太平天国自天京变乱后，似乎进入一段政治上的稳定期。天国后期军事上主要靠忠王李秀成和英王陈玉成。
这两位军事上的后起之秀，都有着出众的谋略，一在西北，一在东南，支撑着太平军后期的局面。然而颇为可惜的是，这两位统帅也没有避免内部纷争的老路，在天国形势最为危险的时候，两人却发生了非常巨大的分歧。以至于天国最终没有躲开湘军对天京的致命连环锁，而陈、李二人，也在这场分歧中，各自走向了人生的终点。
一、东西歧互的战略
1860年5月，面对清军的步步紧闭，太平天国集中精锐兵力，对江南大营进行了凶猛的反击，一举击破，缓解了天京周边的军事形势。
但一时之危虽解，战略上的困局却始终没有打破。
因为当年石达开负气出走，太平军伤了元气，天京上游的皖南地区被湘军攻陷，特别是重镇安庆也落入湘军之手。湖北各地也陆续易手，天国能实际控制的区域只剩下苏南、皖南、浙西北以及赣北一带。
这样的形势意味着什么呢？
军事上，九江、安庆等上流重镇都被湘军围攻，长江水路被截断，太平军各个区域不能联成一片，清军又能源源不断地接济江北大营，将会给天京带来长期威胁，使太平军主力不敢四出略地。
经济上，天国控制区域越来越小，征收赋税也越来越少，如果无法突出重围，天国的经济局面将越来越困难。
洪秀全召集洪仁玕、李秀成、陈玉成等人商议，决定先乘着打破江南大营之势，向东发展，打下苏杭，利用东南富庶之地征收赋税，先解燃眉之急。而后再西上解安庆之围，彻底解除军事上的危机。
陈玉成起初主张直接西进，在安庆周边与湘军决战，彻底击退之。但湘军主力大部都在安庆附近，曾国藩也把争夺安庆作为其主要战略目标，如果一上来就去和曾国藩决战，这必然会陷入旷日持久的战斗，不经一番苦战绝对打不垮曾氏。那么这样有什么消极影响呢？
太平军主力西上，就不会再有精力东下攻略苏浙一带，打破江南大营积累起来的锐气就浪费了。所以陈玉成也基本上同意了先打东后打西的战略。
于是太平军主力遂集中东下，攻取苏州、常州一带，兵锋直逼上海近郊，后来在外国军队和淮军的反击下，太平军才没有进入上海。
打下苏州一带后，太平军确实得到了不少实惠，钱粮得到了大大的补充，李秀成及其所部军将都非常高兴。
按理说，打下苏州后，就应该并力西进，去解除湘军对安庆的围困。可就是在打苏州等地时，陈玉成和李秀成发生了矛盾。陈玉成为补给军需，在苏、常等地设卡征收税金，可是这一地区是李秀成的势力范围，两家部下为此事发生争执。当然此事影响并不是特别大，很快就处理好了。
如果往深里分析，就能看到，太平天国诸王之间，确实有了一定隔阂，他们的领地意识开始凸显出来，并直接影响到了对大局的判断。而这种意识，相比来看，年长的李秀成，更重于年轻的陈玉成。
而打下苏浙一带后，李秀成的战略观就发生了变化，他认为应当继续巩固和扩大苏浙地盘，为天国谋求一个强大的财源地。
可是此时安庆之围越来越严重，曾国藩把所有家当都投入到安庆战役，不容太平军不重新考虑西线战局。
二、陈玉成的“围魏救赵”
安庆城由太平军叶芸来所部坚守，而湘军主力是太平军的数倍，多达4万人。
1860年9月，洪秀全召集陈玉成、李秀成、洪仁玕等人在天京会商，讨论如何解除安庆的危机。经陈玉成提议，洪仁玕总结，提出如下考虑，如果主力投入安庆战役，将会陷入与湘军的苦战，与其如此，不如跳出僵局，效法当年石达开远征湖北而解皖南危局的战法。
洪秀全首肯了这一战法，并命令太平军诸部分为两路，一路由英王陈玉成率领，从皖南出湖北，直攻武昌。一路由忠王李秀成率领，从江西出湖南，绕出武昌之西。李世贤和杨辅清则从江西入湖北，攻武昌的南北两面。合计四路大军，一举拿下武昌，迫使曾国藩回援。
当时湘军主力全在安徽，湖北只留了万余兵马留守，武昌城内只有三千余人。如果按照天京决议进兵，这个战略计划看起来具备成功的希望。
1861年2月，陈玉成便按计划率兵西出湖北，兵锋直逼武昌。陈玉成一路势如破竹，3月18日便打破黄州，黄州距武昌只140里。湖北大震，湖广总督官文在武昌城内哀叹城池必失。胡林翼是安庆战役的总军师，是他提出了包围安庆进取皖南的策略，闻知此事，他急的吐血，痛责自己是“笨人下棋，死不顾家”。
曾国藩也说，陈玉成救安庆，取势在千里之外，逼得自己不得不分兵。事实上曾氏一度想过要撤安庆之围分兵回救。
胡林翼为自己谋略失误作检讨，表示愿意调李续宜一部回救武昌。
但曾国藩坚持认为，太平军虽得势于湖北，得地于苏浙，长江上下，似乎全是太平军的优势。而湘军唯一的优势就在于安庆，湘军以主力对太平军的偏师，这是湘军全局制胜最关键的一点。如果撤围分兵，势必陷入两面受敌的困境。所以曾国藩做好了宁可丢武汉，也绝不撤安庆之围的打算。
从大局上看，曾国藩确实抓住了当下形势的要害，确实要比太平军棋高一着。
但是，这个判断，是以湖北局部的得失为基础进行考量的。
单纯拿武昌和安庆比，或者拿苏杭和安庆比，确实战略意义都比不过安庆。但是如果继续扩大战略视野呢？
如果太平军放弃天京的包袱，在湖北遍地开花，甚至克复湖北后，再和江西之兵两面兜击湖南，威胁湘军的老巢湖南，那么形势就又成另外一番局面了。
事实上陈玉成攻至黄州，就引起诸方恐慌。英国人巴夏礼到黄州会见陈玉成，表示了英方决议干涉。因为长江中下游是英国的势力范围，破武昌则上下游截断，严重影响英国的商业利益。陈玉成畏惧英人武力干涉，志气为之一沮。
此时安庆方面来报，由于清廷照会了各国，阻止他们再与安庆太平军进行粮米交易，安庆叶芸来所部无法获得接济，城中已经断粮。湘军也加紧了攻势，安庆外围枞阳、太湖、潜山等要地都被攻陷，安庆城四周都被湘军迫近，再不救援，恐怕难以坚守。
陈玉成陷入两难之境。
三、李秀成迟迟不动
那么李秀成在干什么呢？
1860年9月天京会议后，李秀成不顾洪秀全的命令，依旧以主力进攻苏浙，只是碍于情面，不得不遣自己的堂弟李世贤和杨辅清进攻皖南，以策应陈玉成的围魏救赵之计。
李秀成拿下苏浙大部之后，面对这些人间天堂式的苏杭胜境，太平军将领上至李秀成下至低级军将，都被富裕的生活条件迷醉的失去了斗志。以至于李秀成军中弥漫着留居苏杭的情绪，不愿西征湖北。
天王洪秀全对整个长江沿线的形势，似乎也不够重视，他虽然下令诸部太平军都要西上救安庆，但对李秀成所部并没有严令撤走，犯了走一步看一步的战略性失误。
干王洪仁玕较为清醒，他去信劝李秀成出兵，说，徒以苏杭繁华之地，一经挫折，必不能久远。并进一步分析形势说，夫长江者，古号长蛇，湖北为头，安省为中，而江南为尾。今湖北未得，倘安徽有失，则蛇中既折，其尾虽生不久。
后来洪秀全意识到安庆形势的危急，也严令李秀成务必尽快动兵西征。李秀成这才慢腾腾地出兵。
事实上，李秀成除了眷恋苏杭之外，他对陈玉成的情绪也占了一部分原因。
陈玉成少年成名，二十出头就获封英王。陈玉成固然英勇善战，但他脾气不怎么好。他两眼下各有一黑痣，太平军背地里都管他叫“四眼狗”。
陈氏家族在太平军中很有势力，早期陈玉成的堂叔陈承瑢官高位重，后期如陈时永、陈学礼、陈得才、赖文光、吴汝孝、叶芸来，宛然已成为新的派系。陈玉成不论对待部属还是同僚，都不太会善言温语，一言不合就怼人。年青人阅历浅，脾气大倒也可以理解，但附加上陈玉成的身份，他这份脾气就很容易得罪人。
李秀成却是个脾气温和、待人以宽的肉脾气，不愿意恶语相向，也不太喜欢和别人对着干。这和陈玉成形成了鲜明的反差。这样两个人，要他们形成亲密无间的合作关系，是不大现实的。
天国后期军事上主要依靠英、忠二王，而苏浙成为李秀成的势力范围后，英王系下军马大部分进入安庆、皖南，英、忠二王也隐然有了势力分野。他们表面上虽然没有什么不和，但性格上的差别、势力范围的分野，让他们最终在战略方向上分道扬镳，形成了巨大的矛盾。这一切，都是李秀成不热衷于西征的原因。
陈玉成大军西进后，他只派了李世贤、杨辅清两路偏师进入皖南，这两部兵力虽然也进行了积极的战斗，但无奈湘军重兵屯积于皖南，李杨二部始终无法取得大胜。
1861年6月，在各方催促之下，李秀成才慢腾腾地出兵，他进兵湖北南部，打下了黄州对岸的武昌县。但即使如此，活跃于湖北的义军还是大受鼓舞，一时间大冶、武昌、江夏、兴国等地的各股义军纷纷加入李秀成麾下，李部兵力高达三十万，成了太平军诸部兵力最多的。
李秀成所部进入湖北，战略形势果然发生变化，曾国藩再次发生了思想动摇，他与头号幕僚赵烈文商议，感到太平军如果真的攻下武汉，湖北形势大危，那么皖南的形势就有后路之忧，安庆之围恐怕真的就要不战自撤了。
清廷也忧心湖北全境沦陷，往来急调湘军回援湖北。
但就在西征计划将要实现的关键时刻，太平军又功亏一篑了。
四、西征失败
李秀成姗姗来迟攻下武昌县，实际上当时陈玉成已经撤走了。
叶芸来求救时，陈玉成见李秀成没有动静，而安庆又十分危急，便率主力东下安庆，只留下赖文光守黄州观望动静。
两路大军已去其一，合围武汉的计划实际已成空谈。
同时，李世贤、刘官方一部，在乐平、黟县一带，被湘军主力击溃，无力继续执行西进湖南、兜击湖北的战略计划。
而正当西征太平军声势正盛时，英国驻汉口领事金执尔再赴太平军，威吓李秀成不要妄图挑战英国在湖北的利益，要其立即退兵。
李秀成面对诸般不利形势，本来就不是很坚定的西征之意就更加动摇了。加之东线战场李鸿章和洋枪队一直伺机反攻苏浙，后方根据地不稳，使得李秀成忧心忡忡。
1861年7月，李秀成终于决策，从湖北撤兵，返回了江浙一带。
太平天国筹划的二次西征战略，就此草草告终。
西征的失败，其一是战略意志的失败。相比曾国藩胡林翼等人，他们虽然中间也有过思想动摇，甚至面对着清廷几番严守分兵救鄂的压力，但终于以始终如一的意志，坚定地执行了围安庆的战略计划。而太平军的高级将领，却首鼠两端，战略重心一直在摇摆，拿不出足够的战略勇气和敌人进行战略上的对攻。
不敢放弃安庆，本质上就是不敢放弃天京。这就使得陈玉成始终不敢放开手脚打湖北，最终围魏救赵之计不成，反被湘军以彼之道还施彼身。
其二是太平军内部关系的失败。英、忠二王作为天国后期的军事支柱，两人无论战略战术，都有可取之处，并不比初期诸王差多少。但败就败在，二人后期各有各的算盘，各有各的方向，导致太平军在力量上被分散。而洪秀全也没有发挥好居中协调的作用，致使二王各自为战。