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国际领先:FANSe算法通过科技成果评价

深圳2021年7月30日 /美通社/ -- 2021年7月13日,经科技部批准成立的第三方专业科技成果评价机构中科合创(北京)科技成果评价中心,组织专家以视频连线方式召开了科技成果评价会,对承启张弓教授团队完成的“全自主高性能高稳健的核酸测序快速比对算法及云分析系统”进行科技评价。经过专家评审,FANSe系列算法同时达到了极高计算速度与准确性的双重目标,具有超强的容错能力及远超传统算法的实验可验证性,在解决“精准医学不精准”的世界性难题上做出了重要的贡献。作为可商用的基因数据底层比对核心技术,其比对精度比欧美算法高出两个数量级,其云平台的投入应用得到了用户的一致好评,体现出良好的商业效益和社会效益。FANSe系列算法完全自主研发,保障了中国的科研和精准医学的独立自主性。评价专家组一致认为,该项目具有很强的科学性、创新性和实用性,研究成果总体上达到国际领先水平。

这是国家权威机构对FANSe的“官方认证”

FANSe算法科技成果通过中科合创(北京)科技成果评价中心评价

FANSe算法科技成果通过中科合创(北京)科技成果评价中心评价

目前,几乎所有二代测序应用需要进行mapping(快速比对),鉴于所有生物学意义的分析都高度依赖于mapping的结果,尤其是存在于reads(短读序列)中的错配结果,因此mapping的速度和精度都很重要但速度与精度通常不可兼得,比如基于BWT原理的算法速度提升,但对错配的处理无法做到完美,在实际生物学应用中容易导致假阴性和假阳性问题,国际顶级科学杂志Nature 斥之为“可重复性危机”( 2012年) 2017年,JAMA Oncology 杂志发布结果,将40份癌症病人样本送给两家世界知名测序公司进行测序,绝大部分样本的两份突变报告完全不同因此二代测序技术在临床上乱象丛生,难以保证高通量下的准确性

为此,张弓教授开始研发FANSe算法,力图建立稳健精准的二代测序基础技术2011年,FANSe1代研发成功,奠定了准确稳健的数学基础,错误率可低至10-9以下,一定条件之下可以100%保证得到数学最优解2014年, FANSe2代研发成功,实现了并行化处理,同年开始部署在承启生物的云平台上2015年起,高性能的FANSe3开始研发,2017年开始在国际权威科学期刊上亮相,2018年首次实现了单机1小时全基因组、1秒钟全转录组的惊人分析速度2020年, 云平台专用的FANSe4代在承启生物创造了单节点5分钟分析完一个人全基因组测序数据集的新纪录由于其强悍的性能和全自主的特点,FANSe被作为科技部国家重点研发计划《医学生命组学数据质量控制关键技术研发与应用》核酸测序的底层算法,为组学领域的质控标准贡献关键力量

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