号
出击前的大和号和武藏号
出发前两小时的武藏号
捷一号作战示意图
第二舰队参谋长小柳富次少将