荷属东印度日占时期（也称印度尼西亚日占时期）是指从1942年3月9日荷兰将东印度殖民地控制权转交给日本军队，直至1945年8月17日印尼独立准备委员会正式对外发表《印尼独立宣言》为止。日本对苏门答腊岛、爪哇岛、小巽他群岛、加里曼丹岛、苏拉威西岛、马鲁古群岛及新几内亚西部实行军事占领。
1942年前，这片群岛自大航海时代已被荷兰殖民统治了几百年，被称为荷属东印度。1929年，正值印尼民族主义觉醒时期，印尼民族领袖苏加诺和穆罕默德·哈达（他们后来成为印尼总统与副总统）预见了即将爆发的战争，而日本向荷属东印度的进军客观上将会为印尼民族独立带来优势条件。
在侵略东亚后，日本又将注意力转向东南亚，以宣扬所谓的“共荣圈”来增强其在亚洲的号召力。在1920年代和1930年代，日本逐渐加强其在亚洲的影响力，在荷属东印度建立其事业。铃木和三菱这些涉足蔗糖贸易的大型企业向荷属东印度地区渗透。
荷属东印度群岛战役，日军作战代号为H作战（1942年1月11日—1942年3月9日）是第二次世界大战太平洋战争初期日军在南方作战里进攻荷属东印度地区的军事行动。
日军主要进攻地点
东印度岛屿东西长4000公里、面积190万平方公里，人口多达6000万，三分之二的人口集中于爪哇岛。1940年5月10日，纳粹德国发动西线攻势入侵荷兰，17日荷兰投降全境沦陷。驻于东印度的当地政府位于巴达维亚（现在的雅加达），军事中枢则位于万隆。东印度地区最大的油田位于苏门答腊的巨港和婆罗洲的巴厘巴板。1939年年产量有800万吨，超过当时的日本年需求量的500万吨；其他还有锡、铝土矿和橡胶等战略物资也源源不断出产，资源非常丰富，在地理上，东印度群岛也是澳大利亚的天然屏障。
从1942年1月11日~2月20日，日军依次占领了打拉根、巴厘巴板、马辰、苏拉威西岛、肯达里、安汶岛、帝汶岛。之后日军从东西北三个方向对爪哇形成包围之势。
英美荷澳联军军事会议
由于澳大利亚的主要军队都在北非战场和德国及意大利作战，被分散的美国、英国、荷兰和其余的澳大利亚军队拼凑了一支盟军防御日军入侵荷属东印度群岛。1942年1月10日，盟军由英国的韦维尔将军负责指挥，但指挥体系庞大混乱，士兵人员素质不一，武器装备极差，各部队接受双重领导，导致无法统一指挥。1月11日，日军进攻盟军在打拉根和万鸦老的据点，双方发生激战。但由于盟军的兵力过于分散，飞机损失惨重，战况接连失利，盟军开始破坏岛上的油井、港口设施和航空基地。
1月25日，日军进攻巨港，但联军在此地的防御较强，对于日军用舰炮和派出飞机空袭。2月14~15日，日军伞兵部队空降在巨港着陆，并成功控制重要据点后，1万名日军随后在巨港登陆成功，并占领巨港，联军紧急炸毁岛上所有的炼油设施后退守爪哇岛。2月19日，日军派出舰载机，轰炸澳大利亚的达尔文港，炸沉11艘舰艇，击毁23架飞机。2月25日，韦维尔将军下令撤销盟军司令部，爪哇岛的防御改由荷兰人指挥。2月27日，爪哇海海战爆发，由荷兰、美国、英国和澳大利亚舰只组成的盟军舰队在此战大败，两艘轻巡洋舰、3艘驱逐舰被击沉，2,300人阵亡；日本方面则有一艘驱逐舰受损，36人阵亡。此战是1916年日德兰海战以来最大规模的水面舰艇之间战斗。
日军战机轰炸荷兰海军轻巡洋舰爪哇号
英国皇家海军重巡洋舰埃克塞特号于1942年3月1日沉没
3月1日，日军登陆最终目标爪哇岛，3月9日驻守爪哇岛的盟军投降。当时的日本大本营预期从开战到守军投降需要120天，而实际只用了92天。这场军事胜利使得日本获取该地的油田以填补被美国所冻结的石油缺口并以极小的代价俘虏了盟军数万人。
日军登陆爪哇
日军在爪哇行进
随着荷属东印度群岛的投降，日军发现岛上大量的油田设施被放火烧毁，于是日军向当地的白人发泄愤怒，并将大量白人战俘关押在马卡萨战俘营，环境相当恶劣，很多白人被活活打死和流放，并被逼为日本人修桥铺路。本土人则经常被毒打，承受着死亡的威胁。由于日军目的是掠夺当地的粮食和原材料，致便当地农业经济瘫痪，大量饥民被饿死。
打拉根的油田被毁
荷属东印度地区的大量荷裔士兵被送往集中营，由于荷兰人认为日军会为了管理殖民地而继续让荷兰官员留任，大部分荷兰人不愿意离开。然而事与愿违，荷兰人全部被送往集中营，高阶和技术性职位则由日本人或印尼人代替。日军接管了港口、邮政机关等公家机构和单位。除了10万欧裔公民（还包括一些华裔公民）以外，还有8万名荷、英、澳、美军士兵被送往集中营，在那里死亡率高达百分之13到30。
1945年的雅加达集中营
印尼本土统治阶层和政治家为了保有自己的影响力与谋求独立而与日本合作。日本给予地方精英权力，让他们支持日本的工厂和武装力量。印尼人的合作让日军得以专注在确保东印度群岛的空中和海上的安全，以保护邮便通路不受盟军干扰。
1942年4月，印尼语报纸《Asia Raya》发行
日本占领荷属东印度时期的货币
对于日军占领的经验感受随着社会地位的不同而有所差异。住在重要战略地区的平民经历了日军的折磨，很多印尼平民被日本军队任意逮捕和处决，成千上万的印尼人（不论男女）被带离自己的故乡，送到日本的各个占领区成为强迫劳动者（劳务者），以修筑防御工事及制造军火，其中一些人参与了泰缅铁路的建设，许多死于虐待和饥饿。单单在爪哇的劳务者便有400万至1,000万人，约27万的爪哇劳务者被送往其他日本占据的东南亚地区，只有52,000被遣返，这些劳务者的死亡率有80％。后来的报告指出，400万人死于日本占领期间的饥荒和强迫劳动，其中包括30,000欧洲的平民被拘禁死亡。
在战争后期日军对印尼的强制劳动更为严苛，在1944年3月1日将早年1943年4月16日创立的动员总部改为爪哇奉公会（ジャワ奉公会），这些响应日本号召的印尼人大多数再也无法回到家乡。
日军占领期间，日方鼓励并支持从属于日本的印尼民族主义，创设新的印尼语学校，并重用如苏加诺的民族主义者。越来越激烈的民族主义，加上日军所造成的荷兰殖民政府体系崩坏，为战后的印尼独立战争提供良好的基础。
然而在日军占领的最初两个月，日军依然禁止在政治上使用印度尼西亚作为国家的名字，以及日后成为印尼国旗、象征民族主义的红白旗，也在除了最初期与最后期以外的其他期间被禁止使用。日本一方面协助缅甸与菲律宾独立，一方面出于资源的考量而将印尼置于日本帝国军政体系下。
印度尼西亚共和国国旗别称“荣耀红白”，这面旗帜是基于13世纪满者伯夷的旗帜设计的。1825-1830年，在爪哇战争中，迪波内戈罗王子在与荷兰人的斗争中使用了红色和白色的横幅。20世纪初，红白传统旗帜由印度尼西亚反荷兰殖民统治的民族主义者所使用。1923年，红白旗在爪哇第一次升起，当时的荷兰殖民者禁止升红白旗。1945年8月17日红白旗再次升起，此后没有更改过。
日本当局将爪哇岛视为政治上最重要，但是经济上不重要的地方。爪哇居民是日军主要的劳动力来源。和荷兰政府的禁止政策不同，日本人鼓励爪哇岛上印尼民族主义的发展，增加爪哇人民的政治参与度（在苏门答腊方面也执行类似的策略，但当时日本的败迹已相当明显）。在日本海军的控制下的其他岛屿，则被认为政治上不重要，但是经济上占重要地位的地方，这些地方采行高压统治。爪哇岛与其他岛屿受日本占领经验上的不同，为日后的印尼独立战争造成很大的影响。
与此同时，在爪哇以及苏门答腊的一些地区，日本人训练并且武装了很多印尼青年，并且给了这些部队的本土领袖有限度的政治权力，试图建立起傀儡势力。其中一些印尼人组建了志愿性质的乡土防卫义勇军，最初乡土防卫义勇军的成立目的在于动员当地人以协助日方，但最后成为了印尼共和国在1945年到1949年的印度尼西亚独立革命中的核心势力，许多乡土防卫义勇军成员加入了1945年创立的印度尼西亚国民军。
印尼青年接受日本军事训练
由日军训练的印尼青少年
在日军占领下，印尼民族主义者苏丹·夏赫里尔组织地下学生抗日运动，同时进行抗日运动的有左翼的阿米尔·沙里夫丁，沙里夫丁获得来自荷兰政府的25,000古尔登（盾）的资助，以马克思主义和印尼民族主义为宗旨，创建了地下反抗组织。除了他们以外，很多华人、安汶人和美那多人也参与了反抗组织。1943年9月于南加里曼丹的亚文泰，在日本制造的坤甸事件未爆发前，曾有一项由印尼民族主义者和荷兰人共同策划对抗日军的起义计划，但被发现而失败。
苏丹·夏赫里尔（左），阿米尔·沙里夫丁（右）
1944至1945年盟国的对日战争期间，盟军绕过印度尼西亚，并没有进入人口密集的地区（例如爪哇和苏门答腊）。日本的占领间接为印度尼西亚的独立创造了条件，使印度尼西亚革命藉由一种原本多半不可能实现的手段提前三年到来。
印尼独立准备调查会第一次会议，1945年5月29日至6月1日
1945年4月29日，日军创设了独立准备调查会，讨论印尼独立的准备和各种相关问题。由第16军司令官原田熊吉于爪哇创立。对于印尼独立后的政体问题和方向进行了许多讨论。
在1945年9月日本投降前，印尼便已宣布独立。然而荷兰政府仍然希望将夺回对荷属东印度的统治，印度尼西亚经历了5年艰苦的内战，政治、军事和社会变乱，才真正独立。
宣布印尼独立的时候，参加者升起印尼国旗的情景
根据1941年11月26日日方制定的《关于占领地军政实施的陆海军中央协定》，荷属东印度被划为三个单独的占领区：爪哇和马都拉划归今村均的陆军第16军管辖；苏门答腊划归山下奉文的陆军第25军管辖，25军的司令部设在新加坡，同时在1943年4月前一直控制着马来亚，失去马来亚后，其控制范围限缩到仅有苏门答腊，并将司令部移至武吉丁宜，而第16军司令部设在雅加达；荷属婆罗洲、西里伯斯、马鹿加及小巽他群岛则由海军第二南遣舰队管辖。每一占领区设立军政监部，负责地方行政，军政监部首脑由驻军司令兼任，下设总务、内政、司法、警察、市政工程、经济事务、审计和宣传八个部。
1943年3月后的日本管区图
爪哇地图
其中，爪哇被分为2个省、17个州和1个特别市（雅加达），苏门答腊设10个州，分别是亚齐州、苏门答腊东海岸州、达巴努里州、廖内州、苏门答腊西海岸州、占碑州、明古连州、巨港州、楠榜州、邦加-勿里洞州。
战后日军接受审判。到1949年，荷兰当局对1,038名日本嫌疑人（参与占领荷属东印度的日本俘虏）进行了448次战争罪审判。其中969人（93.4%）被判有罪，236人（24.4%）被判处死刑。
苏加诺宣读《印度尼西亚共和国独立宣言》
“今后，这片土地将属于他原有的主人——我们!”
