如今发酵食品已经变得非常受欢迎了，这要归功于对其营养特性的宣传和健康益处的报告，比如改善机体消化功能、增强免疫力，甚至可以帮助人们减肥等；一些受欢迎的发酵食品包括开菲尔（kefir）、红茶菌（kombucha）、德国酸菜（Sauerkraut）、丹贝（Tempeh）、纳豆（natto）、味噌（Miso）、朝鲜泡菜(Kimchi)、酸面包(Sourdough Bread)。
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尽管这些发酵食品可能会给我们带来很多健康福利，但大多数人并没有意识到它们并不是对每个人都有效，对一些人来说，发酵食品可能会导致严重的健康问题。发酵食品中含有多种微生物，比如益生菌等，然而，并不是所有微生物都是有害的，比如益生菌等微生物对机体却是非常有益的。在发酵过程中，益生菌会将碳水化合物（淀粉和糖）转化为酒精或酸，其能充当天然的防腐剂，让发酵食品具有独特的风味和风味。很多因素会影响发酵，包括益生素的类型（这些微生物产生的主要代谢产物，比如乳酸或某些氨基酸等）；比如，益生菌酸奶就是通过发酵牛奶来生产的，最常见的就是产生乳酸的的乳酸菌。
发酵食品中含有大量益生菌，其通常被认为是安全的，实际上，这些益生菌具有抗氧化、抗菌、抗真菌、抗糖尿病和抗动脉粥样硬化等活性，然而，有些人在摄入发酵食品后会经历严重的副作用。
1、腹胀
摄入发酵食品最常见的反应就是机体中产气和腹胀会暂时性地增加，这是益生菌杀灭有害肠道菌群和真菌所产生的过量气体所导致的结果，益生菌能够分泌抗菌多肽来杀灭有害的病原体，比如沙门氏菌和大肠杆菌等。最近有研究表明，商业酸奶中存在的乳酸菌具有一定的抗菌效应，尽管摄入益生菌后出现的腹胀似乎是从肠道中清除有害细菌的迹象，但有些人可能会经历严重的腹胀，这对于患者而言是非常难受的。
摄入过多的红茶菌会导致机体产生过量的糖分和热量，从而导致机体腹胀和胀气等。
2、头痛和偏头痛
富含益生菌的食物（酸奶、酸菜和泡菜）在发酵过程中会天然产生生物胺(Biogenic amines)，特定的细菌会产生生物胺来破碎发酵食物中的氨基酸，富含益生菌的食物中最常见的生物胺是组胺和酪胺。有些人对组胺和其它胺类非常敏感，其进食发酵食品后可能会出现头痛症状，由于胺会刺激机体中枢神经系统，引起其会增加或降低机体血流量，从而引发头痛或偏头痛，有研究表明，含有低水平组胺的食物能够减少75%的参与者出现头痛，因此，服用益生菌补充剂对于这类人群而言或许是首选。
3、组胺不耐受
组胺在发酵食品中含量很高，对于大多数人群而言，机体中的特定酶类会对其进行消化，然而，有些人群机体产生这种酶类的水平并不充足，这意味着，其机体并不会消化组胺，从而就会被吸收到血液中。这将会导致患者出现一系列组胺不耐受症状，最常见的症状是瘙痒、头痛或偏头痛、流鼻涕、眼睛发红、疲劳、荨麻疹和消化系统症状包括腹泻、恶心和呕吐。
然而，组胺不耐受常常会引发严重的机体症状，包括哮喘、低血压、心律不齐、循环系统崩溃、突发性的心理改变和睡眠障碍等。
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4、食源性疾病
尽管大多数发酵食物是安全的，但其仍然有有可能被引发疾病的细菌所污染，2012年，美国89人因摄入未经巴氏杀菌的丹贝（印尼豆豉）而感染沙门氏菌。2013年和2014年，韩国学校爆发了两次大肠杆菌的大爆发，这都与摄入了受污染的发酵泡菜有关。
在大多数情况下，在诸如酸奶等发酵乳制品中发现的益生菌能够有效抑制某些细菌的生长，比如金黄色葡萄球菌等，这些细菌都会引发食物中毒发生；但在某些情况下，益生菌可能会失效，细菌实际上会分泌多种毒素，因此这种产品就是非常危险的。
5、被益生菌所感染
通常情况下，益生菌对大多数人是安全的，然而，在一些罕见的情况下，益生菌也会引发感染，尤其是对免疫功能受损的人群而言。来自伦敦的一项研究报道了一名65岁肝脓肿的糖尿病患者，其是因为摄入益生菌所导致的疾病，因此，研究者建议易感患者（比如免疫力低下的患者）不要过量摄入益生菌。利用益生菌的疗法也会引发机体出现严重的感染，比如肺炎、系统性感染（包括败血症和心内膜炎）。
6、抗生素耐药性
益生菌常常会携带介导抗生素耐药性的基因，这些抗生素耐药基因会通过水平基因转移的方式传递给食物链和胃肠道中存在的其它细菌，发酵食品中所携带的最常见的抗生素耐药性基因往往是针对红霉素和四环素的，这两种抗生素常被用来治疗呼吸道感染和一些性传播疾病。
如今研究人员在市面上出售的膳食补充剂中发现了耐药性的益生菌菌株，这或许就意味着其已经对多种用来治疗严重细菌性感染的常见抗生素产生了一定的耐药性；研究人员在包括泡菜、酸奶和橄榄等食物中发现了6种益生芽孢杆菌对多种抗生素均具有耐药性。而且最近来自马来西亚的一项研究表明，开菲尔中的益生菌乳酸菌对包括氨苄青霉素，青霉素和四环素在内的多种抗生素具有抗药性，这些抗生素被用于治疗严重的人类疾病，包括膀胱感染，肺炎，淋病和脑膜炎等。
另一项研究则表明，在土耳其乳制品中发现的乳酸菌主要会对万古霉素产生一定的耐药性，而万古霉素是治疗MRSA感染的首选药物。摄入发酵食品虽然能给机体带来诸多健康益处，但并不一定对所有人都有效，尽管大多数人能够很少地食用这些发酵食品，但对于特定人群而言，其或会引发严重的健康问题。