先有鸡还是先有蛋——这个带着哲学思考的科学问题辗转至今也未被完全解答。抛开这个千古难题，在漫长的岁月里，鸡不仅征服了全球，也征服了人类餐桌。鸡肉几乎无人不食，鸡蛋做法简单粗暴而美味、鸡肉更是煎炒烹所向披靡。

家鸡是世界上最早驯化的动物之一。多项证据表明家鸡是由红原鸡的一个亚种驯化而来，但其它原鸡属（灰原鸡、绿原鸡和黑尾原鸡）也对家鸡存在基因渗入现象。因此，家鸡不仅是从红原鸡进化而来，而且是多个原鸡混合形成的品种。而现在家鸡的参考基因组仅从一只红原鸡测序组装而来，当前的参考基因组(GRCg6a)不能够覆盖所有家鸡的遗传变异。同时，近年来研究发现大量的表型变异是由基因组结构变异导致的，因此，构建鸡的泛基因组，不仅可以完善鸡基因组，而且可捕获更多的结构变异，用来解析表型变异的遗传基础。

近日，河南农业大学康相涛教授团队与澳大利亚西澳大学等单位合作，构建了首个鸡泛基因组，并解析了影响鸡生长性状主效基因IGF2BP1的致因突变。7月30日，该研究成果在国际著名期刊Molecular Biology and Evolution（IF=16.24），以Article形式在线发表。

该研究共使用了868只鸡的二代测序数据。其中，359只鸡的数据来自河南农业大学家禽种质资源场于2003年建立的固始-安卡鸡F2代资源群以及保存的固始鸡、淅川乌骨鸡保种群，509只鸡的数据来源于公共数据库。基于“Reference-based Iterative Mapping and Assembly ”方法，利用664只鸡的数据构建了首个鸡的泛基因组，发现有~66.5 Mb的序列在目前参考基因组中不存在。全基因组PAV（Presence/Absence variation）分析发现：选择、杂交和遗传漂变因素均可以重塑群体的PAV特征。另外，PAV-GWAS 和功能研究发现，IGF2BP1基因启动子区存在着L1和L2两种突变类型，与鸡多个生长/体尺性状显著相关，并对相关数量性状的表型方差贡献很大。

该研究构建的泛基因组，将为我国地方鸡生长性状形成的遗传机制解析、资源鉴定和保护利用提供重要的理论指导；首次解析的位于27号染色体上影响鸡生长性状主效基因IGF2BP1的致因突变的分子标记，将为我国“十四五”规划中的种业振兴，破解种业“卡脖子”问题，提供重要的技术支撑！

据悉，河南农业大学建有河南省鸡种质资源创新与利用重点实验室、河南省家禽育种国际联合实验室和河南省家禽种质资源创新工程研究中心等5个省部级研究平台，拥有设施设备一流、保存了28个特色资源的河南农业大学家禽种质资源场。康相涛教授团队是教育部、农业部科研创新团队，一直致力于地方鸡遗传资源保护与利用研究。团队长期围绕地方鸡种质资源保护和利用开展研究，先后主持承担国家“863”计划、国家自然科学基金、河南省重大专项等国家和省部级科研项目50余项；育出特色新品系19个，新发现国家遗传资源1个，培育国审新品种（配套系）3个。