中日关系中的历史问题可以分为历史认识问题与历史遗留问题。日本政府的历史认识问题可以分为教科书问题、首相参拜靖国神社问题、“慰安妇”问题、“南京大屠杀”历史真相及其民仇血债问题、“重庆大轰炸”历史真相及其人道罪责问题和对待侵略战争的态度问题，这些问题有诸多历史原因,且与日本首相及政府的历史观有直接关系。
自1931年发动“九一八”事变至1945年8月宣布无条件投降,在这14年间,日本军国主义对中国人民犯下了滔天罪行,同时也产生了诸如钓鱼岛的主权争议问题、细菌战与化学战、掠夺华工、中日战争赔偿问题（主要包括国家赔偿和中国民间受害者赔偿两个方面）、海上油田开发问题（春晓油气的开发和归属问题），以及“北京人”头盖骨被日掠夺、失踪、追索问题等一系列历史遗留问题,直接影响了当前中日关系的发展。
在中国人民抗日战争暨世界反法西斯战争胜利75周年之际,笔者梳理了以上中日战后重要的历史问题,旨在铭记历史并以史为鉴,防止历史悲剧重演,更好地面向未来,推动中日关系的改善和发展。
重庆大轰炸期间的国军
篡改历史教科书问题
长期以来，日本纂改历史教科书，歪曲历史事实，严重伤害了中国人民和亚洲人民的感情，遭到了中国和亚洲各国的谴责。在二战后，日本的教科书的制度与内容都发生了很大的变化。在制度上，原来的国定教科书的制度改为审定制，国家仅通过文部省（现改为文部科学省）制定《学习指导要领》，提出基本的要求，而教材的具体内容，可由学者和教师编写，通过教育课程审议会审定后即可使用。而学校是否采用，则由各学区决定，各种教材通过竞争获得在学校的采用率。
在内容上，战后初期的教科书基本上摆脱了原来的皇国史观和军国主义的思想体系，代之以民主主义的内容。对日本发动的侵略战争的历史事实，有一定程度的描写，这是历史教科书的“改善”趋势。尽管这种“改善”是迫于国际压力，而且还很不彻底，但与战前和战争中的教科书相比，还是有根本的变化。
战后伴随冷战的开始，日本右翼势力也对历史教科书的“改善”趋势进行了顽固的抵制，不断地推动历史教科书向相反的方向发展，这就是历史教科书的“改恶”趋向。总的来看，战后日本历史教科书是在“改善”与“改恶”这两种趋向的斗争中变化的。
历史教科书的改善趋势，表现在有良心的知识分子和进步的学者教师不断追究侵略战争的责任，把侵略的历史事实充实在教科书中，并在教科书之外，通过辅助教材和和平教育向学生进行教育，以引导学生从加害的角度认识战争责任。特别是通过家永三郎从1965年到1997年的持续32年的教科书诉讼，为把“南京大屠杀”、“慰安妇”、“731细菌部队”等问题写进教科书铺平了道路。1997年通过审定的日本中学历史教科书共7种，全部介绍了慰安妇问题，其中6种介绍了南京大屠杀问题。于是，日本的历史教科书“改善”达到了战后的高峰。
日本政府官员参拜靖国神社问题
靖国神社是位于日本东京都千代田区九段北的神社，供奉着自明治维新时代以来为日本战死的军人及军属，大多数是在日本侵华战争（1931-1945）及太平洋战争（1941-1945）中阵亡的日军官兵及三万名“台湾高砂义勇军”等日本兵。
靖国神社的前身是1869年由明治天皇下令创建的东京招魂社，目的纪念戊辰战争中为恢复天皇权力而牺牲的军人。1879年，东京招魂社改名为靖国神社，此后由日本军方专门管理。二战结束后，遵循战后宪法政教分离原则，改组为独立宗教法人。
多年来，参拜靖国神社已成为部分日本政客拉拢选民、展示右翼思想的“个人秀”。日本政客的数次参拜破坏了日本与中国、韩国等亚洲国家之间的关系。
战时日军强征“慰安妇”的问题
慰安妇，指第二次世界大战时期日本政府及其军队为顺利实施并完成侵略亚洲的战争而推行的一种军队性奴隶制度，中韩历史学者认为主要是通过诱骗和强迫。大部分慰安妇来自中国（包括台湾）、朝鲜、韩国、日本本土，也有许多琉球、东南亚、荷兰等地的女性，其中在日本召集的慰安妇又被称为“日本女子挺身队”。
1996年，联合国就日军慰安妇问题出台报告，将慰安妇制度认定为性奴隶制度。2012年7月，美国国务卿希拉里·克林顿指示美国所有文件和声明禁用按日语直译的“慰安妇”一词，将其改为“被强迫的性奴”，以此要求日本正视二战期间的性暴行。此后，韩国政府也表示考虑采用类似称呼取代“慰安妇”。2012年12月6日，中国历史学者在举行的《南京大屠杀全史》出版发布会提出，应将日军在侵华战争中强征的中国、朝鲜（二战期间朝鲜属于日本的一部分）等国的“慰安妇”改称为“性奴隶”。
“南京大屠杀”历史真相及其民仇血债问题
南京大屠杀指1931至1945年中国抗日战争期间，中华民国在南京保卫战中失利、首都南京于1937年12月13日沦陷后，在华中派遣军司令松井石根和第6师团长谷寿夫指挥下，侵华日军于南京及附近地区进行长达6周的有组织、有计划、有预谋的大屠杀和奸淫、放火、抢劫等血腥暴行。在南京大屠杀中，大量平民及战俘被日军杀害，无数家庭支离破碎，南京大屠杀的遇难人数超过30万。
战后，中国国民政府对南京大屠杀进行了广泛的调查。其中，南京审判战犯军事法庭经调查判定，日军集体屠杀有28案，屠杀人数19万余人；零散屠杀有858案，死亡人数15万余人，总计死亡人数达30多万，制造了惨绝人寰的特大惨案。2014年12月13日是首个南京大屠杀死难者国家公祭日，中共中央、国务院在南京侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆举行首次南京大屠杀死难者国家公祭仪式，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席习近平出席仪式。2015年10月9日，《南京大屠杀史档案》正式列入《世界记忆名录》。
战时日本强征中国劳工问题
自1931年日本发动“九·一八”事变占领东北三省，一直到1945年日本投降，这十四年间，日本帝国主义把中国变成了它的殖民地，掠夺中国丰富的资源。随着战争的延续，日本及其占领区的劳动力严重不足，日本通过诱骗、强征等手段在东亚地区征集了大量劳工，据统计，日本仅征集中国劳工人数就超过千万。
史料记载，1931年至1945年十四年间，日本共强制役使中国劳工超过一千万人。这些劳工被强制从事军事工程、筑路、开矿、拓荒和大型土建等劳役。危险的劳动环境、恶劣的生活条件、有病得不到救治、甚至被日军坑杀，中国劳工们遭受大量非人的虐待。
1937年7月7日，日军发动“卢沟桥事变”，中华民族全民族抗战爆发。起初，日军在后勤保障方面依靠现有的人员还足够使用，但随着战争不断扩大，日军需要的后勤人员也越来越多。在1938年的半年时间里，北平、上海、南京等大城市先后沦陷，日军明显感觉自己后勤压力增大。与此同时，由于超负荷的劳动加之日军的虐待，日本此前从中国各地征集的劳工死亡率很高。日本需要更大程度的征集中国劳工为其服务，据记载，山东地区是日本征集劳工的重灾区，1937年后的8年时间里，有289万劳工被运往了东北。日军用沾满中国劳工鲜血的炮弹进攻着中国军队，射杀着继续抗战的中国人民。
日本强征中国劳工
“重庆大轰炸”历史真相及其人道罪责问题
“重庆大轰炸”一角
重庆大轰炸是中国抗日战争期间，1938年2月18日至1943年8月23日期间，日本对中华民国战时首都重庆进行的长达5年半的战略轰炸。据不完全统计，在5年间日本对重庆进行轰炸218次，出动9000多架次的飞机，投弹11500枚以上。重庆大轰炸的死难者达10000人以上，超过17600幢房屋被毁，市区大部分繁华地区被破坏，是继德国在1937年4月西班牙内战中对格尔尼卡平民实施轰炸之后，历史上著名的针对平民的战略轰炸。
1941年中以后，日军为准备在太平洋发动战争，陆、海军航空队主力从中国抽出。之后对重庆只有零星轰炸。到了1943年8月以后，日军再无能力空袭重庆，重庆大轰炸告一段落。
中日战争赔偿问题
日本战败后，针对日本受降情况，蒋介石为了让日军向国民党投降而不向中国共产党投降，与日本进行了政治妥协，放弃日本的战争赔款。同时，美苏开始争霸，美国本来想扶持蒋介石政府对抗苏联。奈何蒋介石被人民解放军打退到台湾。无奈之下，美国为了遏阻苏联在东部的出海口，从原来的惩戒日本变为扶持日本的政策，意图把日本镶嵌在美国太平洋遏制苏联和中国共产党的第一岛链的重要一环上。蒋介石退居台湾后，更是不敢不听美国的话，于1952年正式宣布放弃日本的战争赔款。
当时，中国共产党宣布废除一切不平等条约，不认可蒋介石政府签署的放弃日本赔款的《旧金山和约》，不同意放弃日本的战争赔款。但是，当时国际上只承认蒋介石政府是中国的唯一合法政府，中国共产党的赔款要求没有得到支持。
由于苏联霸权主义的盛行，中苏关系在20世纪60年代开始恶化。美国为了拉拢中国遏制苏联，1972年美国尼克松总统正式访华，签署《中美三个联合公报》中美邦交正常化。美国承认中华人民共和国政府为唯一合法政府，同台湾断交，废除美国与台湾签订的条约，从台湾撤出军队。中美关系开始进入正常化。对于中美邦交正常化，日本是非常担心的。因为中国共产党始终不同意放弃日本的战争赔款。日本追随美国，美国与中国建交，日本自然也要早晚与中国建交。一旦中日需要建交，那就意味着日本承认中华人民共和国政府为唯一合法政府，废弃与台湾签订的条约，重启战争赔款问题的谈判，这是日本政府不愿意看到的。
出于中日友好关系的考虑，新中国决定放弃日本的战争赔款。1972年，在人民大会堂，中日签署建交联合声明，声明中写明了中国政府正式放弃日本战争赔款。