人怕出名猪怕壮，自古就是这样，一头猪，长肥了，长壮了，就离着挨刀不远了。在清王朝满人的统治下，袁世凯竟然以一个汉人身份，混得位高权重，身份显赫，因此危险随之而来。1902年，袁世凯任直隶总督、北洋大臣，还兼任政务处参预政务大臣和练兵大臣，在保定编练北洋常备军（简称北洋军）。至1905年北洋六镇(镇大约相当于师)编练成军，每镇一万二千五百余人，除第一镇系满洲贵族铁良统率的旗兵外，其余五镇都在他的控制之下，重要将领几乎都是袁世凯小站练兵时期的嫡系军官。同时，袁世凯还兼任督办电政大臣、督办铁路大臣及会议商约大臣。
列位看官，此时的袁世凯权倾朝野，既手握重兵又兼任了那么多位高权重的大臣，很显然就引起了满清亲贵集体的不满，并让他们感到了严重的威胁，特别是载沣、铁良、善耆等一帮少壮派的贵胄，视袁为眼中钉，肉中刺，袁世凯权倾朝野，满族官员们坐立不安，惶惶然。
终于，1907年9月，清廷下令免去袁世凯的直隶总督兼北洋大臣之职，及其他兼任的职务，改为军机大臣兼外务部尚书调京任职。表面上提升了袁世凯，实则迫使他离开直隶，剥夺了他对北洋军队的直接控制。失去了军队这张护身符，袁世凯感到了巨大的压力，接下来更糟，一年后的1908年11月14日、15日，在这两天当中，统治中国长达六十年的慈禧太后和傀儡皇帝光绪先后驾崩，三岁的溥仪被扶上皇位，号宣统，他27岁的父亲载沣为摄政王，掌握了军政大权，载沣可是个对袁世凯恨的咬牙切齿的人。载沣是光绪的弟弟，袁世凯出卖维新派，令光绪被囚瀛台，载沣对袁世凯那简直就是想一枪崩了他。载沣决心为替兄报仇，除掉这个呼风唤雨的汉人，几次都想杀袁，拔掉这个插入满人权力中心的“刺”。
袁世凯此时的处境，他那几个铁杆的下属也都知道了，手里都捏着一把汗，个个焦灼不安，怎么办？唇亡齿寒啊，靠山袁世凯如果有个三长两短，段祺瑞、冯国璋等一批小站出身的军队高官也没有好果子吃了。于是，为了救袁世凯，段祺瑞想到一招至险之计。
段祺瑞相约冯国璋，由段自己到保定搞一次虚张声势的冬季操练，就是实战演习，让各部队对外放风说北洋军要举行一次大规模的冬季军事演习，各部队表面上也以行动配合，给人确有其事的感觉，但实际上不是真演习。陆军部一定会知道，也一定会吃惊，因为不经他们批准擅搞操练就如同犯上作乱，势必也惊动朝廷，从而让朝中亲贵感受到北洋军的威慑力。一旦朝廷追究，段祺瑞他们又可以异口同词地说没有这档子事，是有人造谣；或反咬一口，说陆军部有意陷害。因为北洋军和陆军部一直有矛盾，外界极易相信，那么，陆军部难逃干系，又向清廷施了压。
果然，陆军部很快收到报告，说北洋军与保定陆军学堂即将举行大规模冬操，朝廷得到消息大为震惊，这不是藐视朝廷吗？没有陆军部的命令竟敢肆意妄为，就等于是抗拒朝廷吗，可是，北洋军又指挥不动，朝廷无计可施。这五个镇的兵力六万多人，真要是闹起事来，那可是地动山摇啊！朝廷的陆军部也没敢立马追究。
在这时，又有一件意想不到的事发生了，让段祺瑞好好地利用了一下。
驻保定的北洋第六镇第十一协(协相当于旅)的几个士兵，聚赌时发生争执，引起火并，也没伤着人，就是响了几枪，本来事不大。该协的协统李纯(民国时期江西督军)没敢直接向段祺瑞汇报，只告诉了学堂督办公署，表示自己尽快妥善处理之。
段祺瑞闻讯后，先是没放心上，过了好半天突然醒过闷儿来了，一拍脑瓜有了主意，嘿！天赐良机！他立即命人给李纯打电话，说李纯那儿是发生兵变了。李纯吓一跳，赶忙解释是怎么怎么回事，段却不听，只坚持说他那儿就是发生兵变了，要李纯率重兵镇压，并表示自己随后带兵增援。你看看这事闹的，李纯自己身边的事，段祺瑞比他还明白，一时间李纯是丈二和尚摸不着头脑，不知道该怎么处理。难道真要出兵镇压，出兵不是不可以，问题是镇压谁呀？
一时间，军营里鼓号连天，将士们被集合起来平叛“兵变”。消息传开，越传越神乎，段祺瑞遂向朝廷陆军部报告：保定发生了大规模的“兵变”！注意在兵变前面又加了“大规模”三个字，嚯，朝中上下大为震动。载沣由此深深感到袁世凯在北洋势力根深叶茂，轻易动之必招大乱，袁世凯——动不得！又有奕勖、张之洞等王公大臣又强烈反对朝廷加害袁世凯，另外，因为袁世凯大力襄赞新政，包括废科举、督办新军、建学校、办工业等，获得外国人的喜欢，外国势力也支持袁世凯，这就令生性优柔的载沣终不敢贸然砍下袁世凯的脑袋，但又不甘心留袁在朝，遂于1909年1月2日发布上谕，以“袁世凯现患足疾，步履维艰，难胜职任”为由，将袁世凯撤销一切职务，打发回家“养病”去了。袁世凯身体如何，自己说了不算，那是载沣客串了一把医生，还给袁世凯开了一张请假条，假期是无期！朝廷重臣变成了一个“有病”的老百姓。
得到诏旨的袁世凯又惊又怕，毕竟此时的自己羽翼未丰，清廷还是有实力灭了自己的，他不知道接下来还会遭遇什么不测，只能接受旨意回老家河南。垂钓洹上村。
袁世凯在老家待了不到两年，1911年10月10日，武昌城一声枪响，朝廷不得不把袁世凯又请了回来。
1911年11月1日清廷重新任命袁世凯为内阁总理大臣。袁世凯又开始了他的政治生涯。