自清朝闭关锁国，耶稣会士离开中国之后，雒魏林是到达北京的第一个西医大夫。雒魏林于1839年来到广州眼科医院，因鸦片战争退到爪哇，在那里学习中文。不久即返回广州，曾先后在澳门、舟山、宁海和香港等地行医。《南京条约》之后，他来到上海，建立了当地第一所西医医院“中国医院”(the Chinese Hospital)。在那里，他经历了整个太平天国占领时期，并医治了数百名受伤的士兵和平民。

1857年雒魏林返回英国，在荣获皇家外科学院的奖学金后，留在该学院潜心著述《传教士大夫在中国：二十年经历自述》(Medical MIssionary in china：A Narrrtive of Twenty Year’Experience，1961)。当他在英国听说北京向外国人开放的消息后，立即启程，并于1861年9月13日到达北京，随后建立了他在中国的第四所医院：伦敦宣教会北京医院(Peking Hospital of the London Missionary Society，或称the London Missionary society’s Chinese Hospital in Peking)。对于这所医院，他的继承者，爱登堡医学院毕业的杜之昂在给伦敦的报告中表达了与雒魏林一样的惊奇：“医院一开门，病人就一直熙熙攘攘，来的多半是眼疾患者，而且严重到无药可医”，“这些病人对什么西医治疗都不害怕。要说有什么错，那就是他们太信任我们的医术了”。继雒魏林之后，杜之昂在北京医院做了二十年的院长。

1900年，义和团运动兴起，动乱中医院被彻底摧毁。事件平息之后，伦敦宣教会认识到其自身各种资源乏匮，同时，传教士在教育与医学研究方面的力量太分散。作为北京规模最大、影响力最大的教会，伦敦会开始呼吁各教会团结起来、壮大力量。美国长老会，美国海外传教部总会积极响应，携手成立了华北教育联合会(NorthChinaEducationUnion)，并选择北京医院作为教会第一所联合医学院的所在地。当时正在英国的苏格兰传教士托马斯·科克仁（托马斯Cockrane，1866年至1955年）吸引了伦敦会的重视，考虑到他的外科技能和组织能力，决定派他到北京创办医学堂。

科克仁毕业于苏格兰格拉斯哥医学院，曾在中国东北行医。义和团动乱中险遭不测，多亏医院一位中国员工出手相救才得以脱险。

科克仁于1901年11月抵达北京，再次踏上中国的土地。当他看到被战乱烧毁的北京医院时，十分震惊，但这并没有动摇他的信心。随即便开始全力以赴重建医院，幸运之神终于光顾科克仁。由于他精湛的医术和北京医院名气，清廷不断请他出诊。慈禧身边的红人德贵人也请科克仁给她看病，并需要做手术。德贵人担心，和一个陌生男子有肌肤接触的话，回到宫里难以解释。为此特地安排结拜仪式，让科克仁和德贵人拜了兄妹，那样作为自己兄长实施手术便不为失礼了。

另一名就诊者是太监总管李莲英，通过李莲英，伦敦宣教会得到了慈禧的认可、医学院收到的第一笔捐款就来自慈禧。懿旨中说，“慈禧太后特为北京协和医学堂的建立捐赠一万两白银(相当于1400英镑)以示褒赏。……科克仁大夫最近入宫为李总太监成功医治难症，此实乃向太后展示外国医术效力的宝贵实例”。在这之后医学堂又得到了来自李莲英的1600英镑捐赠。

北京协和医学院于1906年落成，时有外籍教师14名。英国外相、美国大使都出席了落成典礼并致辞。最引人关注的是赫德爵士的致辞，他在清廷海关任职四十年之久。他在称赞了雒魏林这位先驱者的贡献之后，对医学堂的未来做了展望：“有雒魏林这样的前趋者，必有献身的后继人。同样，这所开风气之先的医学堂也必将硕果累累。即使它不能成为未来中华帝国的外科医学院，也将为这样的医学院和许多其他医学堂铺石开路。它将为这个永昌帝国的每个角落传播最真实的学问和最广博的文化。”

清王朝未实现赫德所颂之永昌，但是，协和医学堂却在辛亥革命的暴风骤雨中生存了下来。到1914年，当医学堂被洛克菲勒基金会接收时，学校共培养了38名优秀毕业生。

1915年洛克菲勒基金会以20万美元的价格买下了协和医学堂。新学校本打算以新主人的名字命名。然而，时任美国驻汉口的总领事顾临十分了解中国国情，指出洛克菲勒的名字对于中国人来说过长也太陌生了，当时很多人干脆就直呼其为“美国石油大王”。因此顾临建议最好保留原名中的协和，将校名改为北京协和医学院(PUMC)。为重建医学院和新医院，基金会又花费重金12.5万美元买下了附近的豫王府。这样这座座落在北京心脏地区的PUMC总面积达到了25英亩(150亩)。

经过近六年的建设，新的北京协和医学院，于1921年完工。拥有14座宫殿式外观的新楼，其他附属楼和一些保留下来的建筑共59座。其中包括拥有解剖教学楼、生理和药理教学楼、化学楼，病理楼，有225张教学床位和30间私人病房的协和医院，一所护士学校，一个大型的门诊部，有多处住院医生和实习医师休息间的医院管理部，一座礼堂，一个动物室，两个有围墙的学生和老师宿舍区。所有建筑都安装了保证后勤供应顺利运行的设备。