清朝入关以后，十个皇帝，除末帝溥仪没有设陵外，其他九个皇帝都分别在河北遵化市和易县修建规模宏大的陵园。由于两个陵园各距北京市区东、西一百里，故称“清东陵”和“清西陵”。
清朝皇帝的陵墓并不像明朝那样集中，也不像汉唐那样每位皇帝都有自己单独的陵，而是几位帝后共同葬在一个陵区，分为四个陵区。其中，有在今辽宁省新宾满族自治县的永陵，葬着清太祖努尔哈赤以前的女真首领；在今辽宁身沈阳市附近的福陵，葬着清太祖努尔哈赤和清太宗皇太极；在今河北遵化附近的东陵，葬着顺治、康熙、乾隆、咸丰、同治及他们的后妃；在今河北易县的西陵，葬着雍正、嘉庆、道光、光绪和他们的后妃。其中规模最大、随葬品最多的陵墓，就是清东陵了。
关于清东陵内的第一座陵的陵址来历是有争议，一说是在清顺治年间，清世祖福临在遵化打猎时亲自选定了这片陵址；也有说法称这片陵址是由汤若望等人制定下来的，并且这次制定直接影响了汤若望案的走向；也有研究认为清东陵的选址是沿袭了当年明崇祯帝朱由检的选择决定，在崇祯年间诚意伯刘伯温第14代孙刘孔昭及道士张甲曾为朱由检选定陵址，地点即为昌瑞山。
康熙二年（1663年），清孝陵正式建成。为了所谓的“压龙脉”一说，清政府专门扒掉了清东陵附近的长城及其附属建筑，代之以清东陵自己的防卫性建筑，同时陵区内是否有残存的庙宇或庙宇基址也在建陵前的勘查范围之内，一经发现立刻清除，并最终清除了陵区内除一座二郎庙之外的全部民建庙宇。
在清朝统治期间，陵区内严禁非皇室人员在此修庙、打柴、供神、埋坟，并将陵区内的原有居民全部驱逐。整个陵区设有重兵把守，并在陵区之外分设红桩960根、白桩960根、花岗岩石碣10块和青桩1000余根，用以标明陵址区域，误闯入陵址范围的平民甚至有可能被就地处决。此后，在清朝统治时期，先后有清圣祖玄烨、清高宗弘历、清文宗奕詝、清穆宗载淳葬于清东陵，其余的皇帝则由于未能在清东陵找到自己合适的位置（清世宗）、遵循兆葬之制（清仁宗）、修造时地宫进水（清宣宗）、驾崩后匆忙建陵（清德宗）等缘故而改葬在清西陵。清东陵的每座帝陵均有与之相应的皇后陵或妃园寝，最晚一座于1935年下葬。
清帝逊位后，由于相关部门财力不济，导致清东陵的守陵人对陵墓监守自盗的现象屡禁不绝。1921年，北洋政府直隶省省长曹锐下令在东陵所在地设立垦殖局，将东陵地区的树木盗伐一空。1926年第二次直奉大战期间，张宗昌率部占据清东陵，并将陵上的铜鹿、铜鹤、铜缸等全部搬走，仅金银器就装了几十大车。1928年1月5日，载涛、载泽以及载瀛向中华民国国务院递交书函，称景妃陵、惠妃陵、理密亲王园寝遭地方武装盗掘；3月，清室驻津办事处向张作霖致函称淑慎皇贵妃园寝遭到盗掘，相关盗贼后于5月被抓获。6月，因军饷遭严重克扣，孙殿英以“军事演习”的旗号，对清东陵当中的裕陵和菩陀峪定东陵进行大规模盗掘，其他陵墓的隆恩殿当中的贴金也几乎全部被盗走。盗掘后，孙殿英对外宣称是报祖上孙承宗之仇，并将其中部分盗取的宝物贿赂宋美龄、孔祥熙等人，案件查办最终不了了之，寓居天津的溥仪只得自行将被挖出的遗骨重新安葬。该事件史称“东陵事件”，国民政府不追究孙殿英的责任，并最终导致溥仪和国民政府完全决裂，这是溥仪和日本人合作成立满洲国的重要原因之一。
1931年九一八事变之后，侵华日军和满洲国军以给溥仪看守祖陵为名，占据了清东陵地区，并设立了“东陵办事处”，对陵寝实施保护，栽植松柏风景树，举行简单的祭祀活动，在一定程度上抑制了对东陵的破坏。1945年抗日战争胜利后，“东陵办事处”被取缔，日军势力撤出东陵一带，清东陵的管理再次出现真空。
1945年9月起，当地盗墓惯犯王绍义为首的一伙土匪开始疯狂盗掘清东陵，先后洗劫了定陵、定东陵、定陵妃园寝、孝东陵等。同年底，时任中共冀东军区十五分区对敌工作部部长张尽忠，被王绍义以盗得的墓葬品买通后，把盗陵冠以“斗争皇上大地主”、“帮助群众度过饥荒”之名，广泛动员陵寝地宫的知情者、会用雷管炸药的能人加入，还拉拢了蓟遵兴联合县八区区长介儒。张尽忠把参与盗陵的人员集中起来，各有分工。每次盗陵，都在陵寝周边5华里设置警戒哨，由持枪民兵负责看守，然后由青壮年劳动力负责挖开地宫入口，进入券门。
从1945年底到1946年1月，总计超过千人的盗陵队伍把清东陵除孝陵之外的其它帝陵全部盗空，大部分皇妃陵也遭到了盗掘。其他当地的土匪也在1945至1950年期间对陵墓进行了多次盗掘。首犯张尽忠1946年初夏被国民党军统特务在唐山抓获，1948年在北平地方法院看守所病死；1951年，潜逃多年的王绍义落网，并被判处死刑。1952年，成立了清东陵文物保护所对清东陵陵区加以保护，盗墓现象才被遏制。
咸丰皇帝的两位随葬后妃——慈安太后和慈禧太后，她们分别是东太后和西太后，她们在东陵中的陵寝形制、规格都是完全一样的，分置马槽沟的东西两侧。然而，西太后慈禧，葬在了东边的陵寝里；东太后慈安，却葬在了西边的陵寝中。这是怎么回事呢？
菩陀峪定东陵是西太后慈禧，即孝钦显皇后的陵寝，该陵寝位于普祥峪定东陵的东侧，是清文宗的另一座皇后陵寝，通常与普祥峪定东陵合称为定东陵，而且初期建造时间和完工时间均与普祥峪定东陵相同，共用白银227万两。光绪二十一年（1895年），慈禧以“年久失修”为由对菩陀峪定东陵进行大规模重建，重建工程历时十三年之久，重建之后的陵墓已经远远超过了其他皇后陵规制。在重建的开销上，仅贴金就耗用黄金4592两1钱4分3毫。光绪二十一年（1895年）至二十五年（1899年）就拨银150万两，其他时间的耗资因缺少资料而无法统计。整座陵墓的隆恩殿和东西配殿用黄花梨构制，殿内彩画贴金，仅金龙就有2400余条；殿内的墙壁上镶嵌有30块大小不等的雕花砖壁，共计237平米；隆恩殿内有64根贴金柱，是清代其他帝后陵的十多倍。其他的形制与普祥峪定东陵类似，但也有较为豪华的改造。
众所周知，中国古代是东大西小，以东为贵的。皇帝册封的太子成为东宫太子，皇帝正宫皇后所居是东宫。慈安是咸丰帝的正宫皇后，所以成为东太后，慈禧虽然权力、势力都比慈安大许多，却始终没有正宫太后的名分。那么，她在死后葬在了东边的陵寝里，是不是她要在死后找回之前所没有得到的正宫地位呢？
有传说讲，本来安排的就是东太后慈安葬在东边，西太后慈禧葬在西边，但是慈禧对这种安排十分不甘心。她一定要获得东边的陵寝，就使计与慈安太后打赌，两人下棋决胜负，胜者可以入葬东边的陵墓，慈安太后不明用意，也没有在意，就答应了她的要求。慈禧就想要通过这种方式夺得东边的风水宝地，当然为棋局做了多重准备，志在必得，理所当然地赢得了棋局。慈安本来就柔顺而有信用，就把东边的陵寝让给了慈禧，慈禧终于能够得偿所愿。还有一种说法，就是慈禧根本不管什么名分，强而行之。在慈安死后，她大权独揽，根本没有什么人能够与之抗衡，她强制下令要把慈安下葬在西边，朝中虽然有人谏诤，却根本无济于事，她就这样硬是把东边的陵寝抢了过来。不管用计还是用抢，慈禧一定要在死后得到唯我独尊的地位，身为西太后而获得东边的尊崇。
可是事实上，这些说法只能是传说。在丧葬之事被看得无比重要的中国古代社会，这种自行改变下葬位置的情况是不可能出现的。就算慈禧可以独断专权，她却不能不顾及祖宗所留下来的法度。再怎样大权独揽，她也仍然是爱新觉罗家的媳妇儿，关于丧葬陵寝这样的大事，任何人都不能违背祖训，甚至皇帝本人也不能例外。
慈安、慈禧都是咸丰的后妃，她们是陪葬在咸丰陵墓旁边的，二者的陵都在咸丰陵的东边。而慈安太后是咸丰帝的正宫皇后，她的陵寝就要更接近咸丰帝，所以在西边；慈禧是皇妃，无论怎样都不能逾越皇后的位置，只能离咸丰帝稍远，葬在慈安陵之东。所以，才会出现西太后葬在东边这样的事情。