抗战时期，国民党在沦陷区也开辟了敌后战场，尤其是在一些日伪严密控制的大城市，沦陷前夕，国民党做了较为充分的潜伏布置。

从1937年到1941年，抗战前期的四年多时间里，除了苏联有限的支援外，中国的抗战几乎是在独自奋战。为了鼓舞士气，国民党经常在城市采用扰乱、暗杀、爆炸、恫吓、策反、反间等方式打击日伪，在城市和交通沿线，破坏日军机场、兵营、仓库、粮库、弹药库等军事设施，铁路、公路、水路等各种交通设施，不计其数，称之为“城市游击战”。

关于暗杀活动，这段时间里亦有很多“大案要案”。

例如，1939年3月20日，军统追杀中国现代史上“天字第一号”大汉奸汪精卫，从国内杀到国外，又从国外追到国内，屡次失手，仍坚持不止，牺牲了多位勇士。虽未成功，但吓得汪精卫及大小汉奸头目寝食不安。

军统北平站、天津站，先后组织了刺杀汉奸张敬尧、殷汝耕、石友三、王克敏等重大行动，其中有成功(如张敬尧)，有失败(如石友三、殷汝耕)，有误杀(如王克敏的日本顾问山本荣治，汪精卫的副手曾仲鸣)。

在上海，凭借外国租界的掩护，据不完全统计，军统在上海的暗杀行动就有150余次。刺杀对象，多为各类汉奸，少数是租界里与日伪勾结的高级警探。

例如，1937年12月30日，在吕班路，刺杀了参加上海地区改组委员会的华商领袖陆伯鸿。

1940年1月15日晚上8点，在公共租界牛庄路，更新舞台花楼，刺杀了为日军搜购军需物资的俞叶封。

1939年大年初一的夜晚，潜入戒备森严的私宅，成功刺杀了南京“中华民国维新政府”外交部长陈箓。

1940年8月14日，数次逃脱军统特工暗杀的上海滩三大亨之一的汉奸张啸林，被上海区第2行动大队安插的内线，张的贴身保镖林怀部击毙于法租界张宅。

同年10月11日，上海区第2行动大队军统特工成功策反伪上海市长、汉奸傅筱庵的厨师朱升源，将傅刀毙于上海市虹口日租界的祥德路26弄2号傅宅卧室中。

后来，军统上海区制定了一个方案：以身着军服的日本人为格杀对象，无论军阶高低，职务大小，无须申报，得手就当场干掉，执行地点以日占区及其势力范围之内为限。

在日本军人经常出入的场所，军统在上海的特工组织多次爆炸活动，杀得驻沪日军单枪匹马不敢上街。除北平、天津和上海之外，南京、武汉、广州、开封等沦陷的大城市，也时有类似事件发生。

1939年8月11日，军统广州站发展了在驻广州白云山日军海军陆战队第一一五联队近田部队作厨役的李昌德，将准备好的毒药掺入饭菜，使日军官兵数十人中毒，19人毙命，李昌德还趁乱将硝酸倒入机枪枪管，随后逃出敌营。

1941年9月17日，军统广州站为纪念“九一八”事变10周年，在多个地点，对日军军事机关和伪组织机关进行爆破，撤离至海珠中路时，第3组组长江志强路遇日本宪兵队，江志强将剩余炸弹引爆，与5名日本宪兵同归于尽。

开封沦陷后，潜伏的军统特工根据戴笠的指示，于1940年5月7日，河南站行动1组与打入日军内部的特工李宪斌里应外合，袭击位于开封山货店街的日本特务机关，击毙日特机关长及川贞作、山本午、开封日本宪兵队分队长上村四郎，击伤日本陆军特务机关长万田。

12月19日，行动组在开封社下基79号，击毙主持日本特务机关的日军多田部队参谋长兼伪河南绥署总顾问、陆军大佐皆川雅雄……

为纪念牺牲的人，戴笠曾在“陪都”重庆市中二路罗家湾29号——军统局本部后面的山坡上建造了一座纪念碑，而碑的两面则一字不刻。

戴笠曾经对部下说：“千百万无名英雄的牺牲才换来历史短暂的辉煌……历史记载丰功伟绩，白纸黑字一目了然……你我的历史地位在于为这些丰功伟绩做出无声的贡献。我们为其他人的成就作铺垫，我们是无名英雄。无名英雄就要随时准备作出牺牲。”

在中华民族生死存亡的八年抗战时期，在严酷的斗争环境里，他们满怀对中华民族的热爱，对日本侵略者的仇恨，用自己年轻的生命与无畏的鲜血，书写了中华民族抗战史上光辉灿烂的一页，也是值得后人记住的。